Výpis publikací

ŠUSTR, Filip, Táňa MACHÁČKOVÁ, Martin PEŠL, Jana SVAČINOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Zdeněk STÁREK, Bohuslav KIANIČKA, Ondřej SLABÝ a Jan NOVÁK. Identification of Plasmatic microRNA-206 as New Predictor of Early Recurrence of Atrial Fibrillation after Catheter Ablation Using Next-generation Sequencing. MOLECULAR DIAGNOSIS & THERAPY. AUCKLAND: ADIS INT LTD, 2024, roč. 28, č. 3, s. 1-10. ISSN 1177-1062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s40291-024-00698-x.

BOUDNÁ, Marie, Táňa MACHÁČKOVÁ, Petra VYCHYTILOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Renata BARTOŠOVÁ, Tina CATELA IVKOVIĆ, Dagmar AL TUKMACHI, Robin JUGAS, Lucie PIFKOVÁ, Jana ORLÍČKOVÁ, Jan KOTOUČEK, Marketa PAVLIKOVA, Milana ŠACHLOVÁ, Lucia BOHOVICOVÁ, Teodor STANĚK, Jana HALÁMKOVÁ, Igor KISS, Tomáš GROLICH, Martin SVOBODA, Zdeněk KALA, Kamila SOUČKOVÁ a Ondřej SLABÝ. Investigation of long non-coding RNAs in extracellular vesicles from low-volume blood serum specimens of colorectal cancer patients. CLINICAL AND EXPERIMENTAL MEDICINE. MILAN: SPRINGER-VERLAG ITALIA SRL, 2024, roč. 24, č. 1, s. 1-14. ISSN 1591-8890. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10238-024-01323-1.

REDMER, Torben, Martin RAIGEL, Christina STERNBERG, Roman ZIEGLER, Clara PROBST, Desiree LINDNER, Astrid AUFINGER, Tanja LIMBERGER, Karolína TRACHTOVÁ, Petra KODAJOVA, Sandra HOEGLER, Michaela SCHLEDERER, Stefan STOIBER, Monika OBERHUBER, Marco BOLIS, Heidi A NEUBAUER, Sara MIRANDA, Martina TOMBERGER, Nora S HARBUSCH, Garces de los Fayos Alonso INES, Felix STERNBERG, Richard MORIGGL, Jean-Philippe THEURILLAT, Boris TICHÝ, Vojtěch BYSTRÝ, Jenny L PERSSON, Stephan MATHAS, Fritz ABERGER, Birgit STROBL, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Olaf MERKEL, Gerda EGGER, Sabine LAGGER a Lukas KENNER. JUN mediates the senescence associated secretory phenotype and immune cell recruitment to prevent prostate cancer progression. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central Ltd, 2024, roč. 23, č. 1, s. 1-21. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12943-024-02022-x.

JURÁČEK, Jaroslav, Marie BOUDNÁ, Michal STANÍK, Michaela RUČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Hana MALČÍKOVÁ, Eva LŽIČAŘOVÁ, Dominik A BARTH, Martin PICHLER a Ondřej SLABÝ. A tissue miRNA expression pattern is associated with disease aggressiveness of localized prostate cancer. Prostate. HOBOKEN: WILEY, 2023, roč. 83, č. 4, s. 340-351. ISSN 0270-4137. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pros.24466.

JURÁČEK, Jaroslav, Marie MĄDRZYK, Karolína TRACHTOVÁ, Michaela RUČKOVÁ, Júlia BOHOŠOVÁ, Dominik A. BARTH, Martin PICHLER, Michal STANÍK a Ondřej SLABÝ. Combination of Urinary MiR-501 and MiR-335 With Current Clinical Diagnostic Parameters as Potential Predictive Factors of Prostate Biopsy Outcome. CANCER GENOMICS & PROTEOMICS. ATHENS: INT INST ANTICANCER RESEARCH, 2023, roč. 20, č. 3, s. 308-316. ISSN 1109-6535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.21873/cgp.20383.

