Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2023

    1. Detailed insight into dynamics of C-terminal domain of δ subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis using high-resolution relaxometry
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Nicola SALVI, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE a Fabien FERRAGE. Detailed insight into dynamics of C-terminal domain of δ subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis using high-resolution relaxometry. In IDP Community F2F/hybrid meeting. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 23. 3. 2024 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386899/cs
    2. Detailed insight into dynamics of intrinsically disordered proteins using high-resolution relaxometry
      ZAPLETAL, Vojtěch, Nicola SALVI, Andrea FLAMM, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Dennis KURZBACH, Mateos BORJA, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Jozef HRITZ, Robert KONRAT, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Detailed insight into dynamics of intrinsically disordered proteins using high-resolution relaxometry. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 23. 3. 2024 16:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386900/cs
    3. Domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis beyond its major state conformation
      TUŽINČIN, Dávid, Petr PADRTA, Hana ŠANDEROVÁ, Alžběta RABATINOVÁ, Kateřina BENDOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Lukáš ŽÍDEK a Pavel KADEŘÁVEK. Domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis beyond its major state conformation. In Inaugural Biochemistry Symposium Puzzles of (Bio)molecular Structure and Dynamics: NMR spectroscopy and complementary approaches. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130951 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Tužinčin, Dávid (703 Slovensko, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Šanderová, Hana (203 Česká republika) -- Rabatinová, Alžběta (203 Česká republika) -- Bendová, Kateřina (203 Česká republika) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: σA factor; RNA polymerase; Bacillus subtilis; NMR; conformational exchange
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Dávid Tužinčin, učo 460988. Změněno: 13. 6. 2023 13:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2291213/cs
    4. Characterisation of invisible conformation of domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis
      TUŽINČIN, Dávid, Petr PADRTA, Hana ŠANDEROVÁ, Alžběta RABATINOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Lukáš ŽÍDEK a Pavel KADEŘÁVEK. Characterisation of invisible conformation of domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis. In 19th European Magnetic Resonance Congress, EUROMAR 2023. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131478 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Tužinčin, Dávid (703 Slovensko, garant, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Šanderová, Hana (203 Česká republika) -- Rabatinová, Alžběta (203 Česká republika) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: σA factor; RNA polymerase; Bacillus subtilis; NMR; conformational exchange
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: Mgr. Dávid Tužinčin, učo 460988. Změněno: 22. 8. 2023 20:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2303698/cs
    5. Characterization of a transitionally occupied state and thermal unfolding of domain 1.1 of σ A factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis
      TUŽINČIN, Dávid, Petr PADRTA, Hana ŠANDEROVÁ, Alžbeta RABATINOVÁ, Kateřina BENDOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Lukáš ŽÍDEK a Pavel KADEŘÁVEK. Characterization of a transitionally occupied state and thermal unfolding of domain 1.1 of σ A factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. Wiley, 2023, roč. 91, č. 9, s. 1276-1287. ISSN 0887-3585. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/prot.26531.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00131160 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Tužinčin, Dávid (703 Slovensko, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: σA factor; Bacillus subtilis; NMR; RNA polymerase; conformational exchange.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 6. 4. 2024 20:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2296078/cs
    6. Study of the Dynamics of Flexible Subunits of RNA Polymerase from Bacillus subtilis
      TUŽINČIN, Dávid, Nicola SALVI, Vojtěch ZAPLETAL, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Hana ŠANDEROVÁ, Alžběta RABATINOVÁ, Kateřina BENDOVÁ, Libor KRÁSNÝ, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Study of the Dynamics of Flexible Subunits of RNA Polymerase from Bacillus subtilis. 2023.
      URL
      angličtina. Slovensko.
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 25. 3. 2024 08:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386901/cs

