Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2022

    1. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock
      NĚMCOVÁ, Petra, Jana HOZZOVÁ a Jiří FILIPOVIČ. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock. Online. In SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing. USA: Association for Computing Machinery, 2022, s. 619-626. ISBN 978-1-4503-8713-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125815 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Němcová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; ligand transport; flexible receptor; molecular docking; search heuristic; continuous space search
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 7. 2. 2024 16:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1853582/cs
    2. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      TRAPL, Dalibor, MArtin KRUPIČKA, Vladimír VIŠŇOVSKÝ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction. Journal of Chemical Information and Modeling. American Chemical Society, 2022, roč. 62, č. 3, s. 567-576. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00651.
      URL
      Název česky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      Název anglicky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      RIV/00216224:14610/22:00129035 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Krupička, MArtin (203 Česká republika) -- Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: collective variable; biased potential; force field
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 3. 2023 15:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839946/cs
    3. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs
      FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, roč. 160, February, s. 16-35. ISSN 0743-7315. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125022 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Search method; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 20. 3. 2023 12:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1799520/cs

    2021

    1. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.
      Název anglicky: Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      RIV/00216224:14610/21:00119698 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Spišaková, Viktória (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Hejtmánek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Docker; Jupyter notebook; Kubernetes; Molecular force field; Protein folding; Reproducibility; Workflow
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 30. 3. 2023 14:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839944/cs
    2. Kernel Tuning Toolkit 2.0 (software)
      PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ a Richard TREMBECKÝ. Kernel Tuning Toolkit 2.0. 2021.
      Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/21:00122282 Software. angličtina. Česká republika.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 7. 9. 2021 14:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790347/cs
    3. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures
      HOZZOVÁ, Jana, Jiří FILIPOVIČ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures. Data in Brief. Elsevier, 2021, roč. 39, December, s. 1-12. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2021.107631.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00123013 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Tuning spaces; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 2. 2. 2022 14:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1805266/cs
    4. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
      HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00118914 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Tunnel analysis; Ligand transport; Molecular docking; Drug design; Enzyme engineering; Ligand screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 9. 9. 2021 15:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1757928/cs
    5. 4D-GRAPHS (software)
      BRÁZDIL, Tomáš, David PORTEŠ, Jiří FILIPOVIČ, Jana HOZZOVÁ, Thomas EVANGELIDIS a Konstantinos TRIPSIANES. 4D-GRAPHS. 2021.
      URL
      Název česky: 4D-GRAPHS
      RIV/00216224:14330/21:00121312 Software. angličtina. Česká republika.
      Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Porteš, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Evangelidis, Thomas (300 Řecko, domácí) -- Tripsianes, Konstantinos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; NOESY; assignment
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 8. 6. 2021 15:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1756437/cs

    2020

    1. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit
      PETROVIČ, Filip, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Richard TREMBECKÝ, Siegfried BENKNER a Jiří FILIPOVIČ. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit. Future Generation Computer Systems. Elsevier, 2020, roč. 108, July, s. 161-177. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2020.02.069.
      URL
      Název česky: Sada benchmarků vysoce efektivních CUDA a OpenCL kernelů a její dynamický autotuning za pomocí Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/20:00115375 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí) -- Benkner, Siegfried (40 Rakousko) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dynamic autotuning; OpenCL; CUDA; Performance optimization; Autotuning benchmark set
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 25. 3. 2021 10:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1630456/cs
    2. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps
      OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2020, roč. 32, č. 21, s. 1-15. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.5962.
      URL
      RIV/00216224:14610/20:00116267 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; prediction of tuning cost; sensitivity analysis; tuning space pruning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 30. 8. 2022 14:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1675386/cs
    3. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations. In Alexandre Nketsa. MODELLING AND SIMULATION 2020. Brusel: EUROSIS-ETI, 2020, s. 305-309. ISBN 978-94-92859-12-9.
      program konference
      Název česky: Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
      Název anglicky: Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      RIV/00216224:14610/20:00114384 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: metadyamic; protein folding; netural network
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 29. 4. 2021 10:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686702/cs

    2019

    1. Exploiting historical data: pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps
      OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. In Ulrich Schwardmann, Christian Boehme, Dora B. Heras, Valeria Cardellini, Emmanuel Jeannot, Antonio Salis, Claudio Schifanella, Ravi Reddy Manumachu, Dieter Schwamborn, Laura Ricci, Oh Sangyoon, Thomas Gruber, Laura Antonelli, Stephen L. Scott. Lecture Notes in Computer Science. Cham, Switzerland: Springer, Cham, 2019, s. 295-307. ISBN 978-3-030-48339-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-48340-1_23.
      Název česky: Využití historických dat: prořezávání prostorů v autotuningu a odhad počtu tunících kroků
      RIV/00216224:14610/19:00115100 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Autotuning; prediction of tuning cost; tuning space pruning; sensitivity analysis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 16. 8. 2023 15:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1551680/cs

