Bi7430c Molekulární biotechnologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
0/4/0. 4 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (cvičící), doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (zástupce)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi7430c/01: Po 8:00–11:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová, M. Vojtíšková
Bi7430c/02: Po 12:00–15:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová, M. Vojtíšková
Předpoklady
NOW ( Bi7430 Molekulární biotechnologie )
Výuka je určena zájemcům o praktické zvládnutí vybraných postupů molekulární biotechnologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají studenti specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Každý student si v průběhu cvičení prakticky osvojí řadu postupů molekulární biotechnologie. Jedná se o metodu mikroizolace plasmidové DNA, stanovení velikosti insertu, metod transformace plasmidové DNA do bakteriálních buněk a selekce transformantů. V další části práce se prakticky seznámí s postupem přípravy DNA sondy a provedením DNA/DNA hybridizace a imunologické detekce hybridizačního produktu.
Osnova
  • 1. Bezpečnost práce v molekulárně biotechnologické laboratoři. Práce s GMO.
  • 2. Kultivace bakteriálních buněk E. coli JM109, E. coli JM 109 (pUC19) a E. coli JM109 (pUC19::dim1) na selektivních a neselektivních mediích.
  • 3. Mikroizolace plazmidové DNA pU19 a rekombinantní plastidové DNA pUC19::dim1.
  • 4. Ověření izolace plasmidové DNA pomocí agarosové gelové elektroforézy.
  • 5. Přenos rekombinantní a nerekombinantní plazmidové DNA do kompetentních bakteriálních buněk E. coli JM109 metodou chemické transformace.
  • 6. Výsev a selekce transformantů nesoucích rekombinantní a nerekombinantní DNA.
  • 7. Vyhodnocení výsledků transformace.
  • 8. Štěpení plazmidových DNA restrikční endonukleázou EcoRI (linearizace) a BamHI.
  • 9. Gelová elektroforéza DNA a stanovení velikosti restrikčních fragmentů pomocí agarózové gelové elektroforézy s využitím standardů lambda/HindIII.
  • 10. Provedení Southernova přenosu. Příprava DNA pro tečková hybridizace.
  • 11. Příprava plazmidové DNA sondy - neradioaktivní značení digoxigeninem.
  • 12. Provedení DNA/DNA hybridizace při vysoké přísnosti (stringenci).
  • 13. Imunologická detekce hybridizačních produktů.
  • 14. Vyhodnocení výsledků DNA/DNA hybridizace. Zápočtový test.
Literatura
  • F. Sambrook, R.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001.
  • G. C. Saunders, H. C. Parkers. Analytical Molecular Biology. RSC. Cambridge 1999.
Výukové metody
V laboratoři každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky experimentů hodnotí v protokolu. Protokoly jsou vypracovávány ve formě posteru dle závazné osnovy (úvod, cíl práce, materiál a metody, výsledky, diskuse, závěr). V protokolu každý student popisuje, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje výsledky.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za vypracování protokolů (4 protokoly).
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020.