    2022

    1. Convergent views on disordered protein dynamics from NMR and computational approaches
      SALVI, Nicola, Vojtěch ZAPLETAL, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Milan ZACHRDLA, Petr PADRTA, Subhash NARASIMHAN, Thorsten MARQUARDSEN, Jean-Max TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, Martin BLACKLEDGE, Fabien FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Convergent views on disordered protein dynamics from NMR and computational approaches. BIOPHYSICAL JOURNAL. UNITED STATES: CELL PRESS, 2022, roč. 121, č. 20, s. 3785-3794. ISSN 0006-3495. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2022.09.016.
      URL
      RIV/00216224:14740/22:00126947 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Narasimhan, Subhash (356 Indie, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990. Změněno: 25. 3. 2024 10:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2225678/cs
    2. Seeing the invisible – Study of transiently formed protein conformation found in domain 1.1 of bacterial transcription factor
      TUŽINČIN, Dávid, Pavel KADEŘÁVEK, Petr PADRTA a Lukáš ŽÍDEK. Seeing the invisible – Study of transiently formed protein conformation found in domain 1.1 of bacterial transcription factor. In XVIII Discussions in Structural Molecular Biology and 5th User Meeting of CIISB (Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology). 2022.
      URL
      Název anglicky: Seeing the invisible – Study of transiently formed protein conformation found in domain 1.1 of bacterial transcription factor
      RIV/00216224:14310/22:00126954 Prezentace na konferencích. angličtina.
      Tužinčin, Dávid (703 Slovensko, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: NMR; sigmaA; Bacillus subtilis; region 1.1; protein dynamics
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: Mgr. Dávid Tužinčin, učo 460988. Změněno: 13. 6. 2023 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2225861/cs

    2020

    1. Boosting the resolution of low-field 15N relaxation experiments on intrinsically disordered proteins with triple-resonance NMR
      JASEŇÁKOVÁ, Zuzana, Vojtěch ZAPLETAL, Petr PADRTA, Milan ZACHRDLA, N. BOLIK-COULON, T. MARQUARDSEN, J.M. TYBURN, Lukáš ŽÍDEK, F. FERRAGE a Pavel KADEŘÁVEK. Boosting the resolution of low-field 15N relaxation experiments on intrinsically disordered proteins with triple-resonance NMR. Journal of biomolecular NMR. Dordrecht: Springer, 2020, roč. 74, 2-3, s. 139-145. ISSN 0925-2738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10858-019-00298-6.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00114136 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Zachrdla, Milan (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear magnetic resonance; Relaxation; Dynamics; Intrinsically disordered proteins; High-resolution relaxometry; Non-uniform sampling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2021 12:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1655339/cs

    2019

    1. Quantitative Conformational Analysis of Functionally Important Electrostatic Interactions in the Intrinsically Disordered Region of Delta Subunit of Bacterial RNA Polymerase
      KUBÁŇ, Vojtěch, Pavel SRB, Hana ŠTÉGNEROVÁ, Petr PADRTA, Milan ZACHRDLA, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, H. SANDEROVA, D. VITOVSKA, L. KRASNY, T. KOVAL, J. DOHNALEK, J. ZIEMSKA-LEGIECKA, M. GRYNBERG, P. JARNOT, A. GRUCA, M.R. JENSEN, M. BLACKLEDGE a Lukáš ŽÍDEK. Quantitative Conformational Analysis of Functionally Important Electrostatic Interactions in the Intrinsically Disordered Region of Delta Subunit of Bacterial RNA Polymerase. Journal of the American Chemical Society. Washington: American Chemical Society, 2019, roč. 141, č. 42, s. 16817-16828. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.9b07837.
      URL
      RIV/00216224:14740/19:00108078 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kubáň, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Srb, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Štégnerová, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Zachrdla, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Sanderova, H. (203 Česká republika) -- Vitovska, D. (203 Česká republika) -- Krasny, L. (203 Česká republika) -- Koval, T. (203 Česká republika) -- Dohnalek, J. (203 Česká republika) -- Ziemska-Legiecka, J. (616 Polsko) -- Grynberg, M. (616 Polsko) -- Jarnot, P. (616 Polsko) -- Gruca, A. (616 Polsko) -- Jensen, M.R. (250 Francie) -- Blackledge, M. (250 Francie) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS; BACILLUS-SUBTILIS; GENE-EXPRESSION; RAPID CHANGES; PROTEINS; NMR; TRANSCRIPTION; DETERMINANTS; PREDICTION; SCATTERING
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 8. 3. 2020 19:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1607006/cs

