Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. Acceleration of Molecular Simulations by Parametric Time-Lagged tSNE Metadynamics
      HRADISKÁ, Helena, Martin KUREČKA, Jan BERÁNEK, Guglielmo TEDESCHI, Vladimír VIŠŇOVSKÝ, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Acceleration of Molecular Simulations by Parametric Time-Lagged tSNE Metadynamics. The Journal of Physical Chemistry B. 2024. ISSN 1520-6106. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.3c05669.
      URL

      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Martin Kurečka, učo 485413. Změněno: 30. 1. 2024 17:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2367761/cs

    2023

    1. A survey of the European Open Science Cloud services for expanding the capacity and capabilities of multidisciplinary scientific applications
      CALATRAVA, Amanda, Hernán ASOREY, Jan ASTALOS, Alberto AZEVEDO, Francesco BENINCASA, Ignacio BLANQUER, Martin BOBAK, Francisco BRASILEIRO, Laia CODÓ, Laura del CANO, Borja ESTEBAN, Meritxell FERRET, Josef HANDL, Tobias KERZENMACHER, Valentin KOZLOV, Aleš KŘENEK, Ricardo MARTINS, Manuel PAVESIO, Antonio Juan RUBIO-MONTERO a Juan SÁNCHEZ-FERRERO. A survey of the European Open Science Cloud services for expanding the capacity and capabilities of multidisciplinary scientific applications. COMPUTER SCIENCE REVIEW. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 49. ISSN 1574-0137. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cosrev.2023.100571.
      Název anglicky: A survey of the European Open Science Cloud services for expanding the capacity and capabilities of multidisciplinary scientific applications
      angličtina. Nizozemské království.
      Klíčová slova anglicky: Open science; Cloud computing; Federated infrastructure; Multidisciplinary; EOSC
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 8. 6. 2023 10:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2289659/cs
    2. Cloudification of scientific experimental data using Onedata
      SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK, Łukasz OPIOŁA, Andrea MANZI a Josef HANDL. Cloudification of scientific experimental data using Onedata. In EGI Conference 2023. 2023.
      URL
      angličtina.
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 26. 6. 2023 13:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2294402/cs
    3. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management
      ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.
      URL
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: research data management, metadata, FAIR, Onedata
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 4. 10. 2023 17:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2320317/cs
    4. αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality
      SCHINDLER, Ondřej, Karel BERKA, Alessio CANTARA, Aleš KŘENEK, Dominik TICHÝ, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W11"-"W16", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad349.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130737 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Cantara, Alessio (380 Itálie, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Tichý, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: molecular structures; AlphaFoldDB; partial atomic charges; electrostatics; chemoinformatics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 3. 2024 00:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2281277/cs
    5. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform
      SVOBODA, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ, David ANTOŠ, Adrián ROŠINEC a Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.
      Název česky: Úvod do použití systému Onedata na CEITEC MU a v České národní repozitářové platformě
      angličtina. Česká republika.
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 15. 1. 2024 13:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2361077/cs
    6. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system
      ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Jozef SABO, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.
      URL
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: datasets management;FAIR principles;life-science data;Onedata
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 16. 11. 2023 12:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2340017/cs

