Bi7430c Molekulární biotechnologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
0/4/0. 4 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Šárka Nevolová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lukáš Chrást (cvičící)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW ( Bi7430 Molekulární biotechnologie )
Výuka je určena zájemcům o praktické zvládnutí vybraných postupů molekulární biotechnologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají studenti specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Každý student si v průběhu cvičení prakticky osvojí řadu postupů molekulární biotechnologie. Jedná se o metodu mikroizolace plasmidové DNA, stanovení velikosti insertu, metod transformace plasmidové DNA do bakteriálních buněk a selekce transformantů. V další části práce se prakticky seznámí s postupem přípravy DNA sondy a provedením DNA/DNA hybridizace a imunologické detekce hybridizačního produktu.
Osnova
  • 1. Bezpečnost práce v molekulárně biotechnologické laboratoři. Práce s GMO.
  • 2. Kultivace bakteriálních buněk E. coli JM109, E. coli JM 109 (pUC19) a E. coli JM109 (pUC19::dim1) na selektivních a neselektivních mediích.
  • 3. Mikroizolace plazmidové DNA pU19 a rekombinantní plastidové DNA pUC19::dim1.
  • 4. Ověření izolace plasmidové DNA pomocí agarosové gelové elektroforézy.
  • 5. Přenos rekombinantní a nerekombinantní plazmidové DNA do kompetentních bakteriálních buněk E. coli JM109 metodou chemické transformace.
  • 6. Výsev a selekce transformantů nesoucích rekombinantní a nerekombinantní DNA.
  • 7. Vyhodnocení výsledků transformace.
  • 8. Štěpení plazmidových DNA restrikční endonukleázou EcoRI (linearizace) a BamHI.
  • 9. Gelová elektroforéza DNA a stanovení velikosti restrikčních fragmentů pomocí agarózové gelové elektroforézy s využitím standardů lambda/HindIII.
  • 10. Provedení Southernova přenosu. Příprava DNA pro tečková hybridizace.
  • 11. Příprava plazmidové DNA sondy - neradioaktivní značení digoxigeninem.
  • 12. Provedení DNA/DNA hybridizace při vysoké přísnosti (stringenci).
  • 13. Imunologická detekce hybridizačních produktů.
  • 14. Vyhodnocení výsledků DNA/DNA hybridizace. Zápočtový test.
Literatura
  • F. Sambrook, R.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001.
  • G. C. Saunders, H. C. Parkers. Analytical Molecular Biology. RSC. Cambridge 1999.
Výukové metody
V laboratoři každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky experimentů hodnotí v protokolu. Protokoly jsou vypracovávány ve formě posteru dle závazné osnovy (úvod, cíl práce, materiál a metody, výsledky, diskuse, závěr). V protokolu každý student popisuje, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje výsledky.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za vypracování protokolů (4 protokoly).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020.