    2017

    1. Conformational dynamics are a key factor in signaling mediated by the receiver domain of a sensor histidine kinase from Arabidopsis thaliana
      OTRUSINOVÁ, Olga, Gabriel DEMO, Petr PADRTA, Zuzana JASEŇÁKOVÁ, Blanka PEKÁROVÁ, Zuzana GELOVÁ, Agnieszka SZMITKOWSKA, Pavel KADEŘÁVEK, Séverine JANSEN, Milan ZACHRDLA, Tomáš KLUMPLER, Jaromír MAREK, Jozef HRITZ, Lubomír JANDA, Hideo IWAI, Michaela WIMMEROVÁ, Jan HEJÁTKO a Lukáš ŽÍDEK. Conformational dynamics are a key factor in signaling mediated by the receiver domain of a sensor histidine kinase from Arabidopsis thaliana. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2017, roč. 292, č. 42, s. 17525-17540. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.M117.790212.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095060 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Otrusinová, Olga (203 Česká republika, domácí) -- Demo, Gabriel (703 Slovensko, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Jaseňáková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Pekárová, Blanka (203 Česká republika, domácí) -- Gelová, Zuzana (203 Česká republika, domácí) -- Szmitkowska, Agnieszka (616 Polsko, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Jansen, Séverine (250 Francie, domácí) -- Zachrdla, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Klumpler, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Jaromír (203 Česká republika, domácí) -- Hritz, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Janda, Lubomír (203 Česká republika, domácí) -- Iwai, Hideo (246 Finsko) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Hejátko, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: histidine kinase; nuclear magnetic resonance (NMR); protein dynamic; protein phosphorylation; X-ray crystallography; receiver domain; relaxation dispersion
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 12. 4. 2018 11:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392278/cs
    2. Solution structure of domain 1.1 of the sigma(A) factor from Bacillus subtilis is preformed for binding to the RNA polymerase core
      ZACHRDLA, Milan, Petr PADRTA, Alzbeta RABATINOVA, Hana SANDEROVA, Ivan BARVIK, Libor KRASNY a Lukáš ŽÍDEK. Solution structure of domain 1.1 of the sigma(A) factor from Bacillus subtilis is preformed for binding to the RNA polymerase core. Journal of Biological Chemistry. Bethesda: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2017, roč. 292, č. 28, s. 11610-11617. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.M117.784074.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00094887 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Zachrdla, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Rabatinova, Alzbeta (203 Česká republika) -- Sanderova, Hana (203 Česká republika) -- Barvik, Ivan (203 Česká republika) -- Krasny, Libor (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bacillus; molecular modeling; nuclear magnetic resonance (NMR); protein structure; RNA polymerase; transcription initiation factor
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 28. 2. 2018 16:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387541/cs

    2016

    1. Spectral density mapping at multiple magnetic fields suitable for C-13 NMR relaxation studies
      KADEŘÁVEK, Pavel, Vojtěch ZAPLETAL, Radovan FIALA, Pavel SRB, Petr PADRTA, Jana PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ, Mária ŠOLTÉSOVÁ, Jozef KOWALEWSKI, Göran WIDMALM, Josef CHMELÍK, Vladimír SKLENÁŘ a Lukáš ŽÍDEK. Spectral density mapping at multiple magnetic fields suitable for C-13 NMR relaxation studies. Journal of Magnetic Resonance. San Diego: Academic Press Inc. Elsevier Science, 2016, roč. 266, May, s. 23-40. ISSN 1090-7807. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmr.2016.02.016.
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00090497 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zapletal, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Fiala, Radovan (203 Česká republika, domácí) -- Srb, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pavlíková Přecechtělová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šoltésová, Mária (703 Slovensko) -- Kowalewski, Jozef (752 Švédsko) -- Widmalm, Göran (752 Švédsko) -- Chmelík, Josef (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear magnetic resonance; Relaxation; Spectral density function; Magnetic field; Nucleic acids; Carbohydrates
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 27. 4. 2017 13:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350870/cs

