PřF GEPRA Genomics and Proteomics
Název anglicky: Genomics and Proteomics
doktorský prezenční, vyučovací jazyk: angličtina angličtina
Zahrnut v programu: PřF D-GEPRA_ Genomics and Proteomics

Informace o studiu

  • Státní doktorská zkouška a obhajoba disertační práce
    Student must pass the Final State Exam, which is to prove student's professional orientation in the field of genomics and proteomics and other related disciplines, particularly in molecular and cellular biology, structural biology, bioinformatics, and in the experimental approaches used in the field. The exam topics are selected by supervisor in advance. The student should especially be able to prove sufficient general knowledge in the field studied and in-depth knowledge in areas related to his/her Ph.D. thesis, including being familiar with recent major publications in their field of expertise.

    Before the dissertation thesis defence can take place, student must publish first-author paper (or the manuscript must be accepted for publication) in impacted international journal indexed in Web of Science (WoS) with impact factor above the subject median (or two publications must be published if the IF is below the median).

    The dissertation thesis defence starts with presentation of major scientific achievements and is followed by discussions with referees and committee members. Student must prove her/his ability to work and develop research independently, to present and defend her/his results and conclusions.
  • Studijní a výzkumné povinnosti
    Research activities:
    Dissertation thesis preparation – runs throughout the whole studies (at least 60% of the workload)
    Read relevant literature
    Publication activity – student must publish first-author paper in impacted international journal indexed in Web of Science (WoS) with impact factor above the subject median, 10% of the workload
    Dissertation thesis defence
    Active participation at an international conference
    Internship abroad - student must spend 1 month in a lab abroad (can be cumulated)

    Education activities:
    Special subjects - to complement and extend the student's topic (defined in Study plan section - 20% of the workload at most)
    Mandatory Genomics and Proteomics seminar
    Teaching activity – student can participate in supervision of bachelor and master students, and in regular teaching activities (not more than 150 hours - 10% of the workload at most)
    Soft skills - e.g. Academic writing,
    Scientific English
  • Návrh témat disertačních prací a témata obhájených prací
    Examples of (10 selected) successfully defended dissertations:

    Veronika Pavlištová: Effect of chromatin assembly on genome stability (https://is.muni.cz/auth/th/wx0ba/)

    Kateřina Zábrady: Analysis of MAGE (Melanoma AntiGEn) proteins and their interaction partners (https://is.muni.cz/auth/th/ap968/)

    Eliška Janoušková: Dynamics of Telomeric Proteins (https://is.muni.cz/auth/th/pm7q7/)

    Kateřina Šedová: Characterisation of Protein Modifications by Mass Spectrometry (https://is.muni.cz/auth/th/eypvg/)

    Zuzana Vrzalová: Complex molecular diagnostics of congenital adrenal hyperplasia (https://is.muni.cz/auth/th/x4k2c/)

    Karin Jaške: Crossroads of genetics and epigenetics: nucleosome assembly and chromosome integrity (https://is.muni.cz/auth/th/laaa5/)

    Markéta Žďárská: Differential proteomics and phosphoproteomics of hormonal regulations in plants (https://is.muni.cz/auth/th/dhio8/)

    Michal Zimmermann: Protein-DNA interactions involved in regulation of telomere maintenance (https://is.muni.cz/auth/th/fsxl1/)

    Marc Guerineau: Analysis of SMC5-6 complex subunits and their functional homologs (https://is.muni.cz/auth/th/uccar/)

    Eva Majerová: Epigenetic mechanisms in the regulation of telomere maintenance (https://is.muni.cz/auth/th/eyt2h/)

Doporučený průchod studijním plánem

Required

Student works on the thesis throughout the studies. Student must publish first-author paper. During studies, student must present her/his results at seminars and conferences. She/he should learn how to transfer knowledge to new generations (by participating in teaching).