    2022

    1. Automatic storing, sharing and archiving datasets with Onedata
      SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK a Josef HANDL. Automatic storing, sharing and archiving datasets with Onedata. In EGI Conference 2022. 2022.
      URL
      Název česky: Automatické ukládání, sdílení a srchivace datových sad pomocí systému Onedata
      angličtina. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 27. 2. 2023 16:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2261877/cs
    2. Automating scientific dataset management and processing using Onedata
      SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK a Josef HANDL. Automating scientific dataset management and processing using Onedata. In IBERGRID 2022. 2022.
      URL
      Název česky: Automatická správa vědeckých datových sad v systému Onedata
      angličtina. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 27. 2. 2023 16:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2261899/cs
    3. Collective Variable for Metadynamics Derived From AlphaFold Output
      SPIWOK, Vojtěch, Martin KUREČKA a Aleš KŘENEK. Collective Variable for Metadynamics Derived From AlphaFold Output. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES. SWITZERLAND: FRONTIERS MEDIA SA, 2022, roč. 2022, č. 9, s. 1-10. ISSN 2296-889X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2022.878133.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00129134 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Kurečka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein folding; alphafold; collective variable
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 3. 2023 15:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212609/cs
    4. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      TRAPL, Dalibor, MArtin KRUPIČKA, Vladimír VIŠŇOVSKÝ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction. Journal of Chemical Information and Modeling. American Chemical Society, 2022, roč. 62, č. 3, s. 567-576. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00651.
      URL
      Název česky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      Název anglicky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      RIV/00216224:14610/22:00129035 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Krupička, MArtin (203 Česká republika) -- Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: collective variable; biased potential; force field
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 3. 2023 15:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839946/cs
    5. The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization
      DUDOVÁ, Zdenka, Nathalie CONTE, Jeremy MASON, Dalibor STUCHLÍK, Radim PEŠA, Csaba HALMAGYI, Zinaida PEROVA, Abayomi MOSAKU, Ross THORNE, Alex FOLLETTE, Ľuboslav PIVARČ, Radim ŠAŠINKA, Muhammad USMAN, Steven NEUHAUSER, Dale A BEGLEY, Debra M KRUPKE, Massimiliano FRASSÀ, Alessandro FIORI, Riccardo CORSI, Luca VEZZADINI, Claudio ISELLA, Andrea BERTOTTI, Carol BULT, Helen PARKINSON, Enzo MEDICO, Terrence MEEHAN a Aleš KŘENEK. The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization. BMC Genomics. BioMed Central, 2022, roč. 23, č. 1, s. 1-11. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1.
      URL
      Název anglicky: The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization
      RIV/00216224:14610/22:00125440 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Dudová, Zdenka (203 Česká republika, domácí) -- Conte, Nathalie (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Mason, Jeremy (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Stuchlík, Dalibor (203 Česká republika, domácí) -- Peša, Radim (203 Česká republika, domácí) -- Halmagyi, Csaba (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Perova, Zinaida (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Mosaku, Abayomi (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Thorne, Ross (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Follette, Alex (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Pivarč, Ľuboslav (703 Slovensko, domácí) -- Šašinka, Radim (203 Česká republika, domácí) -- Usman, Muhammad (586 Pákistán, domácí) -- Neuhauser, Steven (840 Spojené státy) -- Begley, Dale A (840 Spojené státy) -- Krupke, Debra M (840 Spojené státy) -- Frassà, Massimiliano (380 Itálie) -- Fiori, Alessandro (380 Itálie) -- Corsi, Riccardo (380 Itálie) -- Vezzadini, Luca (380 Itálie) -- Isella, Claudio (380 Itálie) -- Bertotti, Andrea (380 Itálie) -- Bult, Carol (840 Spojené státy) -- Parkinson, Helen (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Medico, Enzo (380 Itálie) -- Meehan, Terrence (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PDX Molecular data analysis; Data harmonization; Research infrastructure; Database
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 15. 3. 2023 12:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1837177/cs

    2021

    1. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.
      Název anglicky: Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      RIV/00216224:14610/21:00119698 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Spišaková, Viktória (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Hejtmánek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Docker; Jupyter notebook; Kubernetes; Molecular force field; Protein folding; Reproducibility; Workflow
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 30. 3. 2023 14:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839944/cs
    2. Similarity Search for an Extreme Application: Experience and Implementation
      MÍČ, Vladimír, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK a Pavel ZEZULA. Similarity Search for an Extreme Application: Experience and Implementation. In Nora Reyes, Richard Connor, Nils Kriege, Daniyal Kazempour, Ilaria Bartolini, Erich Schubert, Jian-Jia Chen. Similarity Search and Applications: 14th International Conference, SISAP 2021, Dortmund, Germany, September 29 - October 1, 2021, Proceedings. Cham: Springer, 2021, s. 265-279. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_20.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122667 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Míč, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Similarity search in metric space;Efficiency;Distance distribution;Dimensionality curse;Extreme distance function
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Míč, Ph.D., učo 359890. Změněno: 23. 11. 2021 14:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1799684/cs

    2020

    1. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations. In Alexandre Nketsa. MODELLING AND SIMULATION 2020. Brusel: EUROSIS-ETI, 2020, s. 305-309. ISBN 978-94-92859-12-9.
      program konference
      Název česky: Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
      Název anglicky: Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      RIV/00216224:14610/20:00114384 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: metadyamic; protein folding; netural network
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 29. 4. 2021 10:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686702/cs

    2019

    1. West-Life: A Virtual Research Environment for structural biology
      MORRIS, Chris, Paolo ANDREETTO, Lucia BANCI, Alexandre M J J BONVIN, Grzegorz CHOJNOWSKI, Laura del CANO, José Marıa CARAZO, Pablo CONESA, Susan DAENKE, George DAMASKOS, Andrea GIACHETTI, Natalie E C HALEY, Maarten L HEKKELMAN, Philipp HEUSER, Robbie P JOOSTEN, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Tomáš KULHÁNEK, Victor S LAMZIN, Nurul NADZIRIN, Anastassis PERRAKIS, Antonio ROSATO, Fiona SANDERSON, Joan SEGURA, Joerg SCHAARSCHMIDT, Egor SOBOLEV, Sergio TRALDI, Mikael E TRELLET, Sameer VELANKAR, Marco VERLATO a Martyn WINN. West-Life: A Virtual Research Environment for structural biology. Journal of Structural Biology: X. 2019, roč. 1, January - March 2019, s. 1-8. ISSN 2590-1524. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.yjsbx.2019.100006.
      URL
      Název česky: West-Life: Virtualní výzkumné prostředí pro strukturní biologii
      RIV/00216224:14610/19:00109328 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Kouřil, Daniel (203 Česká republika) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: structural biology; web portal; cloud
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 11. 5. 2020 14:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1509616/cs

