Bi6721 Speciální metody analýzy mikroorganizmů I

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 1. 3. až Pá 14. 5. Út 12:00–13:50 online_B1
Předpoklady
Předmět je určen především studentům navazujícího studijního programu Mikrobiologie, případně studentům jiných navazujících studijních programů. Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z molekulární biologie (Bi4020).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
Cílem předmětu je seznámit studenty s principy vybraných molekulárně biologických, biochemických a biofyzikálních metod pro analýzu mikroorganismů, s postupem pro volbu vhodné metody pro řešení reálného problému,s rozdíly v postupech používaných pro bakterie a kvasinky a s interpretací výsledků analýz. Studenti získají konkrétní informace o následujících procesech: 1) Izolace nukleových kyselin (NK) z mikroorganismů a analýza NK chromatografickými a elektromigračními metodami 2) Aplikace enzymů v analýze mikrobiálních genů 3) Sekvenční analýza mikrobiálních genů a genomů, sekvenace proteinů 4) Využití hybridizace a polymerázové řetězové reakce v mikrobiologii 5) Metody studia mikrobiálních proteinů a metabolitů 6) Využití rekombinantních NK při studiu mikroorganismů
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu by studenti měli být schopni: porozumět a vysvětlit principy základních molekulárně biologických, biochemických a biofyzikálních metod metod využívaných v mikrobiologii, navrhnout postup pro řešení skutečného problému, realizovat rozdíly v metodách používaných pro bakterie a kvasinky; interpretovat výsledky.
Klíčová témata
  • Metody analýzy mikroorganismů. Izolace nukleových kyselin.
  • Izolace DNA a mtDNA z kvasinek.
  • Fragmentace molekul DNA, restrikční enzymy.
  • Analýza nukleových kyselin pomocí elektromigračních metod.
  • Využití chromatografických metod při analýze nukleových kyselin.
  • Sekvenční analýza. Spektrofotometrická analýzy nukleových kyselin.
  • Hybridizace.
  • Polymerázová řetězová reakce (PCR).
  • Metody analýzy proteinů. Chromatografické stanovení mikrobiálních metabolitů a složek bakteriálních stěn.
  • Principy kvantitativní analýzy.
  • Imunomagnetické a afinitní separační techniky v diagnostice mikroorganismů.
  • Metody přípravy rekombinantních molekul DNA a RNA a jejich využití při studiu mikroorganismů
Studijní zdroje a literatura
    doporučená literatura
  • 1. Rickwood D., Hames B.D. (eds.) Gel electrophoresis of nucleic acids. 2 nd ed. IRL Press, Oxford 1990. 2. Sinden R.R. DNA structure and fuction. Academic Press, San Diego 1994. 3. Churáček J. a kol. Analytická separace látek. SNTL, Praha 1990.
  • Rozsypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie, IV, 3 vydání, Brno 2002
  • G. C. Saunders, H. C. Parkers. Analytical Molecular Biology, RSC, Cambridge 1999.
  • ŠMARDA, Jan; Jiří DOŠKAŘ; Roman PANTŮČEK; Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Výuka bude v jarním semestru 2021 probíhat on-line. Při výuce jsou používány powerpointové prezentace. Na předmět navazuje volitelné laboratorní cvičení.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Výuka je ukončena testem. Test obsahuje minimálně 30 otázek, které musí být zodpovězeny písemně. Student musí zodpovědět správně alespoň 16 otázek (více jak 50% správných odpovědí). Výsledek testu je hodnocen zkoušejícím. Následuje krátká diskuse s vyučujícím nad výsledky testu (ústní část zkoušky).
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025, jaro 2026.