    2011

    1. Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping
      KADEŘÁVEK, Pavel, Carl DIEHL, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Hana ŠANDEROVÁ, Petr PADRTA, Lukáš ŽÍDEK, Libor KRÁSNÝ, Vladimír SKLENÁŘ a Mikael AKKE. Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping. MATERIALS STRUCTURE. 2011, roč. 18, č. 1, s. 3-5. ISSN 1211-5894.
      URL
      RIV/00216224:14740/11:00057189 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Diehl, Carl (752 Švédsko) -- Papoušková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Šanderová, Hana (203 Česká republika) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Akke, Mikael (752 Švédsko)
      Klíčová slova anglicky: NMR; delta subunit; RNA polymerase; spectral density function
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 16. 4. 2013 11:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/935903/cs
    2. Study of RNA polymerase delta subunit unique for gram-positive bacteria
      PAPOUŠKOVÁ, Veronika, Pavel KADEŘÁVEK, Jiří NOVÁČEK, Petr PADRTA, Šanderová HANA, Rabatinová ALŽBĚTA, Zawadzka-Kazimierczuk ANNA, Kazimierczuk KRZYSZTOF, Lukáš ŽÍDEK, Kozminski WIKTOR, Krásný LIBOR a Vladimír SKLENÁŘ. Study of RNA polymerase delta subunit unique for gram-positive bacteria. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology Nove Hrady. 2011. ISSN 1211-5894.
      URL
      Název česky: Studie delta podjednotky RNA polymerazi jedinečné pro gram-poziotivní bakterie
      Název anglicky: Study of RNA polymerase delta subunit unique for gram-positive bacteria

      Klíčová slova anglicky: nmr, delta subunit, RNA polymerase, structure, dynamics, interactions
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D., učo 106467. Změněno: 29. 3. 2011 11:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932326/cs

