Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2022

  1. DVOŘÁK, Pavel. Knowledge-driven engineering of bacteria and their biochemical pathways for bioprocessing of waste compounds. In Seminar of the Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences, Prague. 2022.
  2. OBRUČA, Stanislav, Pavel DVOŘÁK, Petr SEDLÁČEK, Martin KOLLER, Karel SEDLÁŘ, Iva PERNICOVÁ a David ŠAFRÁNEK. Polyhydroxyalkanoates synthesis by halophiles and thermophiles: towards sustainable production of microbial bioplastics. Biotechnology Advances. Elsevier, 2022, 28 s. ISSN 0734-9750. doi:10.1016/j.biotechadv.2022.107906.
  3. 2021

  4. ESPESO, David R., Pavel DVOŘÁK, Tomas APARICIO a Victor DE LORENZO. An automated DIY framework for experimental evolution of Pseudomonas putida. Microbial Biotechnology. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 14, č. 6, s. 2679-2685. ISSN 1751-7915. doi:10.1111/1751-7915.13678.
  5. DVOŘÁK, Pavel, Carlos ALVAREZ-CARREÑO, Sergio CIORDIA, Alberto PARADELA a Víctor DE LORENZO. An updated structural model of the A domain of the Pseudomonas putida XylR regulator poses an atypical interplay with aromatic effectors. Environmental Microbiology. Wiley, 2021, roč. 23, č. 8, s. 4418-4433. ISSN 1462-2912. doi:10.1111/1462-2920.15628.
  6. JURAČKA, Stanislav a Pavel DVOŘÁK. Construction of a simple synthetic bacterial consortium with division of labour. In XXX. Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2021. ISBN 978-80-210-9882-4.
  7. BENEŠÍK, Martin, Birgitta EBERT, Barbora BURÝŠKOVÁ, Barbora BŘENKOVÁ, Dalimil BUJDOŠ, Pavel DVOŘÁK, Lars BLANK a Alberto SÁNCHEZ-PASCUALA. Elucidation and rational de-bottlenecking of semi-synthetic metabolism of D-xylose in Pseudomonas putida. In XXVI. Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section. 2021.
  8. BUJDOŠ, Dalimil, Barbora BŘENKOVÁ, Nikolaus SONNENSCHEIN a Pavel DVOŘÁK. Engineering Pseudomonas putida for co-utilization of cellobiose with glucose. In BioTech 2020. 2021.
  9. DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering Pseudomonas putida whole-cell biocatalysts for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In The BioTech 2020 and 8th Czech-Swiss Symposium. 2021. ISBN 978-80-7592-092-8.
  10. DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering the interior and exterior of Pseudomonas putida for biotechnological processing of lignocellulosic (LC) substrates. In EFB2021, European Federation of Biotechnology on-line conference. 2021.
  11. PEŠTA, Matúš a Pavel DVOŘÁK. Indukovaná bunková smrť bakterií a jej využitie v biotechnológiách. Bulletin Československé společnosti mikrobiologické. Československá společnost mikrobiologická, 2021, roč. 62, č. 3, s. 72-86. ISSN 0009-0646.
  12. JURAČKA, Stanislav a Pavel DVOŘÁK. Konstrukce jednoduchého syntetického bakteriálního konsorcia s dělbou práce. In Studentská odborná konference Chemie je život 2021. 2021. ISBN 978-80-214-6002-7.
  13. BŘENKOVÁ, Barbora, Barbora BURÝŠKOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Pseudomonas putida consortium for utilisation of oligosaccharides from plant biomass. In BioTech 2021 Czech-Swiss symposium. 2021. ISBN 978-80-7592-092-8.
  14. DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2021. Patent. Číslo: AU2016359722. Vydavatel: Australian Patent Office. Místo vydání: Australia. Název vlastníka: Masarykova Univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 7. 1. 2021.
  15. DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2021. Patent. Číslo: SG11201804402W. Vydavatel: Intellectual Property Office of Singapore (IPOS). Místo vydání: Singapur. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 4. 2021.
  16. DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Upgrading Pseudomonas putida by synthetic biology for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section. 2021.
  17. 2020

  18. DVOŘÁK, Pavel, Jozef KOVÁČ a Victor DE LORENZO. Biotransformation of d-xylose to d-xylonate coupled to medium-chain-length polyhydroxyalkanoate production in cellobiose-grown Pseudomonas putida EM42. Microbial Biotechnology. Wiley, 2020, roč. 13, č. 4, s. 1273-1283. ISSN 1751-7915. doi:10.1111/1751-7915.13574.
  19. DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering the interior and exterior of Pseudomonas putida for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In European Biotechnology Congress. 2020.
  20. DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Expanding the biocatalytic potential of Pseudomonas putida with surface-exposed designer protein scaffolds. In Applied Synthetic Biology in Europe V. 2020.
  21. DVOŘÁK, Pavel, Edward A. BAYER a Víctor DE LORENZO. Surface Display of Designer Protein Scaffolds on Genome-Reduced Strains of Pseudomonas putida. ACS Synthetic Biology. Washington, DC: American Chemical Society, 2020, roč. 9, č. 10, s. 2749-2764. ISSN 2161-5063. doi:10.1021/acssynbio.0c00276.
  22. DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2020. Patent. Číslo: EP3380508. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Munich. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 22. 7. 2020.
  23. 2019

