Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2006
Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
Garance
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi6721c/01: Čt 8:00–10:50 Bpb,02012
Bi6721c/02: Čt 11:00–13:50 Bpb,02012
Předpoklady
NOW ( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.
Osnova
  • 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.
Literatura
  • F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001
Metody hodnocení
Cvičení je ukončeno zápočtem
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021.