Výpis publikací

FERREIRA DA SILVA, Miguel Joao; Stefano DONATI a Pavel DVOŘÁK. Advances in engineering substrate scope of Pseudomonas cell factories. Current Opinion in Biotechnology. Elsevier Ltd, 2025, roč. 92, April, s. 1-10. ISSN 0958-1669. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.copbio.2025.103270.

IEREMENKO, Anastasiia; Kristýna LIPOVSKÁ; Xenie KOUŘILOVÁ; Stanislav OBRUČA a Pavel DVOŘÁK. An Initial Genome Editing Toolset for Caldimonas thermodepolymerans, the First Model of Thermophilic Polyhydroxyalkanoates Producer. Microbial Biotechnology. Hoboken: Wiley, 2025, roč. 18, č. 2, s. 1-16. ISSN 1751-7915. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/1751-7915.70103.

FERREIRA DA SILVA, Miguel Joao; Matúš PEŠTA a Pavel DVOŘÁK. Bursting with benefits: microbial programmable autolysis for polymer breakdown. In Pseudomonas Grassroots Meeting 2025. 2025.

BURÝŠKOVÁ, Barbora; Jesus MIRO-BUENO; Barbora POPELÁŘOVÁ; Barbora GAVENDOVÁ; Angel GONI-MORENO a Pavel DVOŘÁK. Construction of a syntrophic Pseudomonas putida consortium with reciprocal substrate processing. Synthetic Biology. OXFORD: OXFORD UNIV PRESS, 2025, roč. 10, č. 1, s. 1-15. ISSN 2397-7000. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/synbio/ysaf012.

MAJEROVÁ, Hana; Martin BENEŠÍK; Jitka KROUSKÁ; Petr SEDLÁČEK a Pavel DVOŘÁK. Characterization of PHA synthase and PHA depolymerase enzymes from the thermophilic bacterium Caldimonas thermodepolymerans. In XXIV. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2025.

JANKOVIČOVÁ, Barbora; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Bartłomiej SURPETA; Jan BREZOVSKÝ a Pavel DVOŘÁK. Integrating in silico design and in vivo testing to engineer interactions in synthetic protein complexes. In Designer Biology. 2025.

JANKOVIČOVÁ, Barbora; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Bartłomiej SURPETA; Jan BREZOVSKÝ a Pavel DVOŘÁK. Investigation of the properties of protein-protein interactions in vivo for applications in biotechnology. In Global Young Scientists Summit. 2025.

FERREIRA DA SILVA, Miguel Joao; Carlos LEÓN-SOBRINO; Pavel DVOŘÁK a Pablo I. NIKEL. New CRISPR-tail technology for metabolic engineering of Pseudomonas putida. In Metabolic Engineering 16. 2025.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. POLIPEPTÍDEO TERMOESTÁVEL E MEIO DE CULTURA. 2025. Patent. Číslo: BR 112018010676-3. Vydavatel: Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Místo vydání: Rio de Janeiro. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 2. 12. 2025.

PEŠTA, Matúš; Manuel NIETO-DOMÍNGUEZ; Daniel Christoph VOLKE; Pablo Ivan NIKEL a Pavel DVOŘÁK. Targeted autolysis of Pseudomonas putida minicells for the continuous release of cargo molecules. In Pseudomonas Grassroots Meeting 2025, Copenhagen - Lyngby, Denmark. 2025.

IEREMENKO, Anastasiia a Pavel DVOŘÁK. An initial genome editing toolset for Caldimonas thermodepolymerans. In 9th Meeting on Chemistry & Life. 2024.

PEŠTA, Matúš; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Evaluating the functional dynamics and interoperability of three programmable lytic systems in Pseudomonas putida chassis strains. In German Conference on Synthetic Biology (GCSB24). 2024.

JANKOVIČOVÁ, Barbora; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Bartłomiej SURPETA; Jan BREZOVSKÝ a Pavel DVOŘÁK. Exploring the properties of cohesin-dockerin interactions under application-relevant conditions. In German Conference on Synthetic Biology (GCSB2024). 2024.

JANKOVIČOVÁ, Barbora; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Bartłomiej SURPETA; Jan BREZOVSKÝ a Pavel DVOŘÁK. Investigating the properties of cohesin-dockerin interactions in biotechnologically relevant conditions. In Applied Synthetic Biology in Europe 7 (ASBE7). 2024.

