Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2023
Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)
Mgr. Barbora Hrnčířová (cvičící)
Garance
Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 13:00–18:50 E25/119
Předpoklady
NOW ( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 11/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.
Mateřské obory/plány
předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s návrhem oligonukleotidových primerů a  přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy, sekvenční analýzou a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.
Výstupy z učení
Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy, sekvenční analýzy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.
Osnova
  • 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli, design PCR a amplifikačních primerů za využití softwaru Benchling.
  • 2. Amplifikace dvou specifických genů vč. genu pro 16SrRNA.
  • 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
  • 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
  • 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
  • 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
  • 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
  • 8. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
  • 9. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
  • 10. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
  • 11. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie
Literatura
  • Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

    ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody
Cvičení probíhá v jarním semestru 1x za 14 dní dvojnásobný počet hodin. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2023/Bi6721c