Bi6721 Speciální metody analýzy mikroorganizmů I

Přírodovědecká fakulta
jaro 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 2. až Pá 17. 5. St 13:00–14:50 E25/209
Předpoklady
Výuka je určena studentům mikrobiologie, případně studentům jiných oborů. Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu  Molekulární biologie (Bi4020).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti budou seznámeni s principy vybraných molekulárně biologických a chemotaxonomických metod a vhodnosti jejich využití pro různé typy mikroorganismů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět principům vybraných molekulárně biologických a chemotaxonomických metod; zvolit vhodnou metodu pro řešení reálného problému; uvědomit si rozdíly v postupech používaných pro bakterie a kvasinky; interpretovat výsledky analýz.
Osnova
  • Metody analýzy mikroorganismů. Izolace nukleových kyselin.
  • Izolace DNA a mtDNA z kvasinek.
  • Fragmentace molekul DNA, restrikční enzymy.
  • Analýza nukleových kyselin pomocí elektromigračních metod.
  • Využití chromatografických metod při analýze nukleových kyselin.
  • Sekvenční analýza. Spektrofotometrická analýzy nukleových kyselin.
  • Hybridizace.
  • Polymerázová řetězová reakce (PCR).
  • Metody analýzy proteinů. Chromatografické stanovení mikrobiálních metabolitů a složek bakteriálních stěn.
  • Principy kvantitativní analýzy.
  • Imunomagnetické a afinitní separační techniky v diagnostice mikroorganismů.
  • Bioinfomratické nástroje v analýze mikroorganismů.
Literatura
    doporučená literatura
  • Rozsypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie, IV, 3 vydání, Brno 2002
  • 1. Rickwood D., Hames B.D. (eds.) Gel electrophoresis of nucleic acids. 2 nd ed. IRL Press, Oxford 1990. 2. Sinden R.R. DNA structure and fuction. Academic Press, San Diego 1994. 3. Churáček J. a kol. Analytická separace látek. SNTL, Praha 1990.
  • G. C. Saunders, H. C. Parkers. Analytical Molecular Biology, RSC, Cambridge 1999.
  • ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005. 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány powerpointové prezentace. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků. Na předmět navazuje laboratorní cvičení.
Metody hodnocení
Výuka je ukončena testem. Test obsahuje 30 otázek, které musí být zodpovězeny písemně.Student musí odpovědět správně 20 otázek. Výsledek testu je hodnocen zkoušejícím.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2020, jaro 2021.