  24. DVOŘÁK, Pavel, Esteban MARTÍNEZ-GARCÍA a Victor DE LORENZO. Empowering Pseudomonas putida with surface-displayed designer protein scaffolds. In FEMS 2019: 8th Congress of European Microbiologists. 2019.
  25. DVOŘÁK, Pavel, Esteban MARTÍNEZ-GARCÍA a Victor DE LORENZO. Expanding the biocatalytic capabilities of Pseudomonas putida with surface-displayed designer protein scaffolds. 2019.
  26. ŠKODA, Jan, Pavel DVOŘÁK, Markéta WAYHELOVÁ, Dana ŠTVERÁKOVÁ, Martin BENEŠÍK a Tomáš BURYŠKA. The Biomania Student Scientific Meeting & EUSynBioS Symposium 2019. 1. vyd. Brno, Czech Republic: Masaryk University Press, 2019. 142 s. ISBN 978-80-210-9373-7.
  27. ŠKODA, Jan, Pavel DVOŘÁK, Markéta WAYHELOVÁ, Dana ŠTVERÁKOVÁ, Martin BENEŠÍK a Tomáš BURYŠKA. The Biomania Student Scientific Meeting & EUSynBioS Symposium 2019. Book of Abstracts. 1. vyd. Brno: Masaryk University Press, 2019. 130 s. ISBN 978-80-210-9373-7.
  28. 2018

  29. DVOŘÁK, Pavel, David BEDNÁŘ, Pavel VAŇÁČEK, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Michaela BOSÁKOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Tereza VÁŇOVÁ, Karolína ZOUFALOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Pavel KREJČÍ, Zbyněk PROKOP, Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. doi:10.1002/bit.26531.
  30. CHRÁST, Lukáš, Pavel DVOŘÁK, Radka CHALOUPKOVÁ, V. DE LORENZO a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of bacterial strains for degradation of environmental pollutants by synthetic biology. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.
  31. VAŇÁČEK, Pavel, Eva ŠEBESTOVÁ, Petra BABKOVÁ, Šárka NEVOLOVÁ, Lukáš DANIEL, Pavel DVOŘÁK, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 3, s. 2402-2412, 21 s. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.7b03523.
  32. 2017

  33. DVOŘÁK, Pavel, Pablo Ivan NIKEL, Jiří DAMBORSKÝ a Victor DE LORENZO. Bioremediation 3.0: Engineering Pollutant-Removing Bacteria in the Times of Systemic Biology. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. Oxford: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2017, roč. 35, č. 7, s. 845-866. ISSN 0734-9750. doi:10.1016/j.biotechadv.2017.08.001.
  34. ŠKODA, Jan, Markéta WAYHELOVÁ, Dana ŠTVERÁKOVÁ, Tomáš BURYŠKA, Martin BENEŠÍK, Pavel DVOŘÁK a Pavel REICHMAN. The Biomania Student Scientific Meeting 2017. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2017. 132 s. ISBN 978-80-210-8737-8.
  35. 2016

  36. BREZOVSKÝ, Jan, Petra BABKOVÁ, Oksana DEGTJARIK, Andrea FOŘTOVÁ, Artur Wiktor GÓRA, L. IERMAK, Petra ŘEZÁČOVÁ, Pavel DVOŘÁK, Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering a de Novo Transport Tunnel. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2016, roč. 6, č. 11, s. 7597-7610. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.6b02081.
  37. 2015

  38. DVOŘÁK, Pavel, Lukáš CHRÁST, Pablo Ivan NIKEL, Radek FEDR, Karel SOUČEK, Miroslava SEDLÁČKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Víctor LORENZO DE, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exacerbation of Substrate Toxicity by IPTG in Escherichia coli BL21(DE3) Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microbial Cell Factories. London: BioMed Central, 2015, roč. 14, December, s. "nestrankovano", 15 s. ISSN 1475-2859. doi:10.1186/s12934-015-0393-3.
  39. 2014

  40. KURUMBANG, Nagendra Prasad, Pavel DVOŘÁK, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant. ACS Synthetic Biology. 2014, roč. 3, č. 3, s. 172-181. ISSN 2161-5063. doi:10.1021/sb400147n.
  41. DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie degradující toxické environmentalní polutanty Ps. putida CF4 deg31. 2014.
  42. DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 deg 31 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na chromosomu. 2014.
  43. DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na plasmidu. 2014.
  44. DVOŘÁK, Pavel, Šárka BIDMANOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Immobilized Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Recalcitrant Pollutant 1,2,3-Trichloropropane. Environmental Science & Technology. 2014, roč. 48, č. 12, s. 6859-6866. ISSN 0013-936X. doi:10.1021/es500396r.
  45. DVOŘÁK, Pavel, Nagendra Prasad KURUMBANG, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Maximizing the Efficiency of Multi-enzyme Process by Stoichiometry Optimization. ChemBioChem. WEINHEIM: WILEY-VCH, 2014, roč. 15, č. 13, s. 1891-1895. ISSN 1439-4227. doi:10.1002/cbic.201402265.
  46. 2013

  47. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  48. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT-opt- upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  49. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31 upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  50. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  51. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  52. DVOŘÁK, Pavel, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.
  53. KOUDELÁKOVÁ, Táňa, Šárka BIDMANOVÁ, Pavel DVOŘÁK, Antonín PAVELKA, Radka CHALOUPKOVÁ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications. Biotechnology Journal. HOBOKEN: WILEY-BLACKWELL, 2013, roč. 8, č. 1, s. 32-45, 15 s. ISSN 1860-6768. doi:10.1002/biot.201100486.
  54. ŠMARDA, Jan, Jan ŠKODA, Pavel DVOŘÁK, Pavlína ŠTEFLOVÁ a Olga KRUPKOVÁ. The Student Scientific Conference on Biotechnology & Biomedicine 2013. Conference book. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2013. 235 s. ISBN 978-80-210-6200-9.
  55. 2011

  56. DAMBORSKÝ, Jiří, Pavel DVOŘÁK, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, Martina PAVLOVÁ, Martin KLVAŇA, Michal OTYEPKA, R .C. WADE, Z. NAGATA, Eva HRDLIČKOVÁ a R. STLOUKAL. Biodegradation of 1,2,3-Trichloropropane. In Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants. 2011.
  57. BIEDERMANNOVÁ, Lada, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, Pavel DVOŘÁK, Jiří DAMBORSKÝ a R. WAADE. Biology and Bioinformatics. 2011.
  58. DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.
  59. 2010

  60. PROKOP, Zbyněk, Andrea FOŘTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Martina PAVLOVÁ, Eva CHOVANCOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Martin KLVAŇA, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Tomáš MOZGA, Antonín PAVELKA, Pavel DVOŘÁK, Monika STRAKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Biocatalysts by Modification of Access Tunnels. In Novel Enzymes. 2010.
  61. DAMBORSKÝ, Jiří, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, Eva CHOVANCOVÁ, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Antonín PAVELKA a Pavel DVOŘÁK. Engineering of Enzymes by Modification of Access Tunnels. In GEM 2010. 2010.
  62. DVOŘÁK, Pavel, Martina PAVLOVÁ, Martin KLVAŇA, Jan BREZOVSKÝ, Radka CHALOUPKOVÁ, Ivana VOLFOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Increasing activity of bacterial biocatalyst with toxic anthropogenic substrate using methods of protein engineering. In 25th International Symposium on Microscale Bioseparations,. 2010.
  63. BIEDERMANNOVÁ, Lada, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, Pavel DVOŘÁK, Jiří DAMBORSKÝ a R. WADE. Investigation of Ligand Passage in Proteins Investigation of Ligand Passage in Proteins. In Computational Chemistry. 2010.
  64. 2009

  65. KLVAŇA, Martin, Martina PAVLOVÁ, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Pavel DVOŘÁK, Zbyněk PROKOP, A. STSIAPANAVA, Michal KUTÝ, Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ, J. DOHNÁLEK, Petr KULHÁNEK, R. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 2009, roč. 2009, č. 00, s. 0000-0000, 10 s. ISSN 0022-2836.
  66. KOUDELÁKOVÁ, Táňa, Eva CHOVANCOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Martina PAVLOVÁ, Marta MONINCOVÁ, Tomáš MOZGA, Andrea FOŘTOVÁ, Khomaini HASAN, Pavel DVOŘÁK, J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase. 2009.
  67. 2008

  68. KOUDELÁKOVÁ, Táňa, Eva CHOVANCOVÁ, Martina PAVLOVÁ, Marta MONINCOVÁ, Tomáš MOZGA, Andrea FOŘTOVÁ, Khomaini HASAN, Pavel DVOŘÁK, J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Analysis of Substrate Specificities of Wild-type Haloalkane Dehalogenases and their Mutants by Multivariate Statistics. 2008.
  69. KLVAŇA, Martin, Martina PAVLOVÁ, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Alena STSIAPANAVA, Michal KUTÝ, Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ, J. DOHNÁLEK, Petr KULHÁNEK, R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Exit and Water Exchange in Engineered Haloalkane Dehalogenase DhaA Exploredusing Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. 2008.
  70. DVOŘÁK, Pavel, Martina PAVLOVÁ, Martin KLVAŇA, Zbyněk PROKOP a Yuji NAGATA. Semi-Rational Engineering of Haloalkane Dehalogenases DHAA Towards Improved Activity with 1,2-Dichloroethane. In XII. Working Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2008.
Zobrazit podrobně
Zobrazeno: 23. 5. 2022 06:27