    2018

    1. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations. arXiv, 2018, 22 s. arXiv:1801.02362.
      URL
      Název česky: Zrychlení výpočtů průměrných čtvercových vzdáleností s pohyblivou blízkou strukturou v metydynamických simulacích

      Klíčová slova anglicky: approximation, acceleration, molecular dynamics simulation, metadynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 28. 1. 2019 09:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401896/cs
    2. Kernel Tuning Toolkit (software)
      PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Kernel Tuning Toolkit. 2018.
      Kernel Tuning Toolkit
      Název česky: Kernel Tuning Toolkit
      Název anglicky: Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/18:00102106 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 28. 1. 2019 09:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1396357/cs

    2017

    1. Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK, Vojtěch SPIWOK a Mária ŠIMKOVÁ. Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics. Journal of Chemical Physics. Melville: American Institute of Physics, 2017, roč. 146, č. 11, s. "115101:1"-"115101:8", 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4978296.
      URL
      RIV/00216224:14610/17:00094853 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šimková, Mária (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Conformational dynamics; Free energy; Eigenvalues; Low dimensional topology; Biomolecular conformation;Approximation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 6. 4. 2018 18:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1386007/cs

    2016

    1. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
      FILIPOVIČ, Jiří, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgie: EUROSIS - ETI, 2016, s. 278-280. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics
      RIV/00216224:14610/16:00088323 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 15. 2. 2017 12:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360278/cs
    2. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations
      KŘENEK, Aleš, Tomáš RAČEK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations. In Molecular Machines 2016. 2016.
      Název česky: Přímé fitování křivek SAXS na ansámbl konformací
      Název anglicky: Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations

      Klíčová slova anglicky: SAXS; ensamble fit
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 23. 8. 2017 13:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387817/cs
    3. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016, s. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3.
      Název anglicky: Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
      RIV/00216224:14330/16:00091643 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Belgie.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: optimization problem; computational chemistry; atomic charges; local vs. global optimization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 30. 11. 2016 10:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360275/cs
    4. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM
      RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Jana PAZÚRIKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.
      URL
      čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: EEM, parameterization, atomic charges
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 18. 10. 2016 11:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348875/cs
    5. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges
      RAČEK, Tomáš, Jana PAZÚRIKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK, Francesco Luca FALGINELLA, Vladimír HORSKÝ, Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00091249 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; EEM parameterization; wwPDB CCD database
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 22. 2. 2017 10:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1357233/cs
    6. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Tomáš RAČEK, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.
      Název česky: Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      Název anglicky: Parametrization of Electronegativity Equalization Method through Differential Evolution
      Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: atomic charges; EEM; differential evolution
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 3. 8. 2016 09:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350828/cs

    2015

    1. Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations
      SPIWOK, Vojtěch, Pavel OBORSKÝ, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Blanka KRÁLOVÁ. Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations. Journal of the chemical society. Faraday transactions II, Journal of chemical physics. London: Chemical society, 2015, roč. 142, č. 11, s. nestránkováno, 8 s. ISSN 0021-9606. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1063/1.4914828.
      URL
      Název česky: Vnesení lineárního a nelineárního šumu v simulacích proteinu Trp-cage
      Název anglicky: Nonlinear vs. linear biasing in Trp-cage folding simulations
      RIV/00216224:14610/15:00080979 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Oborský, Pavel (203 Česká republika) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Králová, Blanka (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular metadynamics; protein folding
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309250/cs

    2014

    1. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations
      PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. MEMICS 2014. Brno: NOVPRESS, 2014, s. 101-111. ISBN 978-80-214-5022-6.
      URL
      Název česky: Konvergence Parareal Algoritmu Aplikovaného na Simulace Molekulové Dynamiky
      RIV/00216224:14330/14:00077292 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: strong scaling; parareal; molecular dynamics
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 15:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1205831/cs

    2013

    1. Electrostatics' calculation parallel in time
      PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Electrostatics' calculation parallel in time. In CECAM workshop on Fast Methods for Long Range Interactions in Complex Particle Systems. 2013.
      Název česky: Výpočet elektrostatických interakcií paralelne v čase
      RIV/00216224:14330/13:00070601 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Německo.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; long-range interaction; parallel in time
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 18. 12. 2013 10:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1137464/cs
    2. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions
      PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions. arXiv, 2013, 18 s.
      URL
      Název česky: Paralelné metódy pre výpočet ďaleko-dosahových elektrostatických interakcií
      RIV/00216224:14330/13:00070602 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Pazúriková, Jana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; long-range interaction; parallel in time
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 17. 4. 2014 10:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1137465/cs
Zobrazeno: 19. 10. 2024 15:56