Bakalářská práce

Porovnání molekul proteinů za pomoci výpočtů technologie CUDA grafických karet nVidia

Comparison of protein molecules optimized to take advantage of CUDA-enabled graphical cards from nVidia

Tomáš Došek
Anotace

V této práci se zabývám metodami porovnáním proteinových struktur a základním principům paralelizace výpočetních úloh, které mohou být k porovnání takovýchto struktur použity. Dále se v této práci věnuji návrhu algoritmu vhodného pro aplikaci jak na klasickém procesoru, užívaném například ve stolních počítačích, tak i pro aplikaci na výpočetní prostředí moderních grafických karet od výrobce NVIDIA …více

Abstract

In this thesis I describe methods of protein structure alignment and basic principles of parallelization of computing taks that can be used for calculation of protein structure alignments. I also propose an algorithm that can be easily implemented both on classic control processing unit used, for instance, in ordinary desktop computers, but also in the computing environment of modern graphic cards …více

Klíčová slova
protein zarovnání proteinů CUDA výpočet semiglobální zarovnání globální zarovnání paralelizace výpočtů PDB
Zadání práce
V bioinformatice je často potřeba srovnávat struktury molekul mezi sebou. Toto je výpočetně náročná operace, kterou by bylo možné urychlit rozložením výpočtu mezi CPU a GPU. Nastudujte problematiku porovnávání struktur proteinů, prostředí CUDA pro programování GPU a implementujte vybraný algoritmus pro srovnání proteinů tak, aby využíval GPU. Korektnost implementace ověřte na vhodné datové sadě. Úspešnost posuďte na základě vyhodnocení dosaženého zrychlení ve srovnání s verzí využívající výhradně CPU.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2011 11:59, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
945,5 KB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
CF BioData CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.