Od transkripce je nutno odlišit transliteraci. Zatímco při transkripci jde o adekvátní převod od zvuku do grafémů, při transliteraci převádíme z písma užívajícího jistých znaků do písma jiného, tj. z jednoho grafického záznamu do druhého. V naší praxi jde nejčastěji o přepis mezi azbukou a latinkou nebo řeckým písmem a latinkou. Transliterovat znamená převádět skutečně písmeno za písmeno, tj. naprosto bez zření k výslovnosti. Transliterace se užívá zejména v bibliografii. Vzhledem k tomu, že platnost písmen je v jednotlivých jazycích nestejná, může být totéž jméno např. z azbuky transliterováno pro jednotlivé jazyky různě. Na to je třeba myslet při hledání v katalozích nebo slovnících.
Pro transliteraci do češtiny jsou doporučená pravidla přepisu slov z cizích jazyků formulována v Pravidlech českého pravopisu, a to v jejich "akademické" verzi, tj. ve verzi vydávané nakladatelstvím Academia. Pro běžnou praxi se uplatní i transliterace zjednodušená, např. vědecký převod z ruské azbuky zachytí i jery, zatímco běžně od nich ohlížíme. Z dokonale transliterované podoby lze tedy zrekonstruovat původní zápis azbukou, což běžný přepis neumožní.
Obdobou transkripce jsou zásady přepisu z jazyků užívajících znakového písma nebo písma slabičného do některé z abeced hláskových. Při takové "transkripci" se reflektuje výslovnost výchozího jazyka, ovšem tak, jak ji interpretuje přijímající jazyk. Proto jsou např. názvy čínských měst v jednotlivých jazycích tak rozdílně psány, i když reflektují jediný oficiální název čínský. Potřeba nějak tyto zápisy sjednotit nastává při tvorbě map, které mají nadnárodní platnost, sekundárně také na silničních ukazatelích, v průvodcích apod. Platí tu zvláštní zásady, jež se stále upřesňují.
Zjistěte si, kde jsou uvedena pravidla transliterace cyrilice, řeckého písma, ev. písma arabského pro jazyky, které studujete.