Bi0260 Taxonomie a zoologická nomenklatura

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Igor Malenovský, Ph.D. (přednášející), prof. RNDr. Jaromír Vaňhara, CSc. (zástupce)
RNDr. Andrea Tóthová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Petr Kment (přednášející), prof. RNDr. Jaromír Vaňhara, CSc. (zástupce)
Garance
prof. RNDr. Jaromír Vaňhara, CSc.
Ústav botaniky a zoologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaromír Vaňhara, CSc.
Předpoklady
Bi1030 Systém a evoluce bezobratlých && Bi2090 Systém a evoluce obratlovců
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou: Úvod do pojmového a metodického aparátu biologické systematiky a taxonomie. Zvláštní pozornost je věnována metodám rekonstrukce fylogeneze, přirozené klasifikaci a pravidlům zoologické nomenklatury. Výběrem praktických příkladů a zaměřením nomenklatorické části je přednáška primárně určena pro studenty systematické zoologie, je však otevřena i zájemcům z jiných biologických oborů.
Osnova
  • 1. Systematika, taxonomie a stručný přehled jejich historického vývoje. 2. Taxon, kategorie, taxonomický znak, koncepce druhu, vnitrodruhová variabilita. 3. Fenetika, přehled a využití statistických metod v současné taxonomii. Taxonomický znak z hlediska statistiky, tradiční a geometrická morfometrika, shlukové analýzy, ordinace, diskriminační analýza, umělé neuronové sítě, automatické určování druhů. 4. Úvod do kladistiky: podobnost a příbuznost, homologie, (syn)apomorfie a (sym)plesiomorfie, určení polarity znaku, princip maximální úspornosti (parsimonie), hypotéza v systematice. 5. Kvantitativní kladistika: kódování znaků, konstrukce kladogramu, optimalizace a vážení znaků, porovnávání a testování kladogramů, konsensus, kladistický software. 6. Metody aplikovatelné v molekulární taxonomii a fylogenetice: proteiny, nukleové kyseliny a jejich extrakce, PCR, klonování a sekvencování DNA, hybridizace DNA, RAPD, restrikční analýzy, mikrosatelity, DNA barcoding. 7. Rekonstrukce fylogenetických vztahů na základě molekulárních dat: zpracování sekvenačních dat, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, Bayesiánská analýza a distanční metody. 8. Molekulární metody v praxi: návštěva laboratoře. 9. Přednosti a omezení molekulárních a morfologických dat, zdroje chyb a konfliktů, kombinace různých typů dat ve fylogenetické analýze. Aplikace fylogenetické analýzy: klasifikace, historická biogeografie, testování koevoluce a evolučních scénářů. 10. Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury 1: základní principy, použitelnost, platnost a tvoření jmen. 11. Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury 2: homonymie a synonymie, princip priority versus stabilita, pojem typu v nomenklatuře, souhrn a procvičení. 12. Práce s taxonomickým materiálem a literaturou: návštěva Moravského zemského muzea. Sbírky, taxonomická revize, popis nových taxonů, určovací klíče, databáze biodiverzity, elektronická taxonomie.
Literatura
  • DROZD, Pavel. Principy systematiky a taxonomie. Vyd. 1. Ostrava: Ostravská univerzita, 2004. 89 s. ISBN 807042995X. info
  • FLEGR, Jaroslav. Evoluční biologie. Vyd. 1. Praha: Academia, 2005. 559 s. ISBN 8020012702. info
  • Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury : přijaté Mezinárodní unií biologických věd. Translated by Václav Houša - Pavel Štys. 4. vyd. Praha: Česká společnost entomologická, 2003. 8, xxxi. ISBN 8023915398. info
  • SCHUH, Randall T. Biological Systematics. Priciples and Applications. 1. vyd. Ithaca and London: Cornell University Press, 2000. 239 s. ISBN 0-8014-3675-3. info
  • KITSCHING, Jan J. a Peter L. et al. FOREY. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2. vyd. Oxford: Oxford University Press, 1998. 228 s. ISBN 0 19 850138 2. info
  • Zima J., Macholán M., Munclinger P., Piálek J. Genetické metody v zoologii. Univerzita Karlova v Praze, Karolinum, Praha, 239s, 2004 ISBN 80-246-0795-6.
  • ŽUROVEC, Michal. Molekulární biologie živočichů. Vyd. 1. České Budějovice: Jihočeská univerzita, 1999. 312 s. ISBN 8070403330. info
  • MARHOLD, Karol a Jan SUDA. Statistické zpracování mnohorozměrných dat v taxonomii : (fenetické metody). 1. vyd. Praha: Karolinum, 2002. 159 s. ISBN 8024604388. info
  • WINSTON, Judith E. Describing species : practical taxonomic procedure for biologists. New York, N.Y.: Columbia University Press, 1999. xx, 518. ISBN 0231068247. info
  • Wägele, Johann-Wolfgang: Foundations of phylogenetic systematics. Verlag Dr. Friedrich Pfeil, München, 2005. 365 s. ISBN 3-89937-056-2.
Výukové metody
Přednášky, diskuze, návštěva molekulární laboratoře, návštěva muzejních sbírek.
Metody hodnocení
Písemná zkouška.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021.