    2018

    1. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations. arXiv, 2018, 22 s. arXiv:1801.02362.
      URL
      Název česky: Zrychlení výpočtů průměrných čtvercových vzdáleností s pohyblivou blízkou strukturou v metydynamických simulacích

      Klíčová slova anglicky: approximation, acceleration, molecular dynamics simulation, metadynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 28. 1. 2019 09:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401896/cs

    2017

    1. Identification of "BRAF-Positive" Cases Based on Whole-Slide Image Analysis
      POPOVICI, Vlad, Aleš KŘENEK a Eva BUDINSKÁ. Identification of "BRAF-Positive" Cases Based on Whole-Slide Image Analysis. Biomed Research International. New York: HINDAWI LTD, 2017, Neuveden, April, s. nestránkováno, 7 s. ISSN 2314-6133. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1155/2017/3926498.
      RIV/00216224:14310/17:00097871 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Popovici, Vlad (642 Rumunsko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Budinská, Eva (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: digital pathology; bioinformatics; BRAF signature
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 5. 4. 2018 11:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392207/cs
    2. Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK, Vojtěch SPIWOK a Mária ŠIMKOVÁ. Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics. Journal of Chemical Physics. Melville: American Institute of Physics, 2017, roč. 146, č. 11, s. "115101:1"-"115101:8", 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4978296.
      URL
      RIV/00216224:14610/17:00094853 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šimková, Mária (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Conformational dynamics; Free energy; Eigenvalues; Low dimensional topology; Biomolecular conformation;Approximation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 6. 4. 2018 18:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1386007/cs

    2016

    1. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
      FILIPOVIČ, Jiří, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgie: EUROSIS - ETI, 2016, s. 278-280. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
      RIV/00216224:14610/16:00088323 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 15. 2. 2017 12:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360278/cs
    2. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations
      KŘENEK, Aleš, Tomáš RAČEK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations. In Molecular Machines 2016. 2016.
      Název česky: Přímé fitování křivek SAXS na ansámbl konformací
      Název anglicky: Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations

      Klíčová slova anglicky: SAXS; ensamble fit
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 23. 8. 2017 13:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387817/cs
    3. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016, s. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
      RIV/00216224:14330/16:00091643 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: optimization problem; computational chemistry; atomic charges; local vs. global optimization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 30. 11. 2016 10:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360275/cs
    4. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM
      RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Jana PAZÚRIKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.
      URL
      čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: EEM, parameterization, atomic charges
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 18. 10. 2016 11:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348875/cs
    5. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges
      RAČEK, Tomáš, Jana PAZÚRIKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK, Francesco Luca FALGINELLA, Vladimír HORSKÝ, Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00091249 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; EEM parameterization; wwPDB CCD database
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 22. 2. 2017 10:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1357233/cs
    6. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Tomáš RAČEK, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.
      Název česky: Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      Název anglicky: Parametrization of Electronegativity Equalization Method through Differential Evolution
      Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: atomic charges; EEM; differential evolution
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 3. 8. 2016 09:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350828/cs

    2015

    1. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles
      KŘENEK, Aleš, Karel KUBÍČEK, Richard ŠTEFL a Jiří FILIPOVIČ. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles. Online. In Simon Lin, Vicky Huang. Proceedings of International Symposium on Grids and Clouds 2015. Pissa: Proceedings of Science, 2015, s. nestránkováno, 9 s. ISSN 1824-8039.
      URL
      Název anglicky: Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles
      RIV/00216224:14610/15:00083645 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: saxs; nmr; ensamble fit
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 14:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309251/cs
    2. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications
      GEIDL, Stanislav, Tomáš BOUCHAL, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Václav HEJRET, Aleš KŘENEK, Ruben ABAGYAN a Jaroslav KOČA. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, DEC, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0107-1.
      URL
      RIV/00216224:14740/15:00081211 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity Equalization Method; EEM; Quantum mechanics; QM; Drug-like molecules
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 11:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1317812/cs
    3. Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations
      SPIWOK, Vojtěch, Pavel OBORSKÝ, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Blanka KRÁLOVÁ. Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations. Journal of the chemical society. Faraday transactions II, Journal of chemical physics. London: Chemical society, 2015, roč. 142, č. 11, s. nestránkováno, 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4914828.
      URL
      Název česky: Vnesení lineárního a nelineárního šumu v simulacích proteinu Trp-cage
      Název anglicky: Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations
      RIV/00216224:14610/15:00080979 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Oborský, Pavel (203 Česká republika) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Králová, Blanka (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; protein folding
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309250/cs

