Výpis publikací

BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Tomáš SVOBODA; Jana PORUBSKÁ; Aliaksei CHARESHNEU; Tomáš RAČEK; Vladimír HORSKÝ; Radka SVOBODOVÁ a Ondřej SCHINDLER. Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach. Journal of Cheminformatics. BMC, 2026, roč. 18, č. 1, s. 1-15. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-026-01154-0.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata. 2026.

NEVOSÁD, Lukáš; Božena KLODOVÁ; Jiří RUDOLF; Tomáš RAČEK; Tereza PŘEROVSKÁ; Alžbeta KUSOVÁ; Radka SVOBODOVÁ; David HONYS a Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ. From Gametophytes to Sporophytes: Investigating Plant Motif Distribution with GOLEM. In Climate-Proof Crop Reproduction: from lab to farm, 2nd RECROP Annual Meeting, Thessaloniki. 2025.

NEVOSÁD, Lukáš; Božena KLODOVÁ; Jiří RUDOLF; Tomáš RAČEK; Tereza PŘEROVSKÁ; Alžbeta KUSOVÁ; Radka SVOBODOVÁ; David HONYS a Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ. GOLEM: A Tool for Visualizing the Distribution of Gene Regulatory Elements in Plant Promoters. In The Czech Plant Nucleus Workshop, Prague. 2025.

NEVOSÁD, Lukáš; Božena KLODOVÁ; Jiří RUDOLF; Tomáš RAČEK; Tereza PŘEROVSKÁ; Alžbeta KUSOVÁ; Radka SVOBODOVÁ; David HONYS a Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ. GOLEM: A tool for visualizing the distribution of Gene regulatOry eLEMents within the plant promoters with a focus on male gametophyte. Plant Journal. Wiley, 2025, roč. 121, č. 5, s. 1-17. ISSN 0960-7412. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/tpj.70037.

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump. 2025.

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. Journal of Cheminformatics. BMC, 2025, roč. 17, č. 1, s. 160-169. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.

NEVOSÁD, Lukáš; Božena KLODOVÁ; Jiří RUDOLF; Tomáš RAČEK; Tereza PŘEROVSKÁ; Alžbeta MIKUŠOVÁ; Věra ŠPANIHELOVÁ; Anna HÝSKOVÁ; Radka SVOBODOVÁ; David HONYS a Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ. Investigating the Distribution of Plant Gene Regulatory Motifs from Gametophyte to Sporophyte. In TANGENC Conference 2025, Brno. 2025.

RAČEK, Tomáš; Dušan VEĽKÝ; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ; Anna ŠPAČKOVÁ; Václav BAZGIER; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update). Bioinformatics. Oxford University Press, 2025, roč. 41, č. 9, s. "btaf486", 5 s. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf486.

BUČEKOVÁ, Gabriela; Ondřej SCHINDLER; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Dominik TICHÝ a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures. In Czech PhD Bioinformatics Conference. 2025.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Dominik TICHÝ; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2025, roč. 53, W1, s. "W457"-"W462", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf401.

NAZARČUKOVÁ, Kateřina; Daniela REPELOVÁ; Tomáš RAČEK; Josef HOUSER a Michaela WIMMEROVÁ. Structure-based detection of sugar-binding proteins. In XXIV. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2025. ISBN 978-80-280-0783-6.

ŠPAČKOVÁ, Anna; Václav BAZGIER; Tomáš RAČEK; David SEHNAL; Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. Analysis and Visualization of Protein Channels, Tunnels, and Pores with MOLEonline and ChannelsDB 2.0. In Lisacek, Frédérique. Protein Bioinformatics. 1. vyd. New York: Humana Press, 2024, s. 219-233. Methods in Molecular Biology 2836. ISBN 978-1-0716-4006-7. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-4007-4_12.

SVOBODA, Tomáš; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Data Management of Biological Imaging Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2024: Data management. 2024.

ŠPAČKOVÁ, Anna; Ondřej VÁVRA; Tomáš RAČEK; Václav BAZGIER; David SEHNAL; Jiří DAMBORSKÝ; Radka SVOBODOVÁ; David BEDNÁŘ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D413"-"D418", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad1012.

