Bakalářská práce

Příprava proteinu HP1 beta a jeho charakterizace hmotnostní spektrometrií

Preparation of HP1 beta protein and its characterization by mass spectrometry

Marko Vrábel
Anotace

Heterochromatín proteín 1 (HP1) je evolučne konzervovaný chromozomálny proteín, ktorý sa viaže k methylovanému lyzínu 9 histónu H3 (H3K9me). HP1 hrá kľúčovú rolu pri vytváraní chromatínových štruktúr vyššieho rádu. Dnes už je zrejmé, že tento proteín má v jadre aj iné funkcie, vrátane regulácie euchromatických génov, či odpovede na poškodenie DNA. Proteín HP1 je prístupný posttranslačným modifikáciam …více

Abstract

Heterochromatin Protein 1 (HP1) is an evolutionarily conserved chromosomal protein that binds to methylated lysin 9 of histone H3 (H3K9me). HP1 plays a key role in the formation of higher order chromatin structures. It is clear now that this protein also has other functions in the nucleus, including regulation of euchromatic genes or response to DNA damage. The HP1 protein is accessible to post-translational …více

Klíčová slova
proteomika príprava vzorky enzymatické štiepenie proteomická analýza hmotnostná spektrometria proteín HP1 proteomics sample preparation digestion proteomic analysis mass spectrometry
Zadání práce
Heterochromatin protein 1 (HP1) je fylogeneticky konzervovaný protein vázající se na chromatin. Jedná se o rodinu homologů, které se účastní sestavování a udržování vyšší struktury chromatinu. HP1 interaguje přímo či nepřímo s histony i nehistonovými proteiny, čímž se účastní celé řady buněčných procesů jako je regulace transkripce, modifikace chromatinu, replikace, opravy DNA, atd.. Tyto interakce mohou být specifické pro určitou izoformu HP1 nebo záviset na paternu přítomných posttranslačních modifikací (acetylace, fosforylace, methylace, formylace, ...). Charakterizace posttranslačních modifikací proteinu HP1 je vzhledem k jeho chemicko-fyzikálním vlastnostem obtížná. Student se v rámci bakalářské práce bude zabývat přípravou homologu HP1 beta pro identifikaci pomocí hmotnostně-spektrometrické analýzy. S použitím různých endoproteináz provede optimalizaci proteolytického štěpení rekombinantního proteinu HP1 beta a vybere optimální podmínky pro štěpení HP1 získaného ze vzorku tkáňové kultury. Experimentální část bude vypracována v laboratořích VS/CL Proteomika, CEITEC-MU (budova A26, UKB Bohunice). Literatura: 1. Kwon SH, Workman JL. The changing faces of HP1: From heterochromatin formation and gene silencing to euchromatic gene expression: HP1 acts as a positive regulator of transcription. Bioessays. 2011;33(4):280-9. Epub 2011/01/27. doi: 10.1002/bies.201000138. PubMed PMID: 21271610. 2. LeRoy G, Weston JT, Zee BM, Young NL, Plazas-Mayorca MD, Garcia BA. Heterochromatin protein 1 is extensively decorated with histone code-like post-translational modifications. Mol Cell Proteomics. 2009;8(11):2432-42. Epub 2009/06/30. doi: 10.1074/mcp.M900160-MCP200. PubMed PMID: 19567367; PubMed Central PMCID: PMCPMC2773712.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2019 07:49, Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D., učo 15496
Plný text práce
2,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
24. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D., učo 15496
Prot MCGPR CEITEC MU

Oponenti

Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D., učo 15496
Mgr. Soňa Legartová, Ph.D., učo 77981
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.