Diplomová práce

Celogenomová sekvenace Treponema pallidum subsp. pertenue

Whole genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pertenue

Bc. Tereza Wagnerová
Anotace

Treponema pallidum subs. pertenue (TPE) je gramnegativní spirochetální bakterie způsobující onemocnění yaws (frambézie). Toto onemocnění se vyskytuje v oblastech Afriky, jihovýchodní Asie, Pacifických ostrovů a Latinské Ameriky. Postiženými bývají převážně děti ve věku 2-15 let. Tato práce se zaměřuje na celogenomovou sekvenaci 12 vzorků odebraných pacientům z endemické oblasti Papuy-Nové Guiney. Za …více

Abstract

Treponema pallidum subs. pertenue (TPE) is a gram-negative spirochetal bacterium that causes disease yaws (frambesia). The disease occurs in areas of Africa, Southeast Asia, Pacific Islands and Latin America. It affects mostly children aged 2-15. This thesis focuses on whole genome sequencing of 12 samples from patients from endemic area of Papua New Guinea. Next generation sequencing (NGS), third …více

Klíčová slova
Treponema pallidum subs. pertenue yaws celogenomová sekvenace Illumina MinION Sangerovo sekvenování genomová analýza whole genome sequencing Sanger sequencing genome analysis
Zadání práce
Treponema pallidum subsp. pertenue je původcem endemické treponematózy označované jako yaws. Světová zdravotnická organizace v současnosti realizuje eradikační program tohoto onemocnění. V jeho rámci probíhá molekulární typování původce nemoci u všech klinických případů s cílem monitorovat rozložení jednotlivých genotypů v populaci. Cílem diplomové práce bude stanovit celogenomovou sekvenci vybraných genotypů kombinací metod PSGS a target enrichment přímo z DNA izolované ze stěrů kožních lézí. Získané kompletní sekvence pak budou srovnány s dostupnými genomy a přispějí k výzkumu patogeneze a fylogeneze treponemálních infekcí včetně syfilis.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2022 09:48, Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D., učo 12972
Plný text práce
911,3 KB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
9. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D., učo 12972
VSSU BiolÚ Teorie LF MU

Oponent

Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D., učo 15880
ext NCBR PřF MU, FEKT, UBMI – ODBORNÝ ASISTENT VUT, Brno

Konzultant

prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116
VSSU BiolÚ Teorie LF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Molekulární biologie a genetika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.