Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Segmentation and Tracking of Organoids in Brightfield Microscopy Image Data

Bc. Lucia Dupkaničová, učo 456675
Anotace

Spoľahlivá automatická analýza obrazu je kľúčovou zložkou biomedicínskeho výskumu. Analýza obrazov organoidov pomáha pochopiť biochemické procesy v ľudskom tele a skúmať vplyv jednotlivých chemických látok na ľudské tkanivá. Za týmto účelom musia byť algoritmy pracujúce nad vstupnými obrazovými dátami spoľahlivé a robustné voči rôznorodosti biomedicínskych vzoriek a vstupných obrazových dát. Táto …více

Abstract

Reliable automated image analysis has become crucial for biomedical research. Analysis of organoid images helps understand biochemical processes in human bodies and test influence of individual chemicals to human body tissues. To that end, the algorithms operating on the input image data must be reliable and robust to the high heterogeneity of the specimens and the input image data. This thesis presents …více

Klíčová slova
biomedical image analysis organoid brightfield microscopy image segmentation object tracking deep learning
Zadání práce
The primary objective of this thesis is to investigate the possibilities of machine-learning-free as well as deep-learning-based segmentation and tracking methods and to develop a reliable image analysis pipeline for segmenting and tracking organoids in high-resolution brightfield microscopy image data. The textual part of the thesis must include a concise and comprehensive description of the developed pipeline and its quantitative evaluation focused on organoid segmentation and tracking accuracy as well as execution time. The implementation of the developed pipeline will be delivered in an easy-to-use form and complemented with a practical guide that documents the exemplary usage of the developed pipeline.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2022 17:23, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734
Plný text práce
59,3 MB / soubor PDF
Přílohy (3)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734
CABO KVI FI MU

Oponent

prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740
CABO KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Analýza a zpracování obrazu

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.