SITTE, Martin a Pavel DVOŘÁK. Mikrobiální fosfoketolázy a jejich využití v biotechnologiích. BULLETIN ČESKOSLOVENSKÉ SPOLEČNOSTI MIKROBIOLOGICKÉ. Praha: ČSSM, 2024, roč. LXV, č. 3, s. 45-58. ISSN 0009-0646.

CARLOS, León-Sobrino; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Pavel DVOŘÁK a Pablo I. NIKEL. New CRISPR-tail technology for metabolic engineering of Pseudomonas putida. In 7th Applied Synthetic Biology in Europe. 2024.

CARLOS, León-Sobrino; Miguel Joao FERREIRA DA SILVA; Pavel DVOŘÁK a I. Nikel PABLO. New CRISPR-tail technology for metabolic engineering of Pseudomonas putida. In 4th Pseudomonas Grassroots Meeting. 2024.

IEREMENKO, Anastasiia a Pavel DVOŘÁK. Pioneering the development of synthetic biology tools for gram-negative PHA-producing thermophiles. In 7th Applied Synthetic Biology in Europe. 2024.

PEŠTA, Matúš; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Programovaná bunková lýza pre biotechnológie baktérie Pseudomonas putida. In XXXIII. Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2024. ISBN 978-80-280-0550-4. Dostupné z: https://doi.org/10.5817/CZ.MUNI.P280-0550-2024.

DVOŘÁK, Pavel; Barbora BURÝŠKOVÁ; Barbora POPELÁŘOVÁ; Birgitta E. EBERT; Tibor BOTKA; Dalimil BUJDOŠ; Alberto SÁNCHEZ-PASCUALA; Hannah SCHÖTTLER; Heiko HAYEN; Víctor DE LORENZO; Lars M. BLANK a Martin BENEŠÍK. Synthetically-primed adaptation of Pseudomonas putida to a non-native substrate D-xylose. Nature Communications. Nature Portfolio, 2024, roč. 15, č. 1, s. 1-18. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-024-46812-9.

LIPOVSKÁ, Kristýna; Anastasiia IEREMENKO a Pavel DVOŘÁK. Testing components of the CRISPR/Cas system for genetic manipulation of thermophilic bacteria of the genus Caldimonas. In XXIII. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2024.

LIPOVSKÁ, Kristýna; Anastasiia IEREMENKO a Pavel DVOŘÁK. Testing components of the CRISPR/Cas system for genetic manipulation of thermophilic bacteria of the genus Caldimonas. In German Conference on Synthetic Biology (GCSB2024). 2024.

PEŠTA, Matúš; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Testing the functional dynamics and interoperability of three cell lysis systems across different Pseudomonas putida chassis strains. In 7th Applied Synthetic Biology in Europe. 2024.

POPELÁŘOVÁ, Barbora; Pavel DVOŘÁK; Nicolas WIRTH a Pablo NIKEL. Base editing unravels the role of P. putida porins in carbohydrate metabolism. 2023.

SITTE, Martin; Barbora POPELÁŘOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Comparison of bioproduction capabilities of xylose-grown Pseudomonas putida strains with exogenous phosphoketolase pathway. In GASB 7 x Designer Biology Conference 2023. 2023.

IEREMENKO, Anastasiia a Pavel DVOŘÁK. Developing a genetic manipulation toolkit for Caldimonas thermodepolymerans. In 11th European Symposium on Biopolymer. 2023.

BUJDOŠ, Dalimil; Barbora POPELÁŘOVÁ; Daniel C. VOLKE; Pablo I. NIKEL; Nikolaus SONNENSCHEIN a Pavel DVOŘÁK. Engineering of Pseudomonas putida for accelerated co-utilization of glucose and cellobiose yields aerobic overproduction of pyruvate explained by an upgraded metabolic model. Metabolic Engineering. Elsevier Inc, 2023, roč. 75, January, s. 29-46. ISSN 1096-7176. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.ymben.2022.10.011.

POPELÁŘOVÁ, Barbora; Pavel DVOŘÁK; Nicolas WIRTH a Pablo NIKEL. Genetic deconstruction of the porin complement in Pseudomonas putida. In GASB 7 Conference Designer Biology. 2023.

