Bakalářská práce

Možnosti využití průtokového bioreaktoru pro kontrolu homeostáze vnitrobuněčného prostředí a metabolického stavu buňky v průběhu in-cell NMR experimentu

Use of continuous flow bioreactor for control of homeostasis of the intracellular environment in the course of in-cell NMR experiment.

Šárka Kargerová
Anotace

Pro studium struktur proteinů a nukleových kyselin se v posledních letech využívá metoda in-cell NMR, která umožňuje tyto látky zkoumat v jejich přirozeném prostředí. Absence regulovaných podmínek v dlouhotrvajícím in-cell NMR experimentu nepříznivě ovlivňuje stav buněk a limituje dobu měření. V této práci jsem testovala různé způsoby výměny média v NMR vzorku a různé nosiče buněk linie HeLa, které …více

Abstract

In the past few years, the in-cell NMR method has been used to study the structures of proteins and nucleic acids inside the cells, i.e., in their natural environment. The absence of regulated culture conditions within a long-term in-cell NMR experiment adversely affects the condition of the cells and limits the measurement time. In this work, I tested different methods of medium exchange in the NMR …více

Klíčová slova
in-cell NMR in-cell NMR bioreaktor in-cell NMR bioreactor
Zadání práce
Cílem projektu je vývoj průtokového bioreaktoru zajištujícího jak kontinuální přísun živin buňkám tak i odstraňování odpadních látek extrudovaných z buněk do mimobuněčného prostoru v průběhu in-cell NMR experimentu. Primárním účelem použití bioreaktoru je zajištění homeostáze vnitrobuněčného prostředí, minimalizace metabolického stresu, a vytvoření ideálních podmínek pro přežívání buněk za podmínek NMR měření. Student bude testovat použití bioreaktoru pro monitorování buněčného metabolismu v realném čase a jeho využití pro studium metabolického odpovědi na cílenou inhibici iontových kanálů. V průběhu řešení projektu se student seznámí ze základy kultivace a manipulace savčích buněk, principů metabolické analýzy pomocí NMR spektroskopie, a se základy in-cell NMR spektroskopie. Literatura: Krafcikova M, Dzatko S, Caron C, Granzhan A, Fiala R, Loja T, Teulade-Fichou MP, Fessl T, Hänsel-Hertsch R, Mergny JL, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L. Monitoring DNA-Ligand Interactions in Living Human Cells Using NMR Spectroscopy. J Am Chem Soc. 2019 141(34):13281-13285. Giassa IC, Rynes J, Fessl T, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L. Advances in the cellular structural biology of nucleic acids. FEBS Lett. 2018 592(12):1997-2011 Dzatko S, Krafcikova M, Hänsel-Hertsch R, Fessl T, Fiala R, Loja T, Krafcik D, Mergny JL, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L. Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells. Angew Chem Int Ed Engl. 2018, 57(8):2165-2169
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 6. 2020 22:09, doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
Plný text práce
3,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
15. 7. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
NekGen CSB CEITEC MU

Oponent

doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc., učo 564
NMR CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.