Diplomová práce

Genetická diverzita plazivek (Copepoda: Harpacticoida) Českého masivu a Západokarpatské oblasti se zaměřením na prameniště

Genetic diversity of harpacticoids (Copepoda: Harpacticoida) of the Bohemian Massif and Western Carpathians with focus on spring fens

Bc. Jiří Kopřiva
Anotace

Tato diplomová práce se zabývá genetickou diverzitou a příbuzenskými vztahy plazivek z pramenišť Českého Masivu a Západních Karpat metodami fylogenetické analýzy, fylogeografie prostřednictvím haplotypových sítí a analýzou polymorfismu. Rešeršní část se zabývá charakteristikami plazivek, včetně jejich schopnosti se šířit a jejich diverzitě, vlivu glaciace na rozšíření druhů s užším zaměřením na studované …více

Abstract

This diploma thesis deals with genetic diversity and evolutionary relationships of harpacticoids from spring fens of the Bohemian Massif and the Western Carpathians using phylogenetic analysis, phylogeography with the use of haplotype networks and DNA polymorphism analysis. The first part of the thesis summarises characteristics of harpacticoids including their dispersal ability and diversity, the …více

Zadání práce
Molekulárně-genetické údaje, které by umožnily rozklíčovat fylogenetické vztahy mezi taxony či řešit fylogeografické otázky, jsou pro plazivky (Copepoda: Harpacticoida) ze sladkých vod na rozdíl od mořských zástupců z převážné většiny dosud nedostupné. Tato diplomová práce má za hlavní cíl získat data vybraných markerů některých našich druhů a na jejich základě se pokusit vyhodnotit vzájemné mezidruhové fylogenetické vztahy a popsat vnitrodruhovou genetickou diverzitu z oblastí Českého masivu a Západních Karpat, které prodělaly odlišný biogeografický vývoj. Cílem práce je 1) na základě literární rešerše a zkoušky v laboratoři vybrat vhodný jaderný marker pro stanovení mezidruhových vztahů u našich druhů plazivek, 2) získat sekvence COI a stanoveného jaderného markeru z vybraných druhů plazivek z pramenišť (a případně dalších přilehlých biotopů) z Čech a Západních Karpat, 3) vyhodnotit možné evoluční vztahy mezi jednotlivými taxony fylogenetickou analýzou, 4) popsat vnitrodruhovou genetickou variabilitu vybraných druhů a v případě, že to získaná data umožní, porovnat tuto variabilitu mezi Čechami a Západními Karpaty. Literatura: Copilaş-Ciocianu D., Rutová T., Pařil P., & Petrusek A., 2017: Epigean gammarids survived millions of years of severe climatic fluctuations in high latitude refugia throughout the Western Carpathians. Molecular Phylogenetics and Evolution, 112, 218-229. Fontaneto D., Flot J. F. & Tang C. Q., 2015: Guidelines for DNA taxonomy, with a focus on the meiofauna. Marine Biodiversity, 45, 433-451. Janetzky W., Enderle R. & Noodt W., 1996: Crustacea: Copepoda, Gelyelloida und Harpacticoida. Süsswasserfauna von Mitteleuropa. G. Fisher, Stuttgart. Rossel S. & Martínez Arbizu P., 2019: Revealing higher than expected diversity of Harpacticoida (Crustacea:Copepoda) in the North Sea using MALDI-TOF MS and molecular barcoding. Scientific Reports, 9: 9182. Schenk J. & Fontaneto D., 2020: Biodiversity analyses in freshwater meiofauna through DNA sequence data. Hydrobiologia, 847, 2597–2611. Zhai, M., Hřívová, D., & Peterka, T., 2015. The harpacticoid assemblages (Copepoda: Harpacticoida) in the Western Carpathian spring fens in relation to environmental variables and habitat age. Limnologica, 53, 84–94. Další literatura dle doporučení vedoucího.
Práce zkontrolována:
12. 5. 2024 19:06, Mgr. Marie Zhai, Ph.D., učo 11978
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
25. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Marie Zhai, Ph.D., učo 11978
EkoRas ÚBZ Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Veronika Horsáková, Ph.D., učo 268751
EkoRas ÚBZ Biol PřF MU

Konzultant

Mgr. Mária Seifertová, Ph.D., učo 108415
Paraz ÚBZ Biol PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.