    2014

    1. Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)
      IŠTVÁNEK, Jan, Michal JAROŠ, Aleš KŘENEK a Jana ŘEPKOVÁ. Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae). American Journal of Botany. St Louis: Botanical Soc Amer Inc, 2014, roč. 101, č. 2, s. 327-337. ISSN 0002-9122. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340.
      RIV/00216224:14310/14:00073251 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Ištvánek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Jaroš, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Řepková, Jana (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: assessment of assembly software; de novo assembly; Fabaceae; genome annotation; red clover; Trifolium pratense
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: prof. RNDr. Jana Řepková, CSc., učo 530. Změněno: 1. 12. 2014 10:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1169273/cs
    2. NEEMP – Tool for parameterization of empirical charge calculation method EEM
      RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. NEEMP – Tool for parameterization of empirical charge calculation method EEM. In Chemoinformatics Strasbourg Summer School 2014. 2014.
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 3. 9. 2014 09:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1196535/cs

    2013

    1. Advanced implementation of atomic charge calculation with electronegativity equalization
      RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Advanced implementation of atomic charge calculation with electronegativity equalization. In SVOČ 2013 v Opavě. 2013.
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: Electronegativity equalization method; EEM; empirical charges; QM charges; parameterization; parallelization; optimization
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 11. 1. 2016 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139062/cs
    2. Empirical charges for chemoinformatics applications
      BOUCHAL, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60.
      URL
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 11. 1. 2016 10:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188329/cs
    3. Nemesis - a molecular modeling package
      ŠTĚPÁN, Jakub, Petr KULHÁNEK, Milan LENČO, Zora STŘELCOVÁ, Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Nemesis - a molecular modeling package. Online. In Uli Fechner. Journal of Cheminformatics 2013, 5(Suppl 1). Goslar (GER): Chemistry Central, 2013, s. 13-14. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-S1-P12.
      Přímý odkaz na článek.
      RIV/00216224:14740/13:00087699 Stať ve sborníku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
      Štěpán, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Kulhánek, Petr (203 Česká republika, garant, domácí) -- Lenčo, Milan (703 Slovensko, domácí) -- Střelcová, Zora (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nemesis molecular modelling 3D structure
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 3. 5. 2016 16:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1118598/cs
    4. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud
      KŘENEK, Aleš, Petr HOLUB, Vlastimil HOLER, Daniel KOUŘIL, Filip PROCHÁZKA, Zdeněk HEJNA, Miroslav GURIČAN a František MULLER. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud. Online. In Simon Lin. Proceedings ISGC 2013. Trieste: PoS - Proceedings of Science, 2013, s. 180-189. ISSN 1824-8039.
      URL
      Název česky: 3,5 milionu smartmeteru v cloudu
      Název anglicky: 3.5 Million Smartmeters in the Cloud
      RIV/00216224:14610/13:00070320 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Tchaj-wan.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Holub, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Holer, Vlastimil (203 Česká republika, domácí) -- Kouřil, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Procházka, Filip (203 Česká republika) -- Hejna, Zdeněk (203 Česká republika) -- Guričan, Miroslav (703 Slovensko) -- Muller, František (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: smartmeter cloud simulation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marta Novotná Buršíková, učo 15689. Změněno: 25. 4. 2014 15:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1131279/cs

    2011

    1. Compression of Vector Field Changing in Time
      GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš a Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. Online. In Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos. Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, s. 40-46. ISBN 978-3-939897-22-4.
      URL
      Název česky: Komprese v čase proměnného vektorového pole
      RIV/00216224:14610/11:00052110 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Golembiovský, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haptics; molecular docking; lossy compression
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 9. 4. 2013 15:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/934118/cs

    2010

    1. Compression of Vector Field Changing in Time
      GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš a Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. In MEMICS 2010: Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Brno: NOVPRESS, s.r.o., 2010, s. 76-83. ISBN 978-80-87342-10-7.
      Název česky: Komprese v čase proměnného vektorového pole
      RIV/00216224:14610/10:00045333 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Golembiovský, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haptics; molecular docking; lossy compression
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marta Novotná Buršíková, učo 15689. Změněno: 18. 4. 2011 15:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/906848/cs
    2. Real Time Monitor of Grid job executions
      COLLING, David, Janusz MARTYNIAK, Andrew MCGOUGH, Aleš KŘENEK, Jiří SITERA, Miloš MULAČ a František DVOŘÁK. Real Time Monitor of Grid job executions. Journal of Physics: Conference Series. 2010, roč. 219, č. 6, 9 s. ISSN 1742-6596.
      Název česky: Monitor gridových úloh v reálném čase

      Klíčová slova anglicky: grid job; monitoring
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 9. 6. 2010 18:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/887150/cs
    3. Something you may have wanted to know about L&B
      ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET a Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, roč. 219, č. 6, 10 s. ISSN 1742-6596.
      Název anglicky: Something you may have wanted to know about L&B

