Diplomová práce

Velikost genomu, genomický GC obsah a jejich vztah k fenotypovým znakům mechorostů

Genome size, genomic GC content and their effect on the mosses phenotype

Bc. Michaela Burešová, učo 323686
Anotace

V práci byl studován vztah genomických a fenotypových znaků u mechorostů. Z genomických parametrů byla zkoumána velikost genomu a obsah GC bází, z fenotypových znaků pak plocha epidermální buňky, velikost spor, šířka a délka lístků, délka lodyžky, délka štětu a délka tobolky; kromě toho byl sledován i počet chromosomů. Vztah velikosti genomu k fenotypovým znakům byl dosud studován především u semenných …více

Abstract

This thesis studied the relationship between genomic and phenotypic traits in bryophytes. Genomic traits included genome size and genomic GC content; phenotypic traits included epidermal cell area, spore size, leaf width and length, stem length, seta length and capsule length; in addition chromosome number was also taken into the account. The relationship of genomic and phenotypic traits has been …více

Zadání práce
Anotace: Obsah DNA napříč eukaryotickými organizmy úzce koreluje s velikostí buněk (Cavalier-Smith 2005). Tuto korelaci lze nalézt i u složitějších buněčných struktur a orgánů, obecně se ale tato korelace ztrácí se zvyšující se komplexitou orgánů a množstvím typů buněk, které tyto orgány tvoří (Knight et al. 2008). Tyto vztahy byly doposud zkoumány jen u kvetoucích rostlin, kde je míra variability ve velikosti genomu nejvyšší (Bennett et Leitch 2012), avšak buněčná skladba jejich těl a orgánů je rovněž nejkomplexnější. Podobné studie u sporických rostlin, krom studentčiny předchozí práce u kapradin (Burešová 2011), prakticky chybí, i když by se zde dalo předpokládat, že vzhledem k jejich menší buněčné diverzitě a orgánové komplexitě, zde budou vztahy mezi velikostí genomu a fenotypovými morfologickými znaky mnohem těsnější. Významným znakem genomu je kromě jeho velikosti i zastoupení jednotivých bazí v DNA, tzv. genomický GC obsah (Šmarda et Bureš 2012). Vzhledem k tomu, že se měření GC obsahu provádějí až poslední době (Šmarda et al. 2012), a to především v brněnské laboratoři, není význam tohoto znaku pro fenotyp rostlin doposud blíže znám. V rámci grantového projektu na měření kvantitativních charakteristik genomů rostlin se v poslední době podařilo naměřit velikost genomu a genomický GC obsah pro cca 110 druhů mechorostů, které významně doplňují stávající data o velikosti genomu v Plant C-value databázi (Bennett et Leitch 2012) a představují jedny z prvních a dosud nejkompletnějších údaje o genomickém GC obsahu u mechorostů. Tato data by mohla významně přispět k poznání souvislostí mezi evolucí genomu rostlin a evolucí fenotypu sporických rostlin, a v případě GC obsahu u rostlin vůbec. Cíle: Cílem této magisterské práce je k datům o velikosti genomu a GC obsahu z naší laboratoře a velikostí genomu z Plant C value databáze excerpovat z literatury (např. Smith 1996, 2006; Ignatov et Ignatova 2003, 2004; Kučera 2004–2009) dostupná morfologická a anatomická data. Pro jednotlivé morfologické znaky poté studentka otestuje jejich korelaci s velikostí genomu a GC obsahem pomocí analýzy fylogeneticky nezávislých kontrastů (Felsenstein 1985, Garland et al. 1992) a porovná těsnost pozorovaných korelací s komplexitou jednotlivých znaků. Pro fylogenetické analýzy studentka sestaví na základě dostupné literatury fylogenetický strom sledovaných druhů. Krom korelačních analýz studentka na zkonstruovaném fylogenetickém vymapuje průběh evoluce velikosti genomu a GC obsahu a otestuje významnost nárůstů a poklesů na jednotlivých uzlech stromu. Rozsah grafických prací: Práce bude zpracována na PC, včetně grafického vyhodnocení. Rukopis se bude řídit aktuál-ními pokyny pro diplomové práce na webových stránkách Ústavu botaniky a zoologie (http://botzool.sci.muni.cz/study/pokyny_dp.pdf)
Práce zkontrolována:
9. 5. 2013 09:47, Mgr. Petr Šmarda, Ph.D., učo 21109
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
25. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Petr Šmarda, Ph.D., učo 21109
Biol PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.