SVOBODA, Tomáš; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Josef HANDL; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

LAMOTHE, Lucie; Jennifer R B JENSEN; Hans IENASESCU; Ove J R GUSTAFSSON; Alban GAIGNARD; Dmitry REPCHEVSKY; Radka SVOBODOVÁ; Tomáš RAČEK; Adrián ROŠINEC; Matej ANTOL a Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, s. 1-10. Dostupné z: https://doi.org/10.37044/osf.io/79kje.

ROŠINEC, Adrián; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.

ŠPAČKOVÁ, Anna; Ondřej VÁVRA; Tomáš RAČEK; Václav BAZGIER; David SEHNAL; Jiří DAMBORSKÝ; Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: A Comprehensive Database of Protein Tunnels and Pores in AlphaFold Era. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.

SCHINDLER, Ondřej; Karel BERKA; Alessio CANTARA; Aleš KŘENEK; Dominik TICHÝ; Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W11"-"W16", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad349.

RAČEK, Tomáš; Tomáš SVOBODA a Radka SVOBODOVÁ. Management of life-science data and their metadata. In XXII. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.

SVOBODOVÁ, Radka; Karel BERKA; Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš RAČEK a Ondřej SCHINDLER. New ways of protein family visualization in AlphaFold era. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.

ROŠINEC, Adrián; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Josef HANDL; Jozef SABO; Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.

GREŠOVÁ, Katarína; Tomáš RAČEK; Vlastimil MARTINEK; David ČECHÁK; Radka SVOBODOVÁ a Panagiotis ALEXIOU. RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites. F1000Research. Taylor and Francis, 2023, roč. 12, č. 755, s. 1-14. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://doi.org/10.12688/f1000research.131014.2.

RAČEK, Tomáš. Zpracování dat na CEITECu. In SitSem - Seminář laboratoře Sitola. 2023.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Alphacharges - a web service for calculating QM-like partial atomic charges for AlphaFold proteins. In XXI. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2022.

RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Lenka PTÁČNÍKOVÁ a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II – a web service for calculating partial atomic charges. In ENBIK2022. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Prediction of QM-like partial atomic charges for alphafold. In XXII. Workshop of biophysical chemists and electrochemists. 2022. ISBN 978-80-280-0087-5.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Kamil JELÍNEK a Radka SVOBODOVÁ. QM-like partial atomic charges for AlphaFold available online. In ENBIK2022. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.

RAČEK, Tomáš a Ondřej SCHINDLER. COMPUTER-AIDED MODEL DESIGN OF EMPIRICAL METHODS FOR CALCULATING PARTIAL ATOMIC CHARGES. Online. In 978-9-492-85918-1. MODELLING AND SIMULATION 2021: 35TH ANNUAL EUROPEAN SIMULATION AND MODELLING CONFERENCE 2021 (ESM 2021). GHENT: EUROSIS, 2021, s. 16-20. ISBN 978-94-92859-18-1.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Aleksandra MARŠAVELSKI; Jaroslav KOČA; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Optimized SQE atomic charges for peptides accessible via a web application. Journal of Cheminformatics. Chemistry Central Ltd. in association with BioMed Central, 2021, roč. 13, č. 1, s. 45-55. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-021-00528-w.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Aleksandra MARŠAVELSKI; Radka SVOBODOVÁ a Jaroslav KOČA. Partial atomic charges for proteins. In 1st Student Conference in Structural Biology, 2021. 2021.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. QM-like partial atomic charges for proteins available online. In ELIXIR CZ Annual Conference 2021. 2021. ISBN 978-80-86241-67-8.

MÍČ, Vladimír; Tomáš RAČEK; Aleš KŘENEK a Pavel ZEZULA. Similarity Search for an Extreme Application: Experience and Implementation. In Nora Reyes, Richard Connor, Nils Kriege, Daniyal Kazempour, Ilaria Bartolini, Erich Schubert, Jian-Jia Chen. Similarity Search and Applications: 14th International Conference, SISAP 2021, Dortmund, Germany, September 29 - October 1, 2021, Proceedings. Cham: Springer, 2021, s. 265-279. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_20.

RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Dominik TOUŠEK; Vladimír HORSKÝ; Karel BERKA; Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W591"-"W596", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa367.

