Po pádu Konstantinopole ovládli osmanští Turci postupně celé východní Středomoří, včetně benátských držav na Peloponésu a v Pevninském Řecku, Kypr dobyli r. 1571, Krétu r. 1669. Z řeckého území se Osmanům nepodařilo získat pouze Ionské ostrovy.
Křesťané žijící v osmanské říši si mohli ponechat svou víru, za předpokladu, že řádně platili daně (vyšší než muslimské obyvatelstvo, „nevěřící“ však nemuseli plnit vojenské povinnosti). Znakem identity nebyla příslušnost k určitému etniku, ale náboženské vyznání. Na jeho základě bylo obyvatelstvo rozděleno do tzv. milletů, církevně správních celků, které disponovaly poměrně rozsáhlou autonomií. Největším byl „řecký millet“, Millet-i-Rum, který zahrnoval všechny pravoslavné křesťany žijící na území osmanské říše, tedy kromě Řeků také např. Srby, Bulhary ad. V jeho čele stál konstantinopolský patriarcha, který nebyl již jen hlavou ortodoxní církve, ale stal se tzv. ethnarchou, politickým i duchovním vůdcem ortodoxních křesťanů. Řešil i některé občanskoprávní spory, zodpovídal sultánovi za řádné vybírání daní, současně byly patriarchát a církevní instituce od placení daní osvobozeny. Konstantinopolský patriarchát a pravoslavné kláštery na Athosu, v Meteorách i jinde tak nepřišly o své výsadní postavení ani majetek.
Kontakty se západem byly v prvních staletích turkokracie omezeny, vzdělávací systém upadal, řada vzdělanců odešla do zahraničí, jediná centra vzdělanosti představoval patriarchát a kláštery. Avšak na územích, která byla Turky dobyta později, kvete literatura v místním dialektu (Kypr, Kréta), v Itálii studuje či se usazuje řada řeckých vzdělanců a šíří zde řeckou vzdělanost.
V porobeném Řecku se situace mění v 17. a 18. st., kdy posiluje díky rozvoji obchodu střední třída a rozšiřují se kontakty se západní Evropou, do Řecka pronikají myšlenky osvícenství. V tomto období se také množí vojenské neúspěchy osmanské říše a postoj Osmanů k „Řekům“, tedy pravoslavným křesťanům mluvícím řecky, se postupně mění. Původní vcelku mírové soužití muslimského a nemuslimského obyvatelstva je narušeno, sultánský režim přijímá řadu diskriminujících opatření, dochází i k protiřeckým pogromům v řadě měst, např. v Izmiru (Smyrna) aj. Současně se šíří protiturecké nálady mezi řeckým obyvatelstvem, zejména v horských oblastech dochází v 18. st. k řadě lokálních povstání vedených tzv. klefty – zbojníky.
Ke konci 18. st. jsme svědky sílícího řeckého národního hnutí, myšlenka masového ozbrojeného vystoupení proti sultánskému režimu nalézala v řeckém prostředí stále silnější odezvu. Podporována je i ze zahraničí, zejména carským Ruskem, které v 18. st. představovalo největšího vnějšího nepřítele osmanské říše. Jsou zakládány tajné spolky, z nichž nejvýznamnější byl založen r. 1814 v Oděse pod názvem Filiki eteria (Φιλική Εταιρεία, dosl. Přátelské sdružení). Do jeho čela se brzy dostává Alexandros Ypsilantis, člen významné fanariotské rodiny a generál ruské armády. Jeho pokus vyvolat ozbrojené protiturecké povstání v podunajských knížectvích na jaře roku 1821 nebyl úspěšný, avšak 25. března téhož roku propuklo masové povstání na Peloponésu, které se od počátku vyvíjelo velmi příznivě a vyústilo ve vyhlášení nezávislosti Řecka Národním shromážděním na přelomu let 1821/22. Ke vzniku samostatného novodobého řeckého státu uznávaného evropskými mocnostmi však vedla ještě dlouhá cesta.