Bi0260 Taxonomie, fylogenetika a zoologická nomenklatura

Přírodovědecká fakulta
jaro 2017
Rozsah
2/1/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Igor Malenovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Andrea Tóthová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Igor Malenovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 20. 2. až Po 22. 5. Út 8:00–10:50 D31/238
Předpoklady
Bi1030 Fylog. a diver. bezobratlých && Bi2090 Fylog. a diver. obratlovců
Výběrem praktických příkladů a zaměřením nomenklatorické části je přednáška primárně určena pro studenty systematické zoologie, je však otevřena i všem zájemcům z jiných biologických oborů, jelikož většina obsahu předmětu má obecný ráz.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kurzu bude student schopen se orientovat v základních pojmech a metodách biologické systematiky a taxonomie, a to zejména těch týkajících se problematiky vymezení druhů, rekonstrukce fylogeneze, tvorbě přirozené klasifikace a pravidel zoologické nomenklatury, a aplikovat je v praxi.
Osnova
  • 1. Systematika, taxonomie a stručný přehled jejich historického vývoje.
  • 2. Taxon, kategorie, taxonomický znak, koncepce druhu, vnitrodruhová variabilita.
  • 3. Fenetika, přehled a využití statistických metod v současné taxonomii. Taxonomický znak z hlediska statistiky, tradiční a geometrická morfometrika, shlukové analýzy, ordinace, diskriminační analýza, umělé neuronové sítě, automatické určování druhů.
  • 4. Úvod do kladistiky: podobnost a příbuznost, homologie, (syn)apomorfie a (sym)plesiomorfie, určení polarity znaku, princip maximální úspornosti (parsimonie), hypotéza v systematice.
  • 5. Kvantitativní kladistika: kódování znaků, konstrukce kladogramu, optimalizace a vážení znaků, porovnávání a testování kladogramů, konsensus, kladistický software.
  • 6. Metody aplikovatelné v molekulární taxonomii a fylogenetice: proteiny, nukleové kyseliny a jejich extrakce, PCR, klonování a sekvencování DNA, hybridizace DNA, RAPD, restrikční analýzy, mikrosatelity, DNA barcoding.
  • 7. Rekonstrukce fylogenetických vztahů na základě molekulárních dat: zpracování sekvenačních dat, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, Bayesiánská analýza a distanční metody.
  • 8. Molekulární metody v praxi: návštěva laboratoře.
  • 9. Přednosti a omezení molekulárních a morfologických dat, zdroje chyb a konfliktů, kombinace různých typů dat ve fylogenetické analýze. Aplikace fylogenetické analýzy: klasifikace, historická biogeografie, testování koevoluce a evolučních scénářů.
  • 10. Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury 1: základní principy, použitelnost, platnost a tvoření jmen.
  • 11. Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury 2: homonymie a synonymie, princip priority versus stabilita, pojem typu v nomenklatuře, souhrn a procvičení.
  • 12. Práce s taxonomickým materiálem a literaturou: návštěva Moravského zemského muzea. Sbírky, taxonomická revize, popis nových taxonů, určovací klíče, databáze biodiverzity, elektronická taxonomie.
Literatura
  • DROZD, Pavel. Principy systematiky a taxonomie. Vyd. 1. Ostrava: Ostravská univerzita, 2004. 89 s. ISBN 807042995X. info
  • FLEGR, Jaroslav. Evoluční biologie. Vyd. 1. Praha: Academia, 2005. 559 s. ISBN 8020012702. info
  • Mezinárodní pravidla zoologické nomenklatury : přijaté Mezinárodní unií biologických věd. Translated by Václav Houša - Pavel Štys. 4. vyd. Praha: Česká společnost entomologická, 2003. 8, xxxi. ISBN 8023915398. info
  • SCHUH, Randall T. Biological Systematics. Priciples and Applications. 1. vyd. Ithaca and London: Cornell University Press, 2000. 239 s. ISBN 0-8014-3675-3. info
  • KITSCHING, Jan J. a Peter L. et al. FOREY. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2. vyd. Oxford: Oxford University Press, 1998. 228 s. ISBN 0 19 850138 2. info
  • Zima J., Macholán M., Munclinger P., Piálek J. Genetické metody v zoologii. Univerzita Karlova v Praze, Karolinum, Praha, 239s, 2004 ISBN 80-246-0795-6.
  • MARHOLD, Karol a Jan SUDA. Statistické zpracování mnohorozměrných dat v taxonomii : (fenetické metody). 1. vyd. Praha: Karolinum, 2002. 159 s. ISBN 8024604388. info
  • WINSTON, Judith E. Describing species : practical taxonomic procedure for biologists. New York, N.Y.: Columbia University Press, 1999. xx, 518. ISBN 0231068247. info
  • Wägele, Johann-Wolfgang: Foundations of phylogenetic systematics. Verlag Dr. Friedrich Pfeil, München, 2005. 365 s. ISBN 3-89937-056-2.
  • MACHOLÁN, Miloš. Základy fylogenetické analýzy. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2014. 290 s. ISBN 978-80-210-6363-1. doi:10.5817/CZ.MUNI.M210-6363-2014. Munishop Flexibooks info
Výukové metody
Přednášky, diskuze, návštěva molekulární laboratoře, návštěva přírodovědných muzejních sbírek.
Metody hodnocení
Písemná zkouška, obvykle se skládá z 25 otázek napříč celou probíranou látkou, k úspěšnému zvládnutí je potřeba dosáhnout alespoň 50% bodů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021.