      Klíčová slova anglicky: grid job; job status; job id; notification
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 9. 6. 2010 18:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/887148/cs

    2008

    1. Experience with Large Scale Simulations on the EGEE Grid for the AUGER collaboration
      SCHOVANCOVÁ, Jaroslava, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MILAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Zdeněk ŠUSTR a Petr TRÁVNÍČEK. Experience with Large Scale Simulations on the EGEE Grid for the AUGER collaboration. In Proceedings of the Third Conference of the EELA Project. Catania, Itálie: CIEMAT, 2008, s. 283-291, 8 s. ISBN 978-84-7834-565-6.
      Název česky: Zkušenosti s rozsáhlými simulacemi na EGEE gridu pro AUGER kolaboraci

      Klíčová slova anglicky: Job Provenance; AUGER;
      Změnil: RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 20. 12. 2008 11:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/800172/cs
    2. Experimental evaluation of job provenance in ATLAS environment
      KŘENEK, Aleš, Jiří SITERA, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk ŠUSTR, Simone CAMPANA, Elizabetta MOLINARI a David REBATTO. Experimental evaluation of job provenance in ATLAS environment. In Journal of Physics: Conference Series. Bristol, Great Britain, 2008, s. 1-9.
      Název česky: Experimentalni hodnoceni job provenance v prostredi experimentu ATLAS

      Klíčová slova anglicky: Grid; service; L&B; JP; job provenance
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 20. 12. 2008 11:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/800173/cs
    3. gLite Job Provenance - a job-centric view
      KŘENEK, Aleš, Jiri SITERA, Luděk MATYSKA, Frantisek DVORAK, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA a Zdeněk SALVET. gLite Job Provenance - a job-centric view. Concurrency and Computation: Practice and Experience. John Wiley & Sons, Inc, 2008, roč. 20, č. 5, s. 453-462. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.1252.
      RIV/00216224:14610/08:00056801 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sitera, Jiri (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Dvorak, Frantisek (203 Česká republika) -- Mulač, Miloš (203 Česká republika) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika, domácí) -- Salvet, Zdeněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: gLite provenance
      Změnil: Mgr. Miroslav Ruda, učo 1284. Změněno: 11. 4. 2012 14:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/979275/cs
    4. Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services
      RUDA, Miroslav, Jiri SITERA, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Zdenek SUSTR a Michal VOCŮ. Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services. In CESNET CONFERENCE 2008-SECURITY, MIDDLEWARE, AND VIRTUALIZATION-GLUE OF FUTURE NETWORKS. Praha: CESNET, 2008, s. 3-12. ISBN 978-80-904173-0-4.
      Název anglicky: Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services
      RIV/00216224:14610/08:00056812 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ruda, Miroslav (203 Česká republika) -- Sitera, Jiri (203 Česká republika) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika) -- Sustr, Zdenek (203 Česká republika) -- Voců, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: grid; job; provenance
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 12. 4. 2012 11:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/979336/cs
    5. Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets
      KŘENEK, Aleš, Luděk MATYSKA, Jiří SITERA, Miroslav RUDA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Zdeněk ŠUSTR a Zdeněk SALVET. Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets. In Provenance and Annotation of Data and Processes. Second International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2008; LNCS. Berlin: Springer Berlin / Heidelberg, 2008, s. 144-151. ISBN 978-3-540-89964-8.
      URL
      Název česky: Job Provenance - Přístup k velmi rozsáhlým provenancím
      Název anglicky: Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets
      RIV/00216224:14310/08:00026804 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Spojené státy.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, garant) -- Sitera, Jiří (203 Česká republika) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika) -- Dvořák, František (203 Česká republika) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika) -- Šustr, Zdeněk (203 Česká republika) -- Salvet, Zdeněk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Provenance
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 18. 12. 2008 11:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/795313/cs
    6. Special issue: The first provenance challenge
      MOREAU, Luc, Bertram LUDASCHER, Ilkay ALTINTAS, Roger BARGA, Shawn BOWERS, Steven CALLAHAN, George CHIN, Ben CLIFFORD, Shirley COHEN, Sarah COHEN-BOULAKIA, Susan DAVIDSON, Ewa DEELMAN, Luciano DIGIAMPIETRI, Ian FOSTER, Juliana FREIRE, James FREW, Joe FUTRELLE, Tara GIBSON, Yolanda GIL, Carole GOBLE, Jennifer GOLBECK, Paul GROTH, David HOLLAND, Sheng JIANG, Jihie KIM, David KOOP, Aleš KŘENEK, Timothy MCPHILLIPS, Gaurang MEHTA, Simon MILES, Dominic METZGER, Steve MUNROE, Jim MYERS, Beth PLALE, Norbert PODHORSZKI, Varun RATNAKAR, Emanuele SANTOS, Carlos SCHEIDEGGER, Karen SCHUCHARDT, Margo SELTZER, Yogesh SIMMHAN, Claudio SILVA, Peter SLAUGHTER, Eric STEPHAN, Robert STEVENS, Daniele TURI, Huy VO, Mike WILDE, Jun ZHAO a Yong ZHAO. Special issue: The first provenance challenge. Concurrency and Computation: Practice and Experience. John Wiley & Sons, Inc, 2008, roč. 20, č. 5, s. 409-418. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.1233.
      Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: provenance
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 20. 4. 2012 09:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/979267/cs