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C9950Seminář oddělení FGP J. Fajkusz 0/22 --
2 kredity

Selective

Student subscribes those subjects which prepare him for the Final state exam in Genomics and proteomics. She/he shall choose subjects best fitting to students curriculum to become real specialist.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:CG020Genomika J. Hejátkozk 2/0/02+2 --
PřF:C2131Úvod do bioinformatiky M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
PřF:C2132Úvod do bioinformatiky - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 --
PřF:C2135Bioinformatika v praxi L. Malinovskák 0/2/02+1 --
PřF:C2138Pokročilá bioinformatika M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
PřF:C2139Pokročilá bioinformatika - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 --
PřF:C7301Základy genomiky - cvičení J. Hejátkok 0/0/33 --
PřF:C9025Evoluční a srovnávací genomika rostlin J. Fajkuszk 2/02+2 --
PřF:C9035Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení J. Fajkusk 0/2/02 --
PřF:C9041Struktura a funkce eukaryotických chromozomů J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:C9042Analýza struktury chromatinu - praktikum J. Fajkusz 0/0/22 --
PřF:C8202Základy proteomiky J. Fajkuszk 1/0/01+2 --
PřF:C8302Základy proteomiky - cvičení J. Hejátkok 0/0/33 --
PřF:C9530Strukturní biochemie L. Žídekzk 2/0/02+2 --
PřF:C9531Strukturní biochemie - seminář L. Žídekz 0/2/02 --
PřF:CG010Proteomika J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:CG030Struktura a funkce proteinových komplexů J. Palečekzk 2/02+2 --
PřF:CG080Metody v genomice M. Fojtovázk 2/0/02+2 --
PřF:CG090Metody v proteomice Z. Zdráhalzk 2/0/02+2 --
PřF:CG031Cvičení z modelování proteinových komplexů J. Palečekz 0/2/02 --
PřF:C7250Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Z. Zdráhalk 1/0/01+1 --
PřF:C7350Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií - cvičení Z. Zdráhalz 0/1/01 --
65 kreditů

Elective

Following subjects wider their offer to cultivate student's soft skills, English competences and in-depth knowledge.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi8350Evoluční genomika R. Hobzazk 2/0/02+2 --
PřF:C3900Molekulární mechanismy buněčného stárnutí P. Procházková Schrumpfovázk 2/0/02+2 --
PřF:C6210Biotechnologie M. Mandlzk 2/0/02+2 --
PřF:C7072Bioanalytika II - Analytické metody v klinické praxi J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:C7073Bioanalytika I - Biomakromolekuly J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:C7230Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce C. Hofrzk 2/0/02+2 --
PřF:C7235Fluorescenční metody ve vědách o životě - cvičení C. Hofrk 0/2/02+1 --
PřF:C7250Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Z. Zdráhalk 1/0/01+1 --
PřF:C7490Molekulární diagnostika vrozených poruch J. Fajkuszk 1/0/01+2 --
PřF:C8857Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction L. Krejčízk 1/0/01+2 --
PřF:C8980Příprava a charakterizace proteinů I - Exprese a purifikace B. Pekárovázk 2/0/02+2 --
PřF:C9045Biologie kvasinek J. Palečekzk 2/0/02+2 --
PřF:C9085Protein-RNA interactions R. Šteflzk 1/0/01+2 --
PřF:C9142Biologie kvasinek - cvičení J. Palečekz 0/2/02 --
PřF:C9285Praxe vědy a výzkumu - publikace a projekty J. Fajkusk 2/0/02 --
PřF:F8310Molekulové interakce a jejich úloha v biologii a chemii V. Brabeck 2/03+1 --
PřF:JA003Výběrová angličtina pro přírodovědce H. Němcovák 0/2/0 + online.3 --
PřF:S1001Chemical properties, structure and interactions of nucleic acids M. Fojtazk 3/03+2 --
PřF:S2008Developmental and cellular biology of plants J. Frimlzk 4/0/04+2 --
PřF:S2011Hormones in plant development J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:S4001International performance L. Štěpánekzk 2/0/02+2 --
PřF:S4002Law, ethics and philosophy of science J. Havlišk 2/0/02+2 --
PřF:S2009Mendel Centre Seminars in the Bio-omics J. Havlišz 0/2/02 --
PřF:S5020Life Science PI Seminars M. Wimmerováz 2/0/0- --
PřF:XD010MU Life Sciences Seminar V. Bryjaz 0/2/02 --
84 kreditů