Bi7900 Genetické metody v zoologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.
Předpoklady
Bi1030 Systém a evoluce bezobratlých && Bi2090 Systém a evoluce obratlovců && Bi3060 Obecná genetika && Bi4020 Molekulární biologie ||SOUHLAS
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Tento předmět je určen především pro studenty magisterského a doktorského studia a měl by jim podat základní přehled o současných morfologických, cytogenetických a molekulárních metodách v současnosti běžně používaných v zoologickém výzkumu. Po jeho ukončení bude student schopen teoreticky i prakticky zvládnout následující témata: Analýza fenotypu (epigenetické znaky, kvantitativní znaky, geometrická morfometrie); Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, "vybarvivání" chromozomů); Elektroforéza proteinů a DNA; Analýza DNA (izolace DNA, DNA-DNA hybridizace, PCR, real-time PCR, fingerprinting, RAPD, AFLP, analýza mikrosatelitů, LINE, SINE a SNP; sekvencování, "next generation sequencing", RFLP, DGGE, TGEE, SSCP, klonování, microarrays); Metody analýzy (populačně-genetická data: analýzy založené na frekvencích alel v populaci vs. "individual-based" modely; fylogenetická data: metody založené na vzdálenosti, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, bayesovská analýza).
Osnova
  • Genetické metody v zoologii (sylabus přednášek a cvičení) M. Macholán, J. Bryja, M. Vyskočilová 2008/2009, podzim, 13 týdnů 1. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků)
  • 2. Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, „painting“) a elektroforetické metody (proteiny, DNA)
  • 3. Analýza DNA I (izolace DNA, genetické markery - jaderná vs. mimojaderná DNA, DNA-DNA hybridizace, PCR, real-time PCR, "multi-locus" DNA markery: fingerprinting, RAPD, AFLP)
  • 4. Analýza DNA II ("single-locus" DNA markery: mikrosatelity, LINE, SINE, SNP)
  • 5. Analýza DNA III (sekvencování - přehled metod, "next generation sequencing")
  • 6. Analýza DNA IV (SNP a jejich analýza: RFLP, DGGE, TGEE, SSCP, klonování, microarrays)
  • 7. Metody analýzy I (populačně-genetická data) - analýzy založené na frekvencích alel v populaci vs. "individual-based" modely
  • 8. Metody analýzy II (fylogenetická data) - metody založené na vzdálenosti, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, bayesovské metody
  • 9. Praktické cvičení v laboratoři I (zhotovení chromozomálních preparátů, analýza karyotypu)
  • 10. Praktické cvičení v laboratoři II (elektroforéza enzymů)
  • 11. Praktické cvičení v laboratoři III (PCR, real-time PCR)
  • 12. Praktické cvičení v laboratoři IV (analýza DNA fragmentů po PCR, elektroforéza, fragmentační analýza, SSCP v kapiláře)
  • 13. Praktické cvičení v laboratoři V (sekvencování)
Literatura
  • ZIMA, Jan. Genetické metody v zoologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, 2004, 239 s. ISBN 8024607956. info
Výukové metody
přednášky, praktická cvičení
Metody hodnocení
ústní zkouška
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.