Výpis publikací

CHARESHNEU, Aliaksei, Adam MIDLIK, Crina-Maria IONESCU, Alexander ROSE, Vladimír HORSKÝ, Alessio CANTARA, Radka SVOBODOVÁ, Karel BERKA a David SEHNAL. Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W326"-"W330", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad411.

MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Aliaksei CHARESHNEU, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. OverProt: secondary structure consensus for protein families. Bioinformatics. Oxford University Press, 2022, roč. 38, č. 14, s. 3648-3650. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac384.

MIDLIK, Adam, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Tarakaramji MOTURU, Jaroslav KOČA, Radka SVOBODOVÁ a K. BERKA. Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator. Nature Scientific Reports. London: NATURE RESEARCH, 2021, roč. 11, č. 1, s. 12345-12356. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-91494-8.

HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Ivana, Jan HUTAŘ, Adam MIDLIK, Vladimír HORSKÝ, Eva HLADKÁ, Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. 2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams. Bioinformatics. Oxford University Press, 2021, roč. 37, č. 23, s. 4599-4601. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab505.

SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ, K. BERKA, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK a Jaroslav KOČA. Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite. Online. In STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS. TOTOWA: HUMANA PRESS INC, 2020, s. 1-13. 2112. ISBN 978-1-0716-0270-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1.

MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Automated family-wide annotation of secondary structure elements. In Alexander E. Kister. Protein supersecondary structures: Methods and protocols. Second Edition. New York: Humana Press, 2019, s. 47-71. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-4939-9160-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9161-7_3.

MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Creation and visualization of secondary structure consensus for protein families. In XX. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2019.

SÁNDOR, Roman, Jiří SLANINA, Adam MIDLIK, Kristýna ŠEBRLOVÁ, Lucie NOVOTNÁ, Petr TÁBORSKÝ, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. SANGUINARINE IS REDUCED BY NADH THROUGH A COVALENT ADDUCT. In 20. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. 2019. ISBN 978-80-88195-14-6.

MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Annotation of protein secondary structure elements for whole protein families. In ECCB 2018, Athens, Greece. 2018.

MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Automated Annotation of Secondary Structure Elements for Entire Protein Families. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Adam MIDLIK, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Family-wide annotation and schematic 2D visualization of secondary structure elements. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.

SEHNAL, David, M DESHPANDE, A ROSE, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, S MIR, K BERKA, S VELANKAR a Jaroslav KOČA. Interactive 3D Macromolecular Structure Data Mining with MolQL and Litemol Suite. In 62nd Annual Meeting of the Biophysical-Society. 2018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.308.

HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Ivana, Jan HUTAŘ, Adam MIDLIK, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Karel BERKA. Protein family based 2D Diagrams of Secondary Structure Elements. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.

SÁNDOR, Roman, Jiří SLANINA, Adam MIDLIK, Kristýna ŠEBRLOVÁ, Lucie NOVOTNÁ, Martina ČARNECKÁ, Iva SLANINOVÁ, Petr TÁBORSKÝ, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. Sanguinarine is reduced by NADH through a covalent adduct. Phytochemistry. Oxford: Pergamon-Elsevier Science LTD, 2018, roč. 145, JAN 2018, s. 77-84. ISSN 0031-9422. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.phytochem.2017.10.010.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Adam MIDLIK, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Secondary Structure Elements-Annotations and Schematic 2D Visualizations Stable for Individual Protein Families. In Biophysical Society 62nd Annual Meeting, San Francisco, California. 2018. ISSN 0006-3495. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.307.

MIDLIK, Adam, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Karel BERKA a Jaroslav KOČA. Cytochrome P450 structure anatomy – recognition and analysis of secondary structure elements. In ISMB/ECCB, Prague. 2017.

SEHNAL, David, Mandar DESHPANDE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Saqib MIR, Karel BERKA, Adam MIDLIK, Lukáš PRAVDA, Sameer VELANKAR a Jaroslav KOČA. LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data. Nature Methods. London, United Kingdom: Nature Publishing Group, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1121-1122. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4499.

PEŠ, Ondřej, Adam MIDLIK, Jiří SCHLAGHAMERSKÝ, M. ZITNAN a Petr TÁBORSKÝ. A study on bioluminescence and photoluminescence in the earthworm Eisenia lucens. Photochemical and Photobiological Sciences. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2016, roč. 15, č. 2, s. 175-180. ISSN 1474-905X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/C5PP00412H.

MIDLIK, Adam, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Automatická anotácia sekundárnych štruktúr v cytochrómoch P450 a hodnotenie ich štruktúrnej podobnosti. In Národní bioinformatická konference ENBIK. 2016.

SÁNDOR, Roman, Adam MIDLIK, Kristýna ŠEBRLOVÁ, Gabriela DOVRTĚLOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Jan JUŘICA, Iva SLANINOVÁ, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. Identification of metabolites of selected benzophenanthridine alkaloids and their toxicity evaluation. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. Amsterdam: Elsevier Science BV, 2016, roč. 121, "neuvedeno", s. 174-180. ISSN 0731-7085. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpba.2016.01.024.

SÁNDOR, Roman, Adam MIDLÍK, Kristýna ŠEBRLOVÁ, Gabriela DOVRTĚLOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Jan JUŘICA, Iva SLANINOVÁ, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. Toxicita metabolitov benzo[c]fenantridinových alkaloidov. In Květinův den - Seminář mladých farmakologů a toxikologů, 6. ročník, 2016. 2016.

MIDLIK, Adam, Kristýna ŠEBRLOVÁ, Ivana KUŠNYEROVÁ, Gabriela DOVRTĚLOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Jan JUŘICA, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. HPLC-MS Identification of Metabolites of Selected Benzophenanthridine Alkaloids by Rat Liver Microsomes. In Vítězslav Otruba, Michaela Vašinová Galiová. Book of Abstracts European Symposium on Atomic Spectrometry ESAS 2014 & 15th Czech - Slovak Spectroscopic Conference. Praha: Ioannes Marcus Marci Spectroscopic Society, 2014, s. 205-474. ISBN 978-80-905704-1-2.

MIDLIK, Adam, Roman SÁNDOR, Kristýna NOSKOVÁ, Gabriela DOVRTĚLOVÁ, Jan JUŘICA, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. LIQUID CHROMATOGRAPHIC MASS SPECTROMETRIC DETECTION OF METABOLITES OF MINOR BENZO[C]PHENANTHRIDINE ALKALOIDS. Online. In František Foret, Jana Křenková, Iveta Drobníková, Andras Guttman, Karel Klepárník. CECE 2014: 11TH INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY MEETING ON BIOANALYSIS. Brno: Institute of Analytical Chemistry AS CR, 2014, s. 329-332. ISBN 978-80-904959-2-0.

MIDLIK, Adam, Kristýna PĚNČÍKOVÁ, Ivana KUŠNYEROVÁ, Gabriela DOVRTĚLOVÁ, Kristýna NOSKOVÁ, Jan JUŘICA, Eva TÁBORSKÁ a Ondřej PEŠ. LIQUID CHROMATOGRAPHY MASS SPECTROMETRY OF SELECTED BENZOPHENANTHRIDINE ALKALOIDS INCUBATED WITH RAT LIVER MICROSOMES. Chemické listy. Česká společnost chemická, 2013, roč. 107, Special Issue, Supplement 3, s. S405-S406, 2 s. ISSN 0009-2770.