Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17. 9. až Pá 14. 12. Čt 14:00–15:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 9. až Pá 15. 12. Čt 9:00–10:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2016
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 8:00–9:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jana Čmielová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 15:00–16:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jana Čmielová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 8:00–9:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 8:00–9:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologických metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Út 8:00–9:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Út 10:00–11:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
St 8:00–9:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2008
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Út 8:00–9:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Metody studia mikrobiálních buněk - kultivační a nekultivační. DNA sondy (jejich charakterizace a použití, značení a detekce sond). Experimentální uspořádání při hybridizacích (hybridizace v roztoku, hybridizace na pevných fázích, fluorescentní in situ hybridizace). Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů (amplifikace cílové sekvence DNA, sondy a signálu neseného sondou). PCR v reálném čase a detekce amplifikačních produktů (SybrGreen, TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky). Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami a jejich využití při konstrukci restrikčních map. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii založené na analýze DNA a proteinů. Metody sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí. Metagenomika a analýza mikrobiálních komunit..Molekulární diagnostika mikroorganismů s využitím magnetických nosičů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Út 8:00–9:50 Bpt,01013
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Osnova
  • Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Po 11:00–12:50 Bpt,01013
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Osnova
  • Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2005
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Osnova
  • Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2004
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Čt 12:00–13:50 Bpt,01013
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Osnova
  • Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2003
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Příprava rekombinantních molekul DNA pro diagnostické účely. Využití umělého přenosu genů při přípravě DNA sond. Elektrotransformace. Molekulární diagnostika mikroorganismů. Amplifikační techniky v molekulární diagnostice. Molekulárně typisační metody. Identifikace bakteriálních genů resistence na antibiotika. Identifikace geneticky modifikovaných organismů (GMO) v potravinách. Postupy umožňující průkaz specificity fragmentů DNA a detekci mutací. Bioinformatika. Využití analýzy bakteriálních sekvencí DNA. Validace laboratorních mikrobiologických metod.
Osnova
  • Příprava rekombinantních molekul DNA pro diagnostické účely. Využití umělého přenosu genů při přípravě DNA sond. Elektrotransformace. Molekulární diagnostika mikroorganismů. Amplifikační techniky v molekulární diagnostice. Molekulárně typizační metody. Identifikace bakteriálních genů rezistence na antibiotika. Identifikace geneticky modifikovaných organismů (GMO) v potravinách. Postupy umožňující průkaz specificity fragmentů DNA a detekci mutací. Bioinformatika. Využití analýzy bakteriálních sekvencí DNA. Validace laboratorních mikrobiologických metod.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2002
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Předpoklady
Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I.
Předpokladem zapsání je zkouška z předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů I (B6721).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Příprava rekombinantních molekul DNA pro diagnostické účely. Využití umělého přenosu genů při přípravě DNA sond. Elektrotransformace. Molekulární diagnostika mikroorganismů. Amplifikační techniky v molekulární diagnostice. Molekulárně typisační metody. Identifikace bakteriálních genů resistence na antibiotika. Identifikace geneticky modifikovaných organismů (GMO) v potravinách. Postupy umožňující průkaz specificity fragmentů DNA a detekci mutací. Bioinformatika. Využití analýzy bakteriálních sekvencí DNA. Validace laboratorních mikrobiologických metod.
Osnova
  • Příprava rekombinantních molekul DNA pro diagnostické účely. Využití umělého přenosu genů při přípravě DNA sond. Elektrotransformace. Molekulární diagnostika mikroorganismů. Amplifikační techniky v molekulární diagnostice. Molekulárně typizační metody. Identifikace bakteriálních genů rezistence na antibiotika. Identifikace geneticky modifikovaných organismů (GMO) v potravinách. Postupy umožňující průkaz specificity fragmentů DNA a detekci mutací. Bioinformatika. Využití analýzy bakteriálních sekvencí DNA. Validace laboratorních mikrobiologických metod.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou, cvičení je ukončeno zápočtem.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Speciální metody analýzy mikroorganizmů II

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019

Předmět se v období podzim 2019 nevypisuje.

Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I.
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Výstupy z učení
Schopnost studenta aplikovat 1) Metody real-time PCR v mikrobiologii 2) Sekvenování next a třetí generace 3) Rekombinantní molekuly v analýze mikrobiálních genomů 4) Procesy metagenomiky ve výzkumu mikrobiálních společenstev 5) Požadavky správné laboratorní praxe ve výzkumné, vývojové i aplikační laboratoři
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je možné zapsat pouze ve 3. semestru.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013

Předmět se v období podzim 2013 nevypisuje.

Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 14:00–15:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.

Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Osnova
  • Technologie rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů a v molekulární diagnostice. Hybridizace nukleových kyselin. Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond. Hybridizace v roztoku, na pevné fázi, fluorescentní in situ hybridizace. Mikročipy, jejich konstrukce a použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence, sondy, signálu neseného sondou. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů. Proteom. Sekvencování nukleových kyselin a proteinů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
  • Woodford N., Johnson A.P. (1998) Molecular Bacteriology: Protocols and clinical applications. Humana Press, Totowa, New Yersey. 2. Pressing D.H. (Ed.) (1993) Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington.
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.