Bakalářská práce

Hypomethylace rostlinného genomu a stabilita telomer

Plant genome hypomethylation and telomere stability

Klára Konečná
Anotace

Bakalářská práce shrnuje poznatky o epigenetických modifikacích, především methylaci DNA. Dále zde byly popsány inhibitory methylace DNA, jako jsou azacytidin, zebularin či dihydroxypropyl adenin. Poslední oddíl teoretické části se zaměřuje na informace o telomerách a jejich epigenetických regulacích. Byly popsány intersticiální telomerové sekvence, které komplikují interpretaci analýz pravých telomer …více

Abstract

The bachelor thesis summarizes knowledge about epigenetic modifications, especially methylation of DNA. Furthermore there were described DNA methylation inhibitors e.g., azacytidine, zebularine or dihydroxypropyl adenine. The last section of the theoretical part focuses on information about telomeres and their epigenetic regulations. Finally, there were described intersticial telomeric sequences, …více

Zadání práce
Telomery jsou specifické oblasti na koncích lineárních eukaryotických chromozomů, které chrání genom před nestabilitou a odlišují přirozené konce chromozomů od dvouvláknových zlomů. Jakožto chromatinové struktury podléhají telomery epigenetickým regulacím. Bylo prokázáno, že cytosiny rostlinných telomer mohou být methylované, a že tato modifikace může ovlivňovat stabilitu telomerových sekvencí. Rostliny Arabidopsis thaliana, které byly hypomethylovány geneticky (mutantní linie s T-DNA inzercí v genech, které jsou klíčové pro zachování stabilního methylačního obrazu) nebo chemicky (ovlivnění epigeneticky aktivními látkami) měly oproti rostlinám kontrolním výrazně kratší telomery. Na druhou stranu, délka telomer hypomethylovaných buněk Nicotiana tabacum se nezměnila, což svědčí o rozdílném ovlivnění stability telomer epigenetickými mechanismy v různých modelových rostlinách. V teoretické části bakalářské práce budou shrnuty recentní poznatky o epigenetických modifikacích telomerového chromatinu. V experimentální části bude student/ka analyzovat délku telomer v kalusech založených z klíčních rostlinek A. thaliana. Klíční rostlinky budou kultivovány na kontrolním médiu a v přítomnosti hypomethylační látky a za těchto podmínek bude probíhat i kultivace kalusů. Jelikož propagace rostlinných buněk v kalusové kultuře vede ke stochastickému prodlužování telomer, zatímco hypomethylované rostliny měly telomery ve srovnání s kontrolním vzorkem kratší, bude zajímavé zjistit, který z těchto procesů bude dominanovat. Literatura: Dvořáčková, M., Fojtová, M., Fajkus, J. Chromatin dynamics of plant telomeres and ribosomal genes. Plant J., 83, 18-37, 2015. Fojtová, M. Fajkus J. Epigenetic regulation of telomere maintenance. Cytogenet. Genome Res., 143, 125-135, 2014. Ogrocká, A., Polanská, P., Majerová, E., Janeba, Z., Fajkus, J., Fojtová, M. Compromised telomere maintenance in hypomethylated Arabidopsis thaliana plants. Nucleic Acids Res., 42, 2919-2931, 2014. Majerová, E., Fojtová, M., Mozgová, I., Bittová, M., Fajkus, J. Hypomethylating drugs efficiently decrease cytosine methylation in telomeric DNA and activate telomerase without affecting telomere length in tobacco. Plant Mol. Biol., 77, 371-80, 2011. Vrbsky J, Akimcheva S, Watson JM, Turner TL, Daxinger L, Vyskot B, Aufsatz W, Riha K (2010) siRNA-mediated methylation of Arabidopsis telomeres. PLoS Genet 6(6), e1000986.
Práce zkontrolována:
12. 5. 2016 07:28, doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc., učo 54730
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
14. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc., učo 54730
NCBR PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

Mgr. Pavla Sováková, Ph.D.
NCBR PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.