    2010

    1. Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs
      MOTÁČKOVÁ, Veronika, Hana ŠANDEROVÁ, Lukáš ŽÍDEK, Jiří NOVÁČEK, Petr PADRTA, Alžběta ŠVENKOVÁ, Jana KORELUSOVÁ, Jiří JONÁK, Libor KRÁSNÝ a Vladimír SKLENÁŘ. Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. USA: John Wiley and Sons, 2010, roč. 78, č. 7, s. 1807-1810. ISSN 0887-3585.
      Název česky: Struktura N-terminální domény delta podjednotky RNA polymerasy z Bacilla subtila a její klasifikace na základě strukturních homologů
      RIV/00216224:14310/10:00043931 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Motáčková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Šanderová, Hana (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Švenková, Alžběta (203 Česká republika) -- Korelusová, Jana (203 Česká republika) -- Jonák, Jiří (203 Česká republika) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA polymerase; delta subunit; gram positive bacteria; nuclear magnetic resonance; structural homologues
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D., učo 106467. Změněno: 2. 2. 2012 17:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/883410/cs
    2. Structure and dynamics of an RNA polymerase subunit unique for gram-positive bacteria
      MOTÁČKOVÁ, Veronika, Pavel KADEŘÁVEK, Lukáš ŽÍDEK, Hana ŠANDEROVÁ, Petr PADRTA, Jiří NOVÁČEK, Alžběta ŠVENKOVÁ, Jana KORELUSOVÁ, Anna ZAWADZKA-KAZIMIERCZUK, Krzysztof KAZIMIERCZUK, Wiktor KOŹMIŃSKI, Libor KRÁSNÝ a Vladimír SKLENÁŘ. Structure and dynamics of an RNA polymerase subunit unique for gram-positive bacteria. In Joint EUROMAR 2010 and 17th ISMAR Conference. 2010.
      URL
      Název česky: Struktura a dynamika podjednotky RNA polymerazy specifické pro gram-pozitivní bakterie
      Název anglicky: Structure and dynamics of an RNA polymerase subunit unique for gram-positive bacteria
      Biochemie.
      Klíčová slova anglicky: RNA polymerase; delta subunit; gram-positive bacteria; structure; validation; structural homologues; dynamics
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D., učo 106467. Změněno: 19. 10. 2010 10:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/894361/cs
    3. Structure and dynamics of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis
      KADEŘÁVEK, Pavel, Veronika MOTÁČKOVÁ, Petr PADRTA, Carl DIEHL, Hana ŠANDEROVÁ, Lukáš ŽÍDEK, Libor KRÁSNÝ, Vladimír SKLENÁŘ a Mikael AKKE. Structure and dynamics of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis. In International school of biological magnetic resonance, 10th Course, Biophysics and Structure to Counter Threats and Challenges, Erice 2010. 2010.
      URL
      Změnil: Mgr. Pavel Kadeřávek, Ph.D., učo 106653. Změněno: 3. 7. 2010 19:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/890215/cs
    4. S3EPY: a Sparky extension for determination of small scalar couplings from spin-state-selective excitation NMR experiments
      NOVÁK, Petr, Lukáš ŽÍDEK, Veronika MOTÁČKOVÁ, Petr PADRTA, Alžbeta ŠVENKOVÁ, Jean Marc NUZILLARD, Libor KRÁSNÝ a Vladimír SKLENÁŘ. S3EPY: a Sparky extension for determination of small scalar couplings from spin-state-selective excitation NMR experiments. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Springer Netherlands, 2010, roč. 46, č. 2, s. 191-197. ISSN 0925-2738.
      URL
      RIV/00216224:14310/10:00043623 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Novák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Motáčková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Švenková, Alžbeta (703 Slovensko) -- Nuzillard, Jean Marc (250 Francie) -- Krásný, Libor (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Software - Sparky - Residual dipolar couplings - NMR
      Změnil: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990. Změněno: 2. 5. 2012 16:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/878347/cs

    2009

    1. NMR Structure of the N-Terminal Domain of Capsid Protein from the Mason-Pfizer Monkey Virus
      MACEK, Pavel, Josef CHMELÍK, Ivana KŘÍŽOVÁ, Pavel KADEŘÁVEK, Petr PADRTA, Lukáš ŽÍDEK, Marcela WILDOVÁ, Romana HADRAVOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Iva PICHOVÁ, Tomáš RUML, Michaela RUMLOVÁ a Vladimír SKLENÁŘ. NMR Structure of the N-Terminal Domain of Capsid Protein from the Mason-Pfizer Monkey Virus. Journal of Molecular Biology. 2009, roč. 392, č. 1, s. 100-114. ISSN 0022-2836.
      Název česky: NMR struktura N-terminální domény kapsidového proteinu Mason-Pfizerova opičího viru
      RIV/00216224:14310/09:00036514 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Macek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Chmelík, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Křížová, Ivana (203 Česká republika) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika) -- Padrta, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Wildová, Marcela (203 Česká republika) -- Hadravová, Romana (203 Česká republika) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Pichová, Iva (203 Česká republika) -- Ruml, Tomáš (203 Česká republika) -- Rumlová, Michaela (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: M-PMV; betaretroviruses; capsid protein; NMR structure; internal dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 10. 3. 2011 13:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/842971/cs

    2008

    1. P-31 chemical shift tensors for canonical and non-canonical conformations of nucleic acids: A DFT study and NMR implications
      PRECECHTELOVA, Jana, Petr PADRTA, Marketa L MUNZAROVA a Vladimir SKLENAR. P-31 chemical shift tensors for canonical and non-canonical conformations of nucleic acids: A DFT study and NMR implications. Journal of Physical Chemistry B. USA: ACS Publications, 2008, roč. 112, č. 11, s. 3470-3478. ISSN 1089-5647. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jp076073n.
      Změnila: Mgr. Jana Pavlíková Přecechtělová, Ph.D., učo 14825. Změněno: 2. 11. 2015 10:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1315939/cs
    2. P-31 Chemical Shift Tensors in Nucleic Acids from the Quantum Chemistry Point of View
      PRECECHTELOVA, Jana, Petr PADRTA, Marketa MUNZAROVA a Vladimír SKLENÁŘ. P-31 Chemical Shift Tensors in Nucleic Acids from the Quantum Chemistry Point of View. In 23rd NMR Valtice. 2008. vyd. Brno: Masaryk University, 2008, s. 7. ISBN 978-80-86441-39-9.
      Název česky: Tenzory 31P chemickeho posunu v nukleovych kyselinach z pohledu kvantove chemie
      Název anglicky: P-31 Chemical Shift Tensors in Nucleic Acids from the Quantum Chemistry Point of View
      Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: NMR, DFT, nucleic acids, chemical shift
      Změnila: Mgr. Jana Pavlíková Přecechtělová, Ph.D., učo 14825. Změněno: 27. 6. 2008 14:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/771014/cs
    3. 31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.
      PŘECECHTĚLOVÁ, Jana, Petr PADRTA, Markéta MUNZAROVÁ a Vladimír SKLENÁŘ. 31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications. Journal of Physical Chemistry B. American Chemical Society, 2008, roč. 112, č. 11, s. 3470-3478. ISSN 1520-6106.
      Název česky: Tenzory 31P chemickeho posunu pro kanonické a nekanonické konformace nukleových kyselin. DFT výpočty a NMR implikace.
      Název anglicky: 31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.
      RIV/00216224:14310/08:00026071 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
      Přecechtělová, Jana (203 Česká republika) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Munzarová, Markéta (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR chemical shift tensor 31P nucleic acids RDC
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 1. 7. 2009 16:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/769116/cs

    2007

    1. Program for Analysis of Internal Motion in Molecular Dynamics Simulation
      NOVÁK, Petr, Lukáš ŽÍDEK, Pavel MACEK, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. Program for Analysis of Internal Motion in Molecular Dynamics Simulation. In Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul". Brno: Biofyzikální ústav AV CR a Masarykova univerzita-Přírodovědecká fakulta, 2007, 1 s.
      Název česky: Program pro analýzu vnitřních pohybů v molekulové dynamice
      Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: MD; PAIN; protein; dynamics;
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990. Změněno: 9. 4. 2010 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/853389/cs
    2. P-31 Chemical Shift Tensors in RNA and DNA Backbone. A DFT Study of Conformational Dependence and Its Implications for NMR Studies.
      PŘECECHTĚLOVÁ, Jana, Petr PADRTA, Markéta MUNZAROVÁ a Vladimír SKLENÁŘ. P-31 Chemical Shift Tensors in RNA and DNA Backbone. A DFT Study of Conformational Dependence and Its Implications for NMR Studies. In 43rd Symposium on Theoretical Chemistry: Large, Non-Biological Systems. 2007.
      Název česky: P-31 Chemicke posuny v pateri RNA a DNA. DFT studium konformacni zavislosti a jeji dusledky pro NMR aplikace.
      Název anglicky: P-31 Chemical Shift Tensors in RNA and DNA Backbone. A DFT Study of Conformational Dependence and Its Implications for NMR Studies.
      Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: DFT calculations; P-31 chemical shifts; NMR ; DNA; RNA
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Jana Pavlíková Přecechtělová, Ph.D., učo 14825. Změněno: 27. 6. 2008 13:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/725506/cs
    3. Structure of Bombyx mori chemosensory protein 1 in solution
      JANSEN, Séverine, Josef CHMELÍK, Lukáš ŽÍDEK, Petr PADRTA, Petr NOVÁK, Zbyněk ZDRÁHAL, Jean-François PICIMBON, Christer LÖFSTEDT a Vladimír SKLENÁŘ. Structure of Bombyx mori chemosensory protein 1 in solution. Archives of Insect Biochemistry and Physiology. Wiley, 2007, roč. 66, č. 3, s. 135-145. ISSN 0739-4462.
      Název česky: Structure of Bombyx mori chemosensory protein 1 in solution
      RIV/00216224:14310/07:00020544 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Jansen, Séverine (250 Francie) -- Chmelík, Josef (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, garant) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Novák, Petr (203 Česká republika) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika) -- Picimbon, Jean-François (250 Francie) -- Löfstedt, Christer (752 Švédsko) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Bombyx mori; Chemosensory proteins; NMR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr., učo 34759. Změněno: 26. 6. 2009 10:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/726988/cs