MUSILOVA, Jana; Xenie KOURILOVA; Kristyna HERMANKOVA; Matej BEZDICEK; Anastasiia IEREMENKO; Pavel DVOŘÁK; Stanislav OBRUCA a Karel SEDLAR. Genomic and phenotypic comparison of polyhydroxyalkanoates producing strains of genus Caldimonas/Schlegelella. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2023, roč. 21, November, s. 5372-5381. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.10.051.

BURÝŠKOVÁ, Barbora; Barbora POPELÁŘOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Mutualistic bacterial consortium for the co-utilisation of lignocellulosic disaccharides. In GASB 7 Conference x Designer Biology. 2023.

HANIŠÁKOVÁ, Nikola; Martin STRUK a Pavel DVOŘÁK. Neviditelní superhrdinové. 2023.

DVOŘÁK, Pavel; Dalimil BUJDOŠ; Barbora POPELÁŘOVÁ; Daniel C. VOLKE; Pablo I. NIKEL a Nikolaus SONNENSCHEIN. PUSH-based Strategy to Increase Glycolytic Flux in Pseudomonas putida from co-Utilized Cellulosic Sugars to Biopolymer Precursors. In 11th European Symposium on Biopolymers ESBP. 2023.

MARTÍNEZ-GARCÍA, Esteban; Sofía FRAILE; Elena ALGAR; Tomás APARICIO; Elena VELÁZQUEZ; Belén CALLES; Huseyin TAS; Blas BLÁZQUEZ; Bruno MARTÍN; Clara PRIETO; Lucas SÁNCHEZ-SAMPEDRO; Morten H H NØRHOLM; Daniel C VOLKE; Nicolas T WIRTH; Pavel DVOŘÁK; Lorea ALEJALDRE; Lewis GROZINGER; Matthew CROWTHER; Angel GOÑI-MORENO; Pablo I NIKEL; Juan NOGALES a Víctor DE LORENZO. SEVA 4.0: an update of the Standard European Vector Architecture database for advanced analysis and programming of bacterial phenotypes. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2023, roč. 51, D1, s. "D1558"-"D1567", 10 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkac1059.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: US11746135B2. Vydavatel: United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: Alexandria (Virginie). Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 9. 2023.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: CA3006388. Vydavatel: Canadian Intellectual Property Office. Místo vydání: Gatineau, Quebec. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 9. 5. 2023.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2023. Patent. Číslo: IN485239. Vydavatel: Intellectual Property India. Místo vydání: Dwarka, New Delhi. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 19. 12. 2023.

HRNČÍŘOVÁ, Barbora a Pavel DVOŘÁK. Unlocking the potential of inedible plant biomass: From field to fueltank. In NATO STO Early Career Scientist Event 2023. 2023.

HRNČÍŘOVÁ, Barbora a Pavel DVOŘÁK. Unlocking the potential of inedible plant biomass using microbial engineering and synthetic biology. In NATO STO Early Career Scientist Event 2023. 2023.

DVOŘÁK, Pavel; Barbora BURÝŠKOVÁ; Barbora POPELÁŘOVÁ; Martin BENEŠÍK a Dalimil BUJDOŠ. Upgrading Pseudomonas putida by systems metabolic engineering for biotechnological processing of lignocellulosic sugars. In Metabolic Engineering 15. 2023.

DVOŘÁK, Pavel; Barbora BURÝŠKOVÁ; Barbora POPELÁŘOVÁ; Dalimil BUJDOŠ a Martin BENEŠÍK. Upgrading Pseudomonas putida by systems metabolic engineering for lignocellulose biotechnology. In FEMS2023 Congress of European Microbiologists. 2023.

DVOŘÁK, Pavel; Teca Calcagno GALVÃO; Katharina PFLÜGER-GRAU; Alice M. BANKS; Víctor DE LORENZO a Jose I. JIMÉNEZ. Water potential governs the effector specificity of the transcriptional regulator XylR of Pseudomonas putida. Environmental Microbiology. Wiley, 2023, roč. 25, č. 5, s. 1041-1054. ISSN 1462-2912. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/1462-2920.16342.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用. 2022. Patent. Číslo: JP7131772. Vydavatel: Japan Patent Office (JPO). Místo vydání: Kasumigaseki Chiyoda-ku, Tokyo. Název vlastníka: Masarykova univerzita, Enantis, s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 29. 8. 2022.

