PřF:Bi6721c Spec.met.an.mikroorg.I. - cv. - Informace o předmětu
Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení
Přírodovědecká fakultajaro 2004
- Rozsah
- 0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící) - Garance
- doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. - Předpoklady
- NOW ( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie. - Mateřské obory/plány
- Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
- Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
- Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)
- Cíle předmětu
- Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.
- Osnova
- 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.
- Literatura
- F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001
- Metody hodnocení
- Cvičení je ukončeno zápočtem
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2004, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2004/Bi6721c