Filtrování

    2026

    1. AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data S - Specializovaná databáze
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Aleš KŘENEK; Katarína GREŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Eva MARŠÁLKOVÁ; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Vlastislav DOHNAL; Karel BERKA; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.58074/mv1w-y227.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2555857/cs
    2. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata a - Konferenční abstrakt
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata. 2026.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2555017/cs
    3. MDDash – one stop shop for MD simulations a - Konferenční abstrakt
      KRÁSA, Filip; Adrián ROŠINEC; Adam ONDREJKA a Aleš KŘENEK. MDDash – one stop shop for MD simulations. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.18740266.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2556178/cs
    4. MDFind: Federated search for molecular dynamics data a - Konferenční abstrakt
      ROŠINEC, Adrián; Tomáš PAVLÍK; Terézia SLANINÁKOVÁ; Aleš KŘENEK; Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. MDFind: Federated search for molecular dynamics data. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.18740944.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2556190/cs

    2025

    1. AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database k - Prezentace na konferencích
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jakub ČILLÍK; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Aleš KŘENEK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database. In EOSC Long Live Research Data 2025, Ostrava, Czech Republic. 2025.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2544166/cs
    2. GROMACS MetaDump (software) R - Software
      ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump. 2025.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2529120/cs
    3. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata J - Článek v odborném periodiku
      ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. Journal of Cheminformatics. BMC, 2025, roč. 17, č. 1, s. 160-169. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2528045/cs
    4. PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures a - Konferenční abstrakt
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Ondřej SCHINDLER; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Dominik TICHÝ a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures. In Czech PhD Bioinformatics Conference. 2025.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2490040/cs
    5. PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures J - Článek v odborném periodiku
      SCHINDLER, Ondřej; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Dominik TICHÝ; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2025, roč. 53, W1, s. "W457"-"W462", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf401.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2500780/cs

    2024

    1. AlphaFind (software) R - Software
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jakub ČILLÍK; Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.11085862.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441942/cs
    2. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB a - Konferenční abstrakt
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441940/cs
    3. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB a - Konferenční abstrakt
      GREŠOVÁ, Katarína; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436357/cs
    4. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome V - Výzkumná zpráva
      PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. Cold Spring Harbor, USA: bioRxiv, 2024, 6 s. N/A. Dostupné z: https://doi.org/10.1101/2024.02.15.580465.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375820/cs
    5. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model S - Specializovaná databáze
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Katarína GREŠOVÁ; Jaroslav OĽHA; Vlastislav DOHNAL; Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441963/cs
    6. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB J - Článek v odborném periodiku
      PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W182"-"W186", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkae397.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2402219/cs
    7. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data a - Konferenční abstrakt
      ROŠINEC, Adrián; Tomáš PAVLÍK; Terézia SLANINÁKOVÁ; Aleš KŘENEK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.14500696.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2460781/cs
    8. Data Management of Biological Imaging Data k - Prezentace na konferencích
      SVOBODA, Tomáš; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Data Management of Biological Imaging Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2024: Data management. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453921/cs
    9. Data workflows at CEITEC MU p - Vyžádané přednášky
      SVOBODA, Tomáš a Adrián ROŠINEC. Data workflows at CEITEC MU. In Setkání OS metodiků MU. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386819/cs
    10. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository a - Konferenční abstrakt
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; Katarína GREŠOVÁ; David PROCHÁZKA; Viktória SPIŠAKOVÁ; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Aleš KŘENEK; Vlastislav DOHNAL; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441958/cs
    11. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB x - Projekty výzkumu a vývoje
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439240/cs
    12. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata k - Prezentace na konferencích
      SVOBODA, Tomáš; Adrián ROŠINEC a Ondřej FILIP. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata. In e-INFRA CZ CONFERENCE 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2416357/cs
    13. Introduction to the new generation EGI container execution platform p - Vyžádané přednášky
      ROŠINEC, Adrián. Introduction to the new generation EGI container execution platform. In EGI Webinar programme 2024. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.10566759.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2365613/cs
    14. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB x - Projekty výzkumu a vývoje
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439238/cs
    15. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB x - Projekty výzkumu a vývoje
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439241/cs
    16. Research Data Management at CEITEC MU k - Prezentace na konferencích
      ROŠINEC, Adrián a Tomáš SVOBODA. Research Data Management at CEITEC MU. In Open Science Workshop 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2416720/cs
    17. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata a - Konferenční abstrakt
      SVOBODA, Tomáš; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Josef HANDL; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453923/cs
    18. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB S - Specializovaná databáze
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441960/cs
    19. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4 S - Specializovaná databáze
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441959/cs
    20. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas x - Projekty výzkumu a vývoje
      NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436500/cs

    2023

    1. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. j - Publikace v odborném periodiku – kromě recenzovaných typů article, review a letter
      LAMOTHE, Lucie; Jennifer R B JENSEN; Hans IENASESCU; Ove J R GUSTAFSSON; Alban GAIGNARD; Dmitry REPCHEVSKY; Radka SVOBODOVÁ; Tomáš RAČEK; Adrián ROŠINEC; Matej ANTOL a Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, s. 1-10. Dostupné z: https://doi.org/10.37044/osf.io/79kje.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293251/cs
    2. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes a - Konferenční abstrakt
      ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes. In 12th Iberian Grid Conference. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2330642/cs
    3. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud a - Konferenční abstrakt
      ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud. In EGI Conference 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293254/cs
    4. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes a - Konferenční abstrakt
      HEJTMÁNEK, Lukáš; Adrián ROŠINEC a Sebastian LUNA-VALERO. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes. In EGI Conference 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293257/cs
    5. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management k - Prezentace na konferencích
      ROŠINEC, Adrián; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2320317/cs
    6. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform k - Prezentace na konferencích
      SVOBODA, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ; David ANTOŠ; Adrián ROŠINEC a Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2361077/cs
    7. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system a - Konferenční abstrakt
      ROŠINEC, Adrián; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Josef HANDL; Jozef SABO; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2340017/cs

    2022

    1. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? a - Konferenční abstrakt
      SPIŠAKOVÁ, Viktória; Adrián ROŠINEC; Lukáš HEJTMÁNEK a Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2262057/cs
Zobrazit podrobně