Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)
Garance
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW ( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.
Osnova
  • 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
  • 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
  • 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
  • 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
  • 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
  • 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
  • 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
  • 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
  • 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
  • 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
  • 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
  • 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
  • 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.
Literatura
  • F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001
Výukové metody
Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021.