BOHOŠOVÁ, Júlia, Kateřina KOŽELKOVÁ, Dagmar AL TUKMACHI, Karolína TRACHTOVÁ, Ondřej NAAR, Michaela RUČKOVÁ, Eva KOLÁRIKOVÁ, Michal STANÍK, Alexandr POPRACH a Ondřej SLABÝ. Long non-coding RNAs enable precise diagnosis and prediction of early relapse after nephrectomy in patients with renal cell carcinoma. Journal of cancer research and clinical oncology. NEW YORK: Springer, 2023, roč. 149, č. 10, s. 7587-7600. ISSN 0171-5216. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00432-023-04700-7.

SPIELVOGEL, Clemens P, Stefan STOIBER, Laszlo PAPP, Denis KRAJNC, Marko GRAHOVAC, Elisabeth GURNHOFER, Karolína TRACHTOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Asha LEISSER, Bernhard JANK, Julia SCHNOELL, Lorenz KADLETZ, Gregor HEIDUSCHKA, Thomas BEYER, Marcus HACKER, Lukas KENNER a Alexander R HAUG. Radiogenomic markers enable risk stratification and inference of mutational pathway states in head and neck cancer. European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging. NEW YORK: SPRINGER, 2023, roč. 50, č. 2, s. 546-558. ISSN 1619-7070. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00259-022-05973-9.

ROŠKOVÁ, Ivana, Marek VEČEŘA, Lenka RADOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, František SIEGL, Markéta HERMANOVÁ, Michal HENDRYCH, Leoš KŘEN, Václav VYBÍHAL, Hana VALEKOVÁ, Petra KASPAROVA, Ivana KOLOUŠKOVÁ, Tomáš KAZDA, Ondřej SLABÝ, Radim JANČÁLEK, Jiří ŠÁNA a Martin SMRČKA. Small RNA Sequencing Identifies a Six-MicroRNA Signature Enabling Classification of Brain Metastases According to their Origin. CANCER GENOMICS & PROTEOMICS. ATHENS: INT INST ANTICANCER RESEARCH, 2023, roč. 20, č. 1, s. 18-29. ISSN 1109-6535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.21873/cgp.20361.

PENCIK, Jan, Cecile PHILIPPE, Michaela SCHLEDERER, Emine ATAS, Matteo PECORARO, Sandra GRUND-GROESCHKE, Wen LI, Amanda TRACZ, Isabel HEIDEGGER, Sabine LAGGER, Karolína TRACHTOVÁ, Monika OBERHUBER, Ellen HEITZER, Osman AKSOY, Heidi A NEUBAUER, Bettina WINGELHOFER, Anna ORLOVA, Nadine WITZENEDER, Thomas DILLINGER, Elisa REDL, Georg GREINER, Andrea DAVID, Johnny R OSTMAN, Simone TANGERMANN, Ivana HERMANOVA, Georg SCHAEFER, Felix STERNBERG, Elena E POHL, Christina STERNBERG, Adam VARADY, Jaqueline HORVATH, Dagmar STOIBER, Tim I MALCOLM, Suzanne Dawn TURNER, Eileen E PARKES, Brigitte HANTUSCH, Gerda EGGER, Stefan ROSE-JOHN, Valeria POLI, Suneil JAIN, Chris W D ARMSTRONG, Gregor HOERMANN, Vincent GOFFIN, Fritz ABERGER, Richard MORIGGL, Arkaitz CARRACEDO, Cathal MCKINNEY, Richard D KENNEDY, Helmut KLOCKER, Michael R SPEICHER, Dean G TANG, Ali A MOAZZAMI, David M HEERY, Marcus HACKER a Lukas KENNER. STAT3/LKB1 controls metastatic prostate cancer by regulating mTORC1/CREB pathway. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central Ltd, 2023, roč. 22, č. 1, s. 1-25. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12943-023-01825-8.

