Výpis publikací

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Aleš KŘENEK; Katarína GREŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Eva MARŠÁLKOVÁ; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Vlastislav DOHNAL; Karel BERKA; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.58074/mv1w-y227.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data. In Carson K. Leung, Anton Dignös, Gabriele Kotsis, A. Min Tjoa, Ismail Khalil. Big Data Analytics and Knowledge Discovery 27th International Conference, DaWaK 2025, Bangkok, Thailand, August 25–27, 2025, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2026, s. 251-258. ISBN 978-3-032-02214-1. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-032-02215-8_20.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data: Extended Version. arXiv, 2025, 16 s. N/A. Dostupné z: https://doi.org/10.48550/arXiv.2507.05865.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jozef ČERŇANSKÝ; Jaroslav OĽHA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. SIMILARITY SEARCH AND APPLICATIONS, SISAP 2024. BERLIN: Springer, 2025, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jakub ČILLÍK; Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. Cold Spring Harbor, USA: bioRxiv, 2024, 6 s. N/A. Dostupné z: https://doi.org/10.1101/2024.02.15.580465.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Katarína GREŠOVÁ; Jaroslav OĽHA; Vlastislav DOHNAL; Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W182"-"W186", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkae397.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Katarína GREŠOVÁ; David PROCHÁZKA; Viktória SPIŠAKOVÁ; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Aleš KŘENEK; Vlastislav DOHNAL; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL; Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

JÁNOŠOVÁ, Miriama; David PROCHÁZKA a Vlastislav DOHNAL. Organizing Similarity Spaces using Metric Hulls. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 3-16. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_1.