DVOŘÁK, Pavel; Bujdoš DALIMIL; popelářová BARBORA; Nikel PABLO I. a Sonnenschein NIKOLAUS. Aerobic overproduction of pyruvate and derived biochemicals in Pseudomonas putida engineered for accelerated co-utilization of cellulosic sugars. In Applied Synthetic Biology in Europe VI. 2022.

JURAČKA, Stanislav; Barbora HRNČÍŘOVÁ; Barbora BURÝŠKOVÁ; Daniel GEORGIEV a Pavel DVOŘÁK. Building the SynBio community in the Czech Republic from the bottom up: You get what you give. Biotechnology Notes. Elsevier B.V., 2022, roč. 3, December, s. 124-134. ISSN 2665-9069. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotno.2022.11.002.

BURÝŠKOVÁ, Barbora; Pavel DVOŘÁK a Barbora POPELÁŘOVÁ. Constructing a mutualistic Pseudomonas putida consortium for utilisation of plant waste derived oligosaccharides. In 29. kongres ČSSM s mezinárodní účastí - Brno 2022. 2022. ISBN 978-80-88379-18-8.

BURÝŠKOVÁ, Barbora; Barbora POPELÁŘOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Constructing a synthetic cross-feeding Pseudomonas putida consortium for the utilisation of (hemi)cellulose-derived oligosaccharides. In 6th Applied Synthetic Biology in Europe (ASBE VI). 2022.

BURÝŠKOVÁ, Barbora; Barbora BŘENKOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Constructing a synthetic pseudomonas putida consortium for utilisation of waste plant biomass oligosaccharides. In XXI. Interdisciplinary meeting of young life scientists. 2022.

DVOŘÁK, Pavel. Engineering bacteria, their enzymes, and metabolic pathways for biotechnological processing of waste compounds. 2022.

DVOŘÁK, Pavel; Dalimil BUJDOŠ; Barbora POPELÁŘOVÁ; Pablo NIKEL a Nikolaus SONNENSCHEIN. Engineering of Pseudomonas putida for fast co-utilization of glucose and cellobiose yields aerobic overproduction of pyruvate. In FEMS Conference on Microbiology. 2022.

POPELÁŘOVÁ, Barbora; Pavel DVOŘÁK; Nicolas WIRTH a Pablo I. NIKEL. Genetic deconstruction of the porin complement in Pseudomonas putida. In 29. kongres Československé společnosti mikrobiologické. 2022. ISBN 978-80-88379-18-8.

DVOŘÁK, Pavel. Knowledge-driven de-bottlenecking of engineered xylose and glucose metabolism in Pseudomonas putida. In Seminar of Centre for Biosustainability (CFB), Technical University of Denmark. 2022.

PEŠTA, Matúš; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Knowledge-driven engineering of a novel recombinant autolytic system for Pseudomonas putida. In XXI. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2022. ISBN 978-80-280-0136-0.

DVOŘÁK, Pavel. Knowledge-driven engineering of bacteria and their biochemical pathways for bioprocessing of waste compounds. In Seminar of the Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences, Prague. 2022.

DVOŘÁK, Pavel a Jozef KOVÁČ. MEDIUM-CHAIN-LENGTH POLYHYDROXYALKANOATE PRODUCTION IN CELLOBIOSE-GROWN PSEUDOMONAS PUTIDA EM42 ACCOMPANIED BY BIOTRANSFORMATION OF D-XYLOSE TO D-XYLONATE. In The International Symposium on Biopolymers (ISBP) 2022. 2022.

HRNČÍŘOVÁ, Barbora; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Optimalizace syntetických vazebných proteinových lešení na povrchu buněk bakterie Pseudomonas putida. In 29. kongres Československé společnosti mikrobiologické. 2022. ISBN 978-80-88379-18-8.

OBRUČA, Stanislav; Pavel DVOŘÁK; Petr SEDLÁČEK; Martin KOLLER; Karel SEDLÁŘ; Iva PERNICOVÁ a David ŠAFRÁNEK. Polyhydroxyalkanoates synthesis by halophiles and thermophiles: towards sustainable production of microbial bioplastics. Biotechnology Advances. Elsevier, 2022, roč. 58, September, s. 1-28. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.107906.

PEŠTA, Matúš; Martin BENEŠÍK a Pavel DVOŘÁK. Příprava rekombinantního lytického systému pro biotechnologie bakterie Pseudomonas putida. In 29. kongres Československé společnosti mikrobiologické. 2022. ISBN 978-80-88379-18-8.