MACHÁČKOVÁ, Táňa, Petra VYCHYTILOVÁ, Marie BOUDNÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Marketa PAVLIKOVA, Jan KOTOUCEK, Jana HALÁMKOVÁ, Dagmar AL TUKMACHI, Jiří ŠÁNA, Petra POKORNÁ, Milana ŠACHLOVÁ a Ondřej SLABÝ. Utility of RNA sequencing for transcriptome analysis of small extracellular vesicles derived from blood sera of colorectal cancer patients. In 114th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research (AACR). 2023. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.AM2023-6709.

NOVÁK, Jan, Táňa MACHÁČKOVÁ, Tereza NOVÁKOVÁ, Július GODAVA, Petr HUDE, Víta ŽAMPACHOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Petr NĚMEC, Helena BEDÁŇOVÁ, Ondřej SLABÝ, Julie DOBROVOLNÁ, Lenka ŠPINAROVÁ a Jan KREJČÍ. Cirkulující mikroRNA jako biomarkery rejekce u pacientů po srdeční transplantaci: od profilování k validaci kandidátních molekul. In 49. Pracovní setkání Komise experimentální kardiologie. 2022.

NOVÁK, Jan, Táňa MACHÁČKOVÁ, Lucie ULRICHOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Miroslav SOUČEK a Bohuslav KIANIČKA. Identification of plasmatic microRNAs associated with pulmonary embolism in patients with acute-onset dyspnea – pilot results. In Czech Cardiovascular Research and Inovation Days. 2022.

LIMBERGER, Tanja, Michaela SCHLEDERER, Karolína TRACHTOVÁ, Ines Garces de los Fayos ALONSO, Jiaye YANG, Sandra HOEGLER, Christina STERNBERG, Vojtěch BYSTRÝ, Jan OPPELT, Boris TICHÝ, Margit SCHMEIDL, Petra KODAJOVA, Anton JAEGER, Heidi A NEUBAUER, Monika OBERHUBER, Belinda S SCHMALZBAUER, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Helmut DOLZNIG, Wolfgang WADSAK, Zoran CULIG, Suzanne Dawn TURNER, Gerda EGGER, Sabine LAGGER a Lukas KENNER. KMT2C methyltransferase domain regulated INK4A expression suppresses prostate cancer metastasis. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central, 2022, roč. 21, č. 1, s. 89-107. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12943-022-01542-8.

BOHOŠOVÁ, Júlia, Marek KAŠÍK, Adéla KUBÍČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Michal STANÍK, Alexandr POPRACH a Ondřej SLABÝ. LncRNA PVT1 is increased in renal cell carcinoma and affects viability and migration in vitro. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS. HOBOKEN: WILEY, 2022, roč. 36, č. 6, s. 1-9. ISSN 0887-8013. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jcla.24442.

ŠUSTR, Filip, Táňa MACHÁČKOVÁ, Martin PEŠL, Karolína TRACHTOVÁ, Jana SVAČINOVÁ, Zdeněk STÁREK, Lenka ŠPINAROVÁ, Bohuslav KIANIČKA, Ondřej SLABÝ a Jan NOVÁK. microRNAs as the predictors of atrial fibrillation recurrence after catheter ablation: next-generation sequencing study. In EHRA 2022. 2022. ISSN 1532-2092. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/europace/euac053.272.

ŠUSTR, Filip, Táňa MACHÁČKOVÁ, Jana SVAČINOVÁ, Jan OPPELT, Karolína TRACHTOVÁ, Ondřej SLABÝ, Zdeněk STÁREK, Martin PEŠL, Lenka ŠPINAROVÁ, Bohuslav KIANIČKA a Jan NOVÁK. MikroRNA-206 predikuje časnou rekurenci fibrilace síní u pacientů po katétrové ablaci. In 49. Pracovní setkání Komise experimentální kardiologie. 2022.

MĄDRZYK, Marie, