Aminokyseliny jsou nízkomolekulární látky amfoterního charakteru, které v živých organismech plní funkce strukturní i funkční. Z metabolomického pohledu jsou součástí metabolomu, který je definován jako soubor nízkomolekulární látek, které jsou v buňce přítomny za daného fyziologického stavu. Studium metabolomu má významné místo v systémové biologii, roste však i jeho význam v lékařské diagnostice, kde právě některé nízkomolekulární látky můžou být biomarkery nemoci a jejich změny můžou předpovídat její průběh. Stanovení aminokyselin v plasmě a moči může sloužit k odhalení různých metabolických poruch, podpůrné diagnostice řady dalších nemocí a v asistované reprodukci může být klíčem k výběru embrya s největším implantačním potenciálem, a to neinvazivním způsobem. Pro metabolomické studie jsou klíčovými pojmy selektivita a citlivost. Vysokou selektivitu zajišťuje separace vzorku pomocí kapilární elektroforézy, vysoká citlivost stanovení je dána použitím fluorescenční detekce. Nevýhodou fluorescenční detekce je, že nativní fluorescenci vykazuje jen zlomek metabolomu, a proto je nutné vzorek před detekcí chemicky modifikovat přidáním fluoroforu do struktury stanovovaných látek (derivatizace).