DVOŘÁK, Pavel. Syntetická biologie a biotechnologie pro 21. století. 2022.

ŠKODA, Jan; Pavel DVOŘÁK; Markéta WAYHELOVÁ; Martin BENEŠÍK; Tomáš BURYŠKA a Dana ŠTVERÁKOVÁ. The Biomania Student Scientific Meeting 2022. Book of Abstracts. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2022. ISBN 978-80-280-0040-0.

ESPESO, David R.; Pavel DVOŘÁK; Tomas APARICIO a Victor DE LORENZO. An automated DIY framework for experimental evolution of Pseudomonas putida. Microbial Biotechnology. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 14, č. 6, s. 2679-2685. ISSN 1751-7915. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/1751-7915.13678.

DVOŘÁK, Pavel; Carlos ALVAREZ-CARREÑO; Sergio CIORDIA; Alberto PARADELA a Víctor DE LORENZO. An updated structural model of the A domain of the Pseudomonas putida XylR regulator poses an atypical interplay with aromatic effectors. Environmental Microbiology. Wiley, 2021, roč. 23, č. 8, s. 4418-4433. ISSN 1462-2912. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/1462-2920.15628.

JURAČKA, Stanislav a Pavel DVOŘÁK. Construction of a simple synthetic bacterial consortium with division of labour. In XXX. Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2021. ISBN 978-80-210-9882-4.

BENEŠÍK, Martin; Birgitta EBERT; Barbora BURÝŠKOVÁ; Barbora BŘENKOVÁ; Dalimil BUJDOŠ; Pavel DVOŘÁK; Lars BLANK a Alberto SÁNCHEZ-PASCUALA. Elucidation and rational de-bottlenecking of semi-synthetic metabolism of D-xylose in Pseudomonas putida. In XXVI. Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section. 2021.

BUJDOŠ, Dalimil; Barbora BŘENKOVÁ; Nikolaus SONNENSCHEIN a Pavel DVOŘÁK. Engineering Pseudomonas putida for co-utilization of cellobiose with glucose. In BioTech 2020. 2021.

DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering Pseudomonas putida whole-cell biocatalysts for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In The BioTech 2020 and 8th Czech-Swiss Symposium. 2021. ISBN 978-80-7592-092-8.

DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering the interior and exterior of Pseudomonas putida for biotechnological processing of lignocellulosic (LC) substrates. In EFB2021, European Federation of Biotechnology on-line conference. 2021.

PEŠTA, Matúš a Pavel DVOŘÁK. Indukovaná bunková smrť bakterií a jej využitie v biotechnológiách. Bulletin Československé společnosti mikrobiologické. Československá společnost mikrobiologická, 2021, roč. 62, č. 3, s. 72-86. ISSN 0009-0646.

JURAČKA, Stanislav a Pavel DVOŘÁK. Konstrukce jednoduchého syntetického bakteriálního konsorcia s dělbou práce. In Studentská odborná konference Chemie je život 2021. 2021. ISBN 978-80-214-6002-7.

BŘENKOVÁ, Barbora; Barbora BURÝŠKOVÁ a Pavel DVOŘÁK. Pseudomonas putida consortium for utilisation of oligosaccharides from plant biomass. In BioTech 2021 Czech-Swiss symposium. 2021. ISBN 978-80-7592-092-8.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2021. Patent. Číslo: AU2016359722. Vydavatel: Australian Patent Office. Místo vydání: Australia. Název vlastníka: Masarykova Univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 7. 1. 2021.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2021. Patent. Číslo: SG11201804402W. Vydavatel: Intellectual Property Office of Singapore (IPOS). Místo vydání: Singapur. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 4. 2021.

DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Upgrading Pseudomonas putida by synthetic biology for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section. 2021.

DVOŘÁK, Pavel; Jozef KOVÁČ a Victor DE LORENZO. Biotransformation of d-xylose to d-xylonate coupled to medium-chain-length polyhydroxyalkanoate production in cellobiose-grown Pseudomonas putida EM42. Microbial Biotechnology. Wiley, 2020, roč. 13, č. 4, s. 1273-1283. ISSN 1751-7915. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/1751-7915.13574.

DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Engineering the interior and exterior of Pseudomonas putida for biotechnological processing of lignocellulosic substrates. In European Biotechnology Congress. 2020.