    2007

    1. Designing a distributed mediator for the C-GMA monitoring architecture
      KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Miroslav RUDA a Aleš KŘENEK. Designing a distributed mediator for the C-GMA monitoring architecture. In Distributed and Parallel Systems: From Cluster to Grid Computing. Innsbruck, Austria: Springer, 2007, s. 155-164. ISBN 978-0-387-69857-1.
      book information
      Název anglicky: Designing a distributed mediator for the C-GMA monitoring architecture
      RIV/00216224:14610/07:00050821 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Rakousko.
      Krajíček, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Ceccanti, Andrea (380 Itálie) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: grid computing; grid monitoring; C-GMA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 12. 4. 2012 13:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/725388/cs
    2. Multiple Ligand Trajectory Docking Study: Semiautomatic Analysis of Molecular Dynamics Simulations Using EGEE gLite Services
      ŠUSTR, Zdeněk, Aleš KŘENEK, Martin PETŘEK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Jiří WIESNER, Jiří SITERA, František DVOŘÁK a Luděk MATYSKA. Multiple Ligand Trajectory Docking Study: Semiautomatic Analysis of Molecular Dynamics Simulations Using EGEE gLite Services. In Proceedings of the 16th Euromicro Conference on Parallel, Distributed and Network-based Processing. Toulouse, France: IEEE CPS, 2007, s. 447-454. ISBN 978-0-7695-3089-5.
      Název česky: Studie "Multiple Ligand Trajectory Docking": Poloautomatická analýza molekulárně-dynamických simulací pomocí služeb EGEE gLite
      Název anglicky: Multiple Ligand Trajectory Docking Study: Semiautomatic Analysis of Molecular Dynamics Simulations Using EGEE gLite Services
      RIV/00216224:14610/07:00051077 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Francie.
      Šustr, Zdeněk (203 Česká republika) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant) -- Petřek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika) -- Kmuníček, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Wiesner, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Sitera, Jiří (203 Česká republika) -- Dvořák, František (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Grid; service; L&B; JP; job provenance
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 23. 4. 2012 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/800174/cs

    2006

    1. Best Practices of User Account Management with Virtual Organization Based Access to Grid
      DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA a Paweł WOLNIEWICZ. Best Practices of User Account Management with Virtual Organization Based Access to Grid. Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin/Heidelberg, 2006, roč. 3911, -, s. 633-642. ISSN 0302-9743.
      Název česky: Osvědčené metody zprávy uživatelských účtů pro přístup ke Gridu na základě virtuálních organizací
      RIV/00216224:14330/06:00017102 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Polsko.
      Denemark, Jiří (203 Česká republika, garant) -- Jankowski, Michał (616 Polsko) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika) -- Meyer, Norbert (616 Polsko) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika) -- Wolniewicz, Paweł (616 Polsko)
      Klíčová slova anglicky: Grids; user management; virtual organizations
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Jiří Denemark, učo 4135. Změněno: 19. 12. 2006 15:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/694065/cs
    2. Capability languages in C-GMA
      KRAJÍČEK, Ondřej, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jiří SITERA. Capability languages in C-GMA. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. April 2006. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 131-138. ISBN 83-915141-5-3.
      Název česky: Capability jazyky v C-GMA
      Název anglicky: Capability languages in C-GMA
      RIV/00216224:14610/06:00016809 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Krajíček, Ondřej (203 Česká republika, garant) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika) -- Sitera, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: grid computing;grid monitoring;capability languages
      Změnil: RNDr. David Antoš, Ph.D., učo 3077. Změněno: 19. 12. 2006 11:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/634432/cs
    3. Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture
      KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture. In Proceedings of the Austrian Hungarian Workshop on Parallel and Distributed Systems 2006. 1. vyd. Innsbruck, 2006, s. TO APPEAR, 10 s.
      Název česky: Návrh distribuovaného mediátoru pro architekturu C-GMA
      Název anglicky: Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture
      Informatika. čeština. Rakousko.
      Klíčová slova anglicky: grid monitoring, c-gma, publish/subscribe systems, gma
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Ondřej Krajíček, učo 39489. Změněno: 14. 12. 2006 16:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/705279/cs
    4. Haptický model interakce molekul
      KŘENEK, Aleš a Jiří FILIPOVIČ. Haptický model interakce molekul. 2006.
      Název anglicky: Haptic model of interaction of molecules
      RIV/00216224:14310/06:00018560 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Využití počítačů, robotika a její aplikace. čeština. Česká republika.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: haptic model; biomolecule; lenard-jones potential
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 15. 2. 2007 12:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/712591/cs

