Bachelor's thesis
Awards: Dean's Award for an Outstanding Final Thesis

Algorithms for Validation of Sugar Molecule Names

Peter Synak
Abstract

Sacharidy (cukry) sú veľmi dôležité biologické zlúčeniny, ktoré hrajú kľúčovú rolu v metabolizme ľudských, živočíšnych a rastlinných buniek. Ich molekuly sú viazané v proteínoch, preto ich možno nájsť v proteínových databázach. Nanešťastie, mnohé zo stoviek rôznych molekúl cukrov, ktoré sa v takýchto databázach objavujú sú nesprávne pomenované. Táto bakalárska práca je zameraná na návrh a implementáciu …more

Abstract

Saccharides (sugars) are very important biological compounds and play a key role in the metabolism of human, animal and plant cells. Their molecules are bound in proteins and so they can be found in protein databases. Unfortunately, many of the hundreds of different sugar molecules which occur in such databases and wrongly annotated. This bachelor thesis is focused on design and implementation of program …more

Keywords
protein sugar molecule pyran furan comparison side chain chirality Java molecular graph
Thesis description
Molekuly cukrů jsou významnými součástmi metabolismu lidské, živočišné i rostlinné buňky. Velmi často se s nimi setkáváme v rámci databází biochemických dat. Například je nacházíme vázané na molekulách proteinů v Protein data bank - nejznámější databázi proteinů.
Existuje několik stovek chemicky různých molekul cukrů a v rámci biochemických databází jsou bohužel tyto molekuly často nesprávně pojmenovány. Tato bakalářská práce je zaměřena právě na návrh a vývoj algoritmů pro validaci názvů molekul cukrů. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Nastudovat základní chemické pojmy, související s 2D a 3D strukturou
  • Nastudovat způsob zápisu molekul v počítači
  • Navrhnout a implementovat algoritmy pro validaci názvů molekul cukrů
  • Otestovat vytvořené softwarové nástroje na reálných molekulách cukrů
Administrative information
The thesis has been checked:
30/5/2011 12:21, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., UČO 4056
Full text of thesis
428,2 KB / file PDF
Attachments (6)
Language used
English English
Defence date
23/6/2011
The thesis was defended successfully

Supervisor

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., UČO 4056
NCBR PřF MU

Reader

RNDr. Ondřej Skřehota, UČO 60606
abs FI MU
Cite this text
Masaryk University Faculty of Informatics
Programme
Applied Informatics
Field of Study

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents
 
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights
Archive of Thesis/Dissertation Peter Synak FI B-AP BIO xolpf/12
Synak, P.
23/5/2011
Folders
Files
Abstract (in English) annotation_english.txt
Synak, P.
23/5/2011
Abstract (in Czech) annotation.txt
Synak, P.
23/5/2011
Keywords keywords.txt
Synak, P.
23/5/2011
Full text of thesis thesis.pdf
Synak, P.
23/5/2011
Reader's report posudek_Synak.pdf
Skřehota, O.
13/6/2011
Appendix ligand_expo_molecules.zip
Synak, P.
23/5/2011
Appendix pdb_molecules.zip
Synak, P.
23/5/2011
Appendix results.zip
Synak, P.
23/5/2011
Appendix Sugar2sugar.jar
Synak, P.
23/5/2011
Appendix sugar2sugar.zip
Synak, P.
23/5/2011
Appendix tex.zip
Synak, P.
23/5/2011

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.