DVOŘÁK, Pavel a Victor DE LORENZO. Expanding the biocatalytic potential of Pseudomonas putida with surface-exposed designer protein scaffolds. In Applied Synthetic Biology in Europe V. 2020.

DVOŘÁK, Pavel; Edward A. BAYER a Víctor DE LORENZO. Surface Display of Designer Protein Scaffolds on Genome-Reduced Strains of Pseudomonas putida. ACS Synthetic Biology. Washington, DC: American Chemical Society, 2020, roč. 9, č. 10, s. 2749-2764. ISSN 2161-5063. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00276.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2020. Patent. Číslo: EP3380508. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Munich. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 22. 7. 2020.

DEMKO, Martin; Lukáš CHRÁST; Pavel DVOŘÁK; Jiří DAMBORSKÝ a David ŠAFRÁNEK. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 553-581. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/microorganisms7110553.

DVOŘÁK, Pavel; Esteban MARTÍNEZ-GARCÍA a Victor DE LORENZO. Empowering Pseudomonas putida with surface-displayed designer protein scaffolds. In FEMS 2019: 8th Congress of European Microbiologists. 2019.

DVOŘÁK, Pavel; Esteban MARTÍNEZ-GARCÍA a Victor DE LORENZO. Expanding the biocatalytic capabilities of Pseudomonas putida with surface-displayed designer protein scaffolds. 2019.

ŠKODA, Jan; Pavel DVOŘÁK; Markéta WAYHELOVÁ; Dana ŠTVERÁKOVÁ; Martin BENEŠÍK a Tomáš BURYŠKA. The Biomania Student Scientific Meeting & EUSynBioS Symposium 2019. 1. vyd. Brno, Czech Republic: Masaryk University Press, 2019, 142 s. ISBN 978-80-210-9373-7.

ŠKODA, Jan; Pavel DVOŘÁK; Markéta WAYHELOVÁ; Dana ŠTVERÁKOVÁ; Martin BENEŠÍK a Tomáš BURYŠKA. The Biomania Student Scientific Meeting & EUSynBioS Symposium 2019. Book of Abstracts. 1. vyd. Brno: Masaryk University Press, 2019, 130 s. ISBN 978-80-210-9373-7.

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Tereza VÁŇOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Pavel KREJČÍ; Zbyněk PROKOP; Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/bit.26531.

CHRÁST, Lukáš; Pavel DVOŘÁK; Radka CHALOUPKOVÁ; V. DE LORENZO a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of bacterial strains for degradation of environmental pollutants by synthetic biology. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.

VAŇÁČEK, Pavel; Eva ŠEBESTOVÁ; Petra BABKOVÁ; Šárka NEVOLOVÁ; Lukáš DANIEL; Pavel DVOŘÁK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 3, s. 2402-2412, 21 s. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.7b03523.

DVOŘÁK, Pavel; Pablo Ivan NIKEL; Jiří DAMBORSKÝ a Victor DE LORENZO. Bioremediation 3.0: Engineering Pollutant-Removing Bacteria in the Times of Systemic Biology. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. Oxford: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2017, roč. 35, č. 7, s. 845-866. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2017.08.001.

ŠKODA, Jan; Markéta WAYHELOVÁ; Dana ŠTVERÁKOVÁ; Tomáš BURYŠKA; Martin BENEŠÍK; Pavel DVOŘÁK a Pavel REICHMAN. The Biomania Student Scientific Meeting 2017. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2017, 132 s. ISBN 978-80-210-8737-8.

BREZOVSKÝ, Jan; Petra BABKOVÁ; Oksana DEGTJARIK; Andrea FOŘTOVÁ; Artur Wiktor GÓRA; L. IERMAK; Petra ŘEZÁČOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering a de Novo Transport Tunnel. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2016, roč. 6, č. 11, s. 7597-7610. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.6b02081.

DVOŘÁK, Pavel; Lukáš CHRÁST; Pablo Ivan NIKEL; Radek FEDR; Karel SOUČEK; Miroslava SEDLÁČKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Víctor LORENZO DE; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exacerbation of Substrate Toxicity by IPTG in Escherichia coli BL21(DE3) Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microbial Cell Factories. London: BioMed Central, 2015, roč. 14, December, s. "nestrankovano", 15 s. ISSN 1475-2859. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12934-015-0393-3.

