Bakalářská práce

Vytvoření ImageJ pluginu pro bodovou registraci obrazů

ImageJ plugin for point-based image registration

Tomáš Klímek
Anotace

Tato bakalářská práce řeší problém zarovnání časové série obrazů živých buněk. Živá buňka se může během pořizování snímků pohybovat a zarovnání obrazu může usnadnit studium sledované buňky. Vytvořený plugin vyhledá významné oblasti, nalezne podobné vzory v jednotlivých časových okamžicích, vypočítá a provede posunutí a otočení v prostoru.

Abstract

This thesis solves the issue of alignment of living cells time-lapse image series. Live cell can move itself between individual images of the series and alignment of images can ease study of images. Created ImageJ plug-in searches for relevant regions, matches similar patters between individual images and resample source data using calculated rotation and translation matrix.

Klíčová slova
ImageJ plugin makro Java zpracování obrazu fluorescenční mikroskopie
Zadání práce

Cílem práce je reimplementovat algoritmus pospaný v článku [1] v Javě tak, aby byl použitelný jako ImageJ plugin [2]. Textová část práce musí obsahovat: stručný popis algoritmu a informace o vytvořené implementaci; ukázky použití pluginu na reálných datech a jejich srovnání s výstupy dosaženými pomocí C++ implementace, která je dostupná v CBIA, a diskusi případných rozdílů. V praktické části kromě vlastní implementace musí být vytvořena i doprovodná webová stránka popisující vyvinutý plugin tak, aby byl volně a snadno dostupný pro komunitu pracující s biomedicínskými daty.

  • [1] Matula P, Matula P, Kozubek M, Dvorák V. Fast point-based 3-D alignment of live cells. IEEE Transactions on Image Processing 2006;15:2388–96.
  • [2]http://rsb.info.nih.gov/ij/
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
7. 1. 2014 17:13, doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Přílohy (4)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
5. 2. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203
CABO KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.