    2005

    1. Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture
      SITERA, Jiří, Luděk MATYSKA, Aleš KŘENEK, Miroslav RUDA, Michal VOCŮ, Zdeněk SALVET a Miloš MULAČ. Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture. In Proc. Cracow Grid Workshop'04. Krakow, Polsko: Academic Computing Centre CYFRONET AGH, 2005, s. 176-183. ISBN 83-9151414-4-5.
      Název česky: GRIDová monitorovací architektura založená na capabilitách a atributech
      Název anglicky: Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture
      RIV: Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Polsko.
      Sitera, Jiří (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, garant) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika) -- Voců, Michal (203 Česká republika) -- Salvet, Zdeněk (203 Česká republika) -- Mulač, Miloš (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: grid monitoring; overlay network; CGMA; attribute; capability
      Změnil: RNDr. David Antoš, Ph.D., učo 3077. Změněno: 19. 12. 2006 11:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/586082/cs
    2. Distribuované výpočty složitých stavových prostorů
      KŘENEK, Aleš a Igor PETERLÍK. Distribuované výpočty složitých stavových prostorů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o., 2005, s. 176-185. ISBN 80-244-1035-4.
      Název česky: Distribuované výpočty složitých stavových prostorů
      Název anglicky: Distributed computation of complex state spaces
      RIV/00216224:14310/05:00013752 Stať ve sborníku. Informatika. čeština. Česká republika.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: state space seach; latency; distributed computing
      Změnil: RNDr. Igor Peterlík, Ph.D., učo 39642. Změněno: 4. 2. 2014 13:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571472/cs
    3. Haptically Driven Travelling Through Conformational Space
      PETERLÍK, Igor a Aleš KŘENEK. Haptically Driven Travelling Through Conformational Space. In First Joint EUROHAPTICS CONFERENCE and SYMPOSIUM ON HAPTIC INTERFACES FOR VIRTUAL ENVIRONMENT AND TELEOPERATOR SYSTEMS. Pisa: IEEE Computer Society, 2005, s. 342-347. ISBN 0-7695-2310-2.
      Název česky: Hapticky řízené cestování konformačním prostorem
      Název anglicky: Haptically Driven Travelling Through Conformational Space
      RIV/00216224:14310/05:00013562 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Itálie.
      Peterlík, Igor (703 Slovensko, garant) -- Křenek, Aleš (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: conformational behaviour; virtual reality; haptics
      Změnil: RNDr. Igor Peterlík, Ph.D., učo 39642. Změněno: 7. 11. 2007 14:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/562158/cs
    4. Perun -- Fault-Tolerant Management of Grid Resources
      KŘENEK, Aleš a Zora SEBESTIANOVÁ. Perun -- Fault-Tolerant Management of Grid Resources. In Krakow Grid Workshop 2004. Krakow: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2005, s. 133-140. ISBN 83-915141-4-5.
      Název česky: Perun -- systém správy gridových prostředku odolný proti výpadkum
      Název anglicky: Perun -- Fault-Tolerant Management of Grid Resources
      RIV/00216224:14310/05:00021330 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Polsko.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant) -- Sebestianová, Zora (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: grid resources management; fault tolerance
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 13. 12. 2006 17:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571145/cs
    5. Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure
      CECCANTI, Andrea, Ondřej KRAJÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, Italy, 2005, s. 237-246.
      Název česky: Návrh škálovatelné a interoperabilní infrastruktury pro Grid Monitoring
      Název anglicky: Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure
      RIV/00216224:14610/05:00014157 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ceccanti, Andrea (380 Itálie) -- Krajíček, Ondřej (203 Česká republika, garant) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika) -- Ruda, Miroslav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: grid monitoring
      Změnil: RNDr. Ondřej Krajíček, učo 39489. Změněno: 19. 12. 2005 17:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/588662/cs

    2004

    1. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid
      KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL a Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 s.
      URL
      Název česky: Distribuované sledování, ukládání a znovupoužití stavových informací o úloze na gridu
      Název anglicky: Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid
      Informatika. angličtina.
      Klíčová slova anglicky: Grid Logging
      Změnil: Mgr. Jiří Škrabal, učo 3877. Změněno: 11. 1. 2005 09:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/559204/cs
    2. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project
      ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE a G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 s.
      URL
      Název česky: Praktické přístupy k vytížení gridu a správa zdrojů projektu EGEE
      Název anglicky: Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project
      Informatika. angličtina.
      Klíčová slova anglicky: Grid resource management
      Změnil: Mgr. Jiří Škrabal, učo 3877. Změněno: 11. 1. 2005 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/559205/cs

