Diplomová práce

DNA kvadruplex formující segmenty v nekodujících oblastech FGFR3 genu.

DNA quadruplex forming segments in noncoding regions of FGFR3 gene.

Bc. Šimon Džatko
Anotace

FGFR3 protein hraje klíčovou roli ve vývoji kostry a chrupavek prostřednictvím negativní regulace proliferace a diferenciace chondrocytů. Tyrozin kinázová aktivita FGFR3 spouští signalizační kaskádu v PLCγ1, RAS/MAPK a PI3K/Akt signálních dráhách. Somatické mutace v FGFR3 genu jsou příčinou nemalého množství různých vývojových ochoření, včetně skeletálních dysplazií. Kromě toho je mutantní FGFR3 také …více

Abstract

FGFR3 play pivotal role in skeletal development, where it negatively regulates chondrocyte proliferation and differentiation. Tyrosine kinase (TK) activity of FGFR3 triggers downstream signaling cascades in PLCγ1, RAS/MAPK and PI3K/AKT pathways. Activating somatic mutations in fgfr3 gene results in FGFR3 being involved in several developmental syndromes, including skeletal dysplasias. Moreover, mutant …více

Zadání práce
Student bude studovat role G-kvadruplex formujících sekvencí v regulaci genové exprese a splicingu FGFR3. Student vypracuje literární rešerši se zaměřením ulohu genu FGFR3 ve vývoji kostí a chrupavek a při vzniku nádorových onemocnění. Student vypracuje krátký přehled dostupných terapeutických přístupů pro modulaci funkce FGFR3. Součástí teoretické části bude stručný přehled informací týkajících se výskytu G- kvadruplex formujících sekvencí v nekódujících oblastech genů a jejich rolí v regulaci genové exprese. Student vytvoří grafický přehled výskytu DNA G kvadruplex formujících sekvencí v promotorových/intronických oblastech FGFR3 u člověka. Experimentální část práce bude obsahovat amplifikaci promotorových oblastí studovaných genů z lidské genomové DNA a jejich následné vložení do DNA plasmidů, používaných v tzv. reportérové eseji pro studium aktivity promotorů („dual luciferase assay“). Úroveň exprese reportérových plasmidů pbude otestována v relevantních buněčných liniích. Následně bude v teto eseji testována role G4 DNA formujících regionů v promotoru prostřednictvím G4DNA vázajících ligandů. Hlavním těžištěm práce bude posouzení vlivu G-kvadruplex stabilizijících ligandů na expresi a splicing endogeního FGFR3 především v buněčných liniích spojených s patalogickými stavy u člověka.
Práce zkontrolována:
13. 5. 2016 08:58, doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
20. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
NekGen CSB CEITEC MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultanti

Mgr. Jan Ryneš, Ph.D., učo 119705
BiolÚ Teorie LF MU
RNDr. Silvie Trantírková, Ph.D., učo 118502
NekGen CSB CEITEC MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.