PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2021
Předmět se v období jaro 2021 nevypisuje.
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
- Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
- Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
- Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
- Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
- Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
- Bioinformatika (program FI, B-AP)
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Graphics and Visualisation (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
- Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
- Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
- Grafický design (program FI, N-VIZ)
- Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
- Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
- Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
- Informační systémy (program FI, N-IN)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
- Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
- Informatika (program FI, D-IN4)
- Information Security (program FI, N-PSKB_A)
- Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
- Matematická informatika (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
- Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
- Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
- Počítačová grafika (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
- Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
- Počítačové systémy (program FI, N-IN)
- Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
- Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
- Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
- Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
- Sociální informatika (program FI, B-AP)
- Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
- Teoretická informatika (program FI, N-IN)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
- Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
- Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
- Zpracování obrazu (program FI, N-AP)
- Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2021/PA183