KURUMBANG, Nagendra Prasad; Pavel DVOŘÁK; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant. ACS Synthetic Biology. 2014, roč. 3, č. 3, s. 172-181. ISSN 2161-5063. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/sb400147n.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie degradující toxické environmentalní polutanty Ps. putida CF4 deg31. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 deg 31 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na chromosomu. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na plasmidu. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Šárka BIDMANOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Immobilized Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Recalcitrant Pollutant 1,2,3-Trichloropropane. Environmental Science & Technology. 2014, roč. 48, č. 12, s. 6859-6866. ISSN 0013-936X. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/es500396r.

DVOŘÁK, Pavel; Nagendra Prasad KURUMBANG; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Maximizing the Efficiency of Multi-enzyme Process by Stoichiometry Optimization. ChemBioChem. WEINHEIM: WILEY-VCH, 2014, roč. 15, č. 13, s. 1891-1895. ISSN 1439-4227. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cbic.201402265.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT-opt- upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31 upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Šárka BIDMANOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Antonín PAVELKA; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications. Biotechnology Journal. HOBOKEN: WILEY-BLACKWELL, 2013, roč. 8, č. 1, s. 32-45, 15 s. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.201100486.

ŠMARDA, Jan; Jan ŠKODA; Pavel DVOŘÁK; Pavlína ŠTEFLOVÁ a Olga KRUPKOVÁ. The Student Scientific Conference on Biotechnology & Biomedicine 2013. Conference book. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2013, 235 s. ISBN 978-80-210-6200-9.

DAMBORSKÝ, Jiří; Pavel DVOŘÁK; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Michal OTYEPKA; R .C. WADE; Z. NAGATA; Eva HRDLIČKOVÁ a R. STLOUKAL. Biodegradation of 1,2,3-Trichloropropane. In Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants. 2011.

BIEDERMANNOVÁ, Lada; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Jiří DAMBORSKÝ a R. WAADE. Biology and Bioinformatics. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Pavel DVOŘÁK; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Construction of pollutant-degrading bacteria by protein and metabolic engineering. 2011.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.

PROKOP, Zbyněk; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Martin KLVAŇA; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Tomáš MOZGA; Antonín PAVELKA; Pavel DVOŘÁK; Monika STRAKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Biocatalysts by Modification of Access Tunnels. In Novel Enzymes. 2010.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Antonín PAVELKA a Pavel DVOŘÁK. Engineering of Enzymes by Modification of Access Tunnels. In GEM 2010. 2010.

DVOŘÁK, Pavel; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Jan BREZOVSKÝ; Radka CHALOUPKOVÁ; Ivana VOLFOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Increasing activity of bacterial biocatalyst with toxic anthropogenic substrate using methods of protein engineering. In 25th International Symposium on Microscale Bioseparations,. 2010.

BIEDERMANNOVÁ, Lada; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Jiří DAMBORSKÝ a R. WADE. Investigation of Ligand Passage in Proteins Investigation of Ligand Passage in Proteins. In Computational Chemistry. 2010.

KLVAŇA, Martin; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Zbyněk PROKOP; A. STSIAPANAVA; Michal KUTÝ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; J. DOHNÁLEK; Petr KULHÁNEK; R. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 2009, roč. 2009, č. 00, s. 0000-0000, 10 s. ISSN 0022-2836.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Martina PAVLOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Tomáš MOZGA; Andrea FOŘTOVÁ; Khomaini HASAN; Pavel DVOŘÁK; J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase. 2009.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Eva CHOVANCOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Tomáš MOZGA; Andrea FOŘTOVÁ; Khomaini HASAN; Pavel DVOŘÁK; J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Analysis of Substrate Specificities of Wild-type Haloalkane Dehalogenases and their Mutants by Multivariate Statistics. 2008.

KLVAŇA, Martin; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Alena STSIAPANAVA; Michal KUTÝ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; J. DOHNÁLEK; Petr KULHÁNEK; R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Exit and Water Exchange in Engineered Haloalkane Dehalogenase DhaA Exploredusing Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. 2008.

DVOŘÁK, Pavel; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Zbyněk PROKOP a Yuji NAGATA. Semi-Rational Engineering of Haloalkane Dehalogenases DHAA Towards Improved Activity with 1,2-Dichloroethane. In XII. Working Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2008.