    2003

    1. Building 3D State Spaces of Virtual Environments with a TDS-based Algorithm
      KŘENEK, Aleš, Igor PETERLÍK a Luděk MATYSKA. Building 3D State Spaces of Virtual Environments with a TDS-based Algorithm. In Recent Advances in Parallel Virtual Machine and Message Passing Interface. Berlin: Springer-Verlag, 2003, s. 529-536. ISBN 3-540-20149-1.
      Název anglicky: Haptic rendering of complex force fields
      RIV/00216224:14610/03:00008580 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Itálie.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MPI; TDS; parallel state space search; haptics; virtual environments
      Změnil: RNDr. Igor Peterlík, Ph.D., učo 39642. Změněno: 4. 2. 2014 13:45.
      Přír. čísla: 4200509130, 4200509200
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/489216/cs
    2. Haptic rendering of complex force fields
      KŘENEK, Aleš. Haptic rendering of complex force fields. In Proc. 9th Eurographics Workshop on Virtual Environments. Zurich: ACM Press, 2003, s. 231-240. ISBN 3-905673-00-2.
      Název anglicky: Haptic rendering of complex force fields
      RIV/00216224:14610/03:00008569 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: haptics; virtual environments; conformational behaviour
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 16. 9. 2003 17:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/488539/cs

    2001

    1. Haptic Rendering of Molecular Conformations
      KŘENEK, Aleš. Haptic Rendering of Molecular Conformations. In Proc. Eurohaptics 2001. Birmingham: The University of Birmingham, 2001, s. 142-145. Educational Tchnology Research Paper Series. ISSN: 1463-9394.
      Název anglicky: Haptic Rendering of Molecular Conformations
      RIV/00216224:14330/01:00004991 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Klíčová slova anglicky: haptics; force feedback; conformation; potential energy
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 11. 12. 2001 16:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/382711/cs
    2. Haptic Rendering of Molecular Properties
      KŘENEK, Aleš a Luděk MATYSKA. Haptic Rendering of Molecular Properties. Francie: ERCIM, 2001. ERCIM News, 44. ISBN 0926-4981.
      URL
      Počítačový hardware a software. angličtina. Francie.
      Klíčová slova anglicky: human computer interaction; haptics; molecular models
      Změnil: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904. Změněno: 1. 1. 2002 22:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/349251/cs
    3. MetaCenter -- Building a Virtual Supercomputer
      MATYSKA, Luděk, Michal VOCŮ a Aleš KŘENEK. MetaCenter -- Building a Virtual Supercomputer. Francie: ERCIM, 2001. ERCIM News, 45. ISBN 0926-4981.
      URL
      Název anglicky: MetaCenter -- Building a Virtual Supercomputer
      Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Francie.
      Klíčová slova anglicky: GRID; Supercomputing
      Změnil: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904. Změněno: 1. 1. 2002 22:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/384731/cs

    2000

    1. Handling Cycles in Conformational Behaviour Visualization
      KŘENEK, Aleš. Handling Cycles in Conformational Behaviour Visualization. In Proceedings WSCG'2000. Plzeň: Západočeská univerzita, 2000, s. 48-54. ISBN 80-7082-614-6.
      Název anglicky: Handling Cycles in Conformational Behaviour Visualization
      RIV/00216224:14330/00:00001864 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 14. 2. 2000 13:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/241291/cs
    2. Haptic Rendering of Molecular Flexibility
      KŘENEK, Aleš. Haptic Rendering of Molecular Flexibility. In Proceedings PURS2000. 1. vyd. Konstanz, CH: Swiss Federal Institute of Technology, 2000, s. 19-26. Selected Readings in Vison and Graphics, 8. ISBN 3-89649-579-8.
      Název anglicky: Haptic Rendering of Molecular Flexibility
      RIV/00216224:14330/00:00000110 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Švýcarsko.
      Klíčová slova anglicky: molecular flexibility; haptics; force feedback; PHANToM
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 12. 7. 2000 12:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/324371/cs

    1999

    1. Haptic Visualization of Molecular Data
      KŘENEK, Aleš, Martin ČERNOHORSKÝ a Zdeněk KABELÁČ. Haptic Visualization of Molecular Data. In Proceedings WSCG'99. Plzeň: Západočeská univerzita, 1999, s. 132-139. ISBN 80-7082-490-5.
      Název anglicky: Haptic Visualization of Molecular Data
      RIV/00216224:14330/99:00001536 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 14. 1. 2000 11:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224961/cs
    2. Studying Conformational Behaviour with PHANToM device(s)
      KŘENEK, Aleš a Zdeněk KABELÁČ. Studying Conformational Behaviour with PHANToM device(s). In Proceedings PURS'99. Heidelberg: Deutsches Krebsforschungszentrum, 1999, s. 3-6.
      URL
      Název anglicky: Studying Conformational Behaviour with PHANToM device(s)
      RIV/00216224:14330/99:00001538 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Německo.
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 14. 1. 2000 11:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224964/cs
Zobrazeno: 27. 4. 2024 05:16