ISON, Jon; Hervé MÉNAGER; Brancotte BRYAN; Erik JAANISO; Ahto SALUMETS; Tomáš RAČEK; Anna-Lena LAMPRECHT; Magnus PALMBLAD; Matúš KALAŠ; Piotr CHMURA; John M HANCOCK; Veit SCHWÄMMLE a Hans-Ioan IENASESCU. Community curation of bioinformatics software and data resources. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2020, roč. 21, č. 5, s. 1697-1705. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bib/bbz075.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Radka SVOBODOVÁ; Karel BERKA a Jaroslav KOČA. SQE charge calculation and its applicability for proteins. In ELIXIR CZ Annual Conference 2020. 2020. ISBN 978-80-86241-65-4.

RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Vladimír HORSKÝ; Jaroslav KOČA; Dominik TOUŠEK a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. AtomicChargeCalculator II. In ELIXIR CZ Annual Conference 2019. 2019. ISBN 978-80-86241-61-6.

SCHINDLER, Ondřej; Tomáš RAČEK; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Partial atomic charges for proteins. In ELIXIR CZ Annual Conference 2019. 2019. ISBN 978-80-86241-61-6.

ISON, Jon; Hans IENASESCU; Piotr CHMURA; Emil RYDZA; Hervé MÉNAGER; Matúš KALAŠ; Veit SCHWÄMMLE; Björn GRÜNING; Niall BEARD; Rodrigo LOPEZ; Severine DUVAUD; Heinz STOCKINGER; Bengt PERSSON; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš RAČEK; Jiří VONDRÁŠEK; Hedi PETERSON; Ahto SALUMETS; Inge JONASSEN; Rob HOOFT; Tommi NYRÖNEN; Alfonso VALENCIA; Salvador CAPELLA; Josep GELPÍ; Federico ZAMBELLI; Babis SAVAKIS; Brane LESKOŠEK; Kristoffer RAPACKI; Christophe BLANCHET; Rafael JIMENEZ; Arlindo OLIVEIRA; Gert VRIEND; Olivier COLLIN; Jacques van HELDEN; Peter LØNGREEN a Søren BRUNAK. The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences. GENOME BIOLOGY. LONDON: BIOMED CENTRAL LTD, 2019, roč. 20, č. 164, s. 1-4. ISSN 1474-760X. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13059-019-1772-6.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Dan POLANSKÝ; Karel BERKA a Jaroslav KOČA. bio.tools Sum – tool for exploration of summary information about bioinformatics services in bio.tools. In F1000Research. 2018. Dostupné z: https://doi.org/10.7490/f1000research.1115564.1.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. CCL - Charge Calculation Language. In ELIXIR CZ Annual Conference 2018. 2018. ISBN 978-80-86241-60-9.

RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Empirical methods for calculation of partial atomic charges – applicability for proteins? In ENBIK2018. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.

RAČEK, Tomáš; Dan POLANSKÝ; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. bio.tools Sum. In ELIXIR CZ Annual Conference 2017. 2017. ISBN 978-80-86241-57-9.

KŘENEK, Aleš; Tomáš RAČEK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations. In Molecular Machines 2016. 2016.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Aleš KŘENEK; Jana PAZÚRIKOVÁ; Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.

RAČEK, Tomáš; Jana PAZÚRIKOVÁ; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL; Aleš KŘENEK; Francesco Luca FALGINELLA; Vladimír HORSKÝ; Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.

PAZÚRIKOVÁ, Jana; Tomáš RAČEK; Stanislav GEIDL; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.

GEIDL, Stanislav; Tomáš BOUCHAL; Tomáš RAČEK; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Václav HEJRET; Aleš KŘENEK; Ruben ABAGYAN a Jaroslav KOČA. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, DEC, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-015-0107-1.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Aleš KŘENEK; Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. NEEMP – Tool for parameterization of empirical charge calculation method EEM. In Chemoinformatics Strasbourg Summer School 2014. 2014.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Advanced implementation of atomic charge calculation with electronegativity equalization. In SVOČ 2013 v Opavě. 2013.

BOUCHAL, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš RAČEK; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60.