Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2008
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Rozvrh
Út 8:00–9:50 Bpt,01013
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Metody studia mikrobiálních buněk - kultivační a nekultivační. DNA sondy (jejich charakterizace a použití, značení a detekce sond). Experimentální uspořádání při hybridizacích (hybridizace v roztoku, hybridizace na pevných fázích, fluorescentní in situ hybridizace). Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii. Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů (amplifikace cílové sekvence DNA, sondy a signálu neseného sondou). PCR v reálném čase a detekce amplifikačních produktů (SybrGreen, TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky). Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami a jejich využití při konstrukci restrikčních map. Molekulárně typizační metody v mikrobiologii založené na analýze DNA a proteinů. Metody sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí. Metagenomika a analýza mikrobiálních komunit..Molekulární diagnostika mikroorganismů s využitím magnetických nosičů. Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek. Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Metody hodnocení
Přednáška je ukončena zkouškou.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.