Bi5000 Bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.
Vyučující
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Adéla Indráková (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Jan Štourač (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 11:00–12:50 B11/306
Předpoklady
Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.
Výstupy z učení
Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.
Osnova
  • Molekulárně biologické databáze.
  • Sekvencování DNA.
  • Manipulace se sekvenčními daty.
  • Posuzování podobnosti sekvencí.
  • Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
  • Srovnávací genomika.
  • Počítačové vyhledávání genů.
  • Vyhledávání motivů u proteinů.
  • Predikce sekundární struktury RNA.
  • Zaslání sekvence do databází.
  • Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
  • Analýza obrazu elektroforetických gelů.
Literatura
  • CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006. 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
  • Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000. xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999. xx, 218. ISBN 0582327881. info
  • Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998. xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info
Výukové metody
Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.
Metody hodnocení
Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2021/Bi5000