    2006

    1. NMR Distance Restraints At Low Temperatures: Application To DNA Hairpin
      MATEJKOVÁ, Michaela, Petr NOVÁK, Radovan FIALA, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. NMR Distance Restraints At Low Temperatures: Application To DNA Hairpin. In International school on High field NMR spectroscopy for solids and liquids. Les Houches, France: Physics Centre, Les Houches, 2006, s. 45-45.
      Název česky: Měření a extrakce experimentálních dat z NMR spekter za nízkých teplot : Aplikace metody pro DNA hairpin
      Biochemie. angličtina. Francie.
      Klíčová slova anglicky: NMR;nucleic acid structure;DNA
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Změnil: RNDr. JUDr. Vladimír Šmíd, CSc., učo 1084. Změněno: 6. 7. 2007 09:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/637095/cs

    2005

    1. Analysis of NMR Distance Restraints - An Application To DNA and RNA Hairpins
      MATEJKOVÁ, Michaela, Petr NOVÁK, Radovan FIALA, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. Analysis of NMR Distance Restraints - An Application To DNA and RNA Hairpins. In Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul". Brno: Biofyzikální ústav AV CR a Masarykova univerzita-Přírodovědecká fakulta, 2005, s. 11-11.
      Název česky: Analýza experimentálních dat z NMR spekter - Aplikace metody pro DNA a RNA hairpiny
      Název anglicky: Analysis of NMR Distance Restraints - An Application To DNA and RNA Hairpins
      Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: NMR; NOESY; restraints
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Změnila: Ing. Michaela Matejková, učo 75859. Změněno: 21. 11. 2006 13:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/702268/cs
    2. NEW TOOLS FOR AN ANALYSIS OF EXPERIMENTAL (NMR) AND THEORETICAL (MD) DATA
      NOVÁK, Petr, Lukáš ŽÍDEK, Pavel MACEK, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. NEW TOOLS FOR AN ANALYSIS OF EXPERIMENTAL (NMR) AND THEORETICAL (MD) DATA. In Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul". Brno: Biofyzikální ústav AV CR a Masarykova univerzita-Přírodovědecká fakulta, 2005, 1 s.
      Název česky: Nové nástroje pro analýzu experimentálních (NMR) a teoretických (MD) dat
      Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: S3EPY; MD; RDC; PAIN;
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990. Změněno: 9. 4. 2010 14:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/853390/cs
    3. NMR Distance Restraints At Low temperatures : An Application To DNA Hairpin
      MATEJKOVÁ, Michaela, Petr NOVÁK, Radovan FIALA, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. NMR Distance Restraints At Low temperatures : An Application To DNA Hairpin. Materials Structure. Praha: The Czech and Slovak Cryst. Assoc., 2005, roč. 12, č. 1, s. 33-33. ISSN 1211-5894.
      Název česky: Měření a extrakce experimentálních dat z NMR spekter za nízkých teplot : Aplikace metody pro DNA hairpin.
      Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: NMR;structure;DNA
      Změnila: Ing. Michaela Matejková, učo 75859. Změněno: 31. 5. 2005 15:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571120/cs

