PřF:Bi7540 Analýza dat v ekologii společ. - Informace o předmětu

Bi7540 Analýza dat v ekologii společenstev

Rozsah

1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

Mgr. Irena Axmanová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Kryštof Chytrý (přednášející)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–9:50 D32/329, Út 15:00–16:50 B09/316

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biol.II && ! Bi7542 Data anal. commun. ecology
Studenti by měli mít základní znalosti programu R včetně manipulací s daty, jednoduchých analýz a tvorby grafů. Studenti by měli zvládat minimálně základní statistické metody (ANOVA, jednoduchá lineární regrese).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekologie rostlin (program PřF, N-BOT)
• Fykologie a mykologie (program PřF, N-BOT)
• Ochrana přírody - botanika (program PřF, N-OCH)
• Ochrana přírody - zoologie (program PřF, N-OCH)
• Zoologie (program PřF, N-ZOL)

Cíle předmětu

V předmětu jsou probírány statistické metody zpracování dat o druhovém složení rostlinných nebo živočišných společenstev, bez ohledu na jejich taxonomické vymezení. Hlavní témata zahrnují: pokročilé příslupy manipulace dat, analzy diverzity, ordinační metody a metody numerické klasifikace. Na konci předmětu by studenti měli být schopni aplikovat příslušné analytické metody v prostředí R.

Výstupy z učení

Student by měl být schopen samostatně:
Zvolit vhodnou metodu analýzy dat za účelem zodpovězení konkrétní otázky týkající se diversity nebo druhového složemí ekologických společenstev;
Aplikovat tuto metodu;
Interpretovat výsledky analýzy;
Výsledky doprovodit grafickým výstupem;
Zahrnout analýzu do vědeckého textu;

Osnova

• Typy dat v ekologii společenstev (složení společenstva, jednorozměrné charakteristiky společenstev, proměnné prostředí).
• Příprava dat pro numerické analýzy, formáty dat popisujících ekologická společenstva a jejich převádění, exploratorní analýza dat
• Výpočet indexů diversity a analýzy jejich vztahu k proměnným prostředí (mnohonásobná regrese), akumulační druhová křivka, rarefaction.
• Ekologická nepodobnost (indexy nepodobnosti a vzdálenosti mezi vzorky)
• Ordinační analýza (lineární vs unimodální, distance-based, přímá vs nepřímá, artefakty, ordinační diagramy, permutační testy, rozklad variance, parciální analýza)
• Design ekologických experimentů (manipulativní experimenty vs pozorování)
• Numerická klasifikace (hierarchická vs nehierarchická, aglomerativní vs divisivní)

Literatura

• Oksanen J. Vegan vignetes https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Teoretické přednášky, doplněné o praktické cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Ke zkoušce je třeba vypracovat krátkou esej, ve které student zanalyzuje vlastní nebo zapůjčená data pomocí probíraných statistických metod. Esej má podobu metodiky a výsledků vědeckého článku. Poté studenti prezentují eseje na kolokviu. Výsledná známka závisí na kvalitě eseje, prezentace a diskuze na kolokviu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi7542 Data analysis in community ecology
  (Bi5560 || Bi6050) && !Bi7540  

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Bi7540