Diplomová práce

Chromatin Visualization in Jupyter Notebook and VR

Bc. Martin Beľa
Anotace

Cieľom mojej práce je vizualizácia chromatínu, ktorá zobrazuje polohy segmentov chromatínu predpovedaných zo vzdialeností medzi segmentmi generovanými metódou Hi-C. Táto vizualizácia je integrovaná do notebooku Jupyter, čo umožňuje súčasnú vizualizáciu, predspracovanie údajov a analýzu v rámci jednej platformy. Okrem toho bolo vytvorené VR zobrazenie, ktoré je plynule spojené s vizualizáciou v Jupyter …více

Abstract

The aim of my thesis was to develop a chromatin visualization that displays the positions of chromatin segments predicted from distances between segments generated by the Hi-C method. The visualization is integrated into Jupyter Notebook, which allows for simultaneous visualization, data preprocessing, and analysis within the same platform. Additionally, a VR view was developed. It is seamlessly connected …více

Klíčová slova
Chromatin Jupyter Notebook Python Virtual reality Visualization
Zadání práce
The student will explore the possibilities of linking Jupyter Notebook, VR environments, and JavaScript code. The acquired knowledge will be used to create a simple proof of concept library for analyzing spatial chromatin structures. The library will enable synchronization of 3D views between VR and desktop widgets within Jupyter Notebook, allowing manipulation of the 3D model and creation of selections on both sides. Information about created selections will be propagated between VR and Jupyter Notebook, enabling manipulation of data in Jupyter Notebook based on VR selections and propagating the results back to VR. 3D rendering will be handled by an existing JavaScript library, which the student will adapt to their needs. In the theoretical part the student will discuss related software solutions for molecular and genomic visualization.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
24. 5. 2024 15:59, RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
Plný text práce
2,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
17. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Filip Opálený, učo 422627
KVI FI MU

Konzultanti

RNDr. Katarína Furmanová, Ph.D., učo 374538
KVI FI MU
doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Počítačová grafika a vizualizace

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.