Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Břenková (cvičící)
Garance
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 13:00–15:50 E25/111
Předpoklady
NOW ( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 7/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.
Výstupy z učení
Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.
Osnova
  • 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli.
  • 2. Amplifikace čtyř specifických genů.
  • 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
  • 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
  • 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
  • 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
  • 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
  • 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
  • 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
  • 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
  • 11. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
  • 12. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie
Literatura
  • Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

    ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody
Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .
Navazující předměty
Informace učitele
Z důvodu pandemie koronaviru proběhne výuka předmětu v roce 2020 formou blokové výuky v období 1.6.-30.6.2020, v případě nevyhovující epidemiologické situace pak nejpozději do 30.9.2020. Konkrétní termín bude upřesněn prostřednictvím speciálního rozvrhu nejpozději koncem května.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2021.