    2004

    1. NMR Distance Restraints At Low Temperatures : An Application to DNA Hairpin.
      MATEJKOVÁ, Michaela, Petr PADRTA, Radovan FIALA a Vladimír SKLENÁŘ. NMR Distance Restraints At Low Temperatures : An Application to DNA Hairpin. In 19th NMR Valtice : Central European NMR Discussion Groups. Brno: Masarykova univerzita, 2004, s. 29-29. ISBN 80-210-3352-5.
      Název česky: Extrakce NMR dat s využitím nízkoteplotních měření : Aplikace metody pro DNA hairpin.
      RIV/00216224:14310/04:00011099 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Matejková, Michaela (703 Slovensko) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Fiala, Radovan (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR;DNA;structure
      Změnila: Ing. Michaela Matejková, učo 75859. Změněno: 17. 5. 2005 12:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571021/cs
    2. Refinement of Trypanosoma U6 RNA Stem-Loop Structure Using 1- and 2-Bond Residual Dipolar Couplings
      NOVÁK, Petr, Lukáš ŽÍDEK, Petr PADRTA a Vladimír SKLENÁŘ. Refinement of Trypanosoma U6 RNA Stem-Loop Structure Using 1- and 2-Bond Residual Dipolar Couplings. In 19th NMR Valtice. Brno: Masarykova universita v Brně, 2004, s. 30-30. ISBN 80-210-3352-5.
      Název česky: Rafinace struktury Trypanosoma U6 RNA s využitím jedno- a dvouvazebných zbytkových dipolárních interakcí
      RIV/00216224:14310/04:00011133 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Novák, Petr (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; Residual dipolar couplings; RNA; structure;
      Změnil: Mgr. Petr Novák, Ph.D., učo 23060. Změněno: 31. 5. 2005 13:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571832/cs

    2003

    1. Internal Consistency of NMR Data Obtained in Partially Aligned Biomacromolecules
      ŽÍDEK, Lukáš, Petr PADRTA, Josef CHMELÍK a Vladimír SKLENÁŘ. Internal Consistency of NMR Data Obtained in Partially Aligned Biomacromolecules. Journal of Magnetic Resonance. San Diego: Academic Press, 2003, roč. 162, č. 1, s. 385-395. ISSN 1090-7807.
      Název anglicky: Internal Consistency of NMR Data Obtained in Partially Aligned Biomacromolecules
      RIV/00216224:14310/03:00008778 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Chmelík, Josef (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: residual dipolar couplings; chemical shift anisotropy; peptide plane; nucleic acids base
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/487506/cs

    2002

    1. Program MULDER - A tool for extracting torsion angles from NMR data
      PADRTA, Petr a Vladimír SKLENÁŘ. Program MULDER - A tool for extracting torsion angles from NMR data. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Kluwer/Escom, 2002, roč. 24, č. 4, s. 339-349. ISSN 0925-2738.
      Název anglicky: Program MULDER - A tool for extracting torsion angles from NMR data
      RIV/00216224:14310/02:00007065 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: computer graphics; interatomic distance; NMR; scalar coupling constant; software; torsion angle
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/407715/cs
    2. Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings
      PADRTA, Petr, Richard ŠTEFL, Lukáš KRÁLÍK, Lukáš ŽÍDEK a Vladimír SKLENÁŘ. Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Kluwer/Escom, 2002, roč. 24, č. 1, s. 1-14. ISSN 0925-2738.
      Název anglicky: Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings
      RIV/00216224:14310/02:00006455 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Králík, Lukáš (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: DNA hairpin; NMR; refinement; residual dipolar couplings
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/405489/cs
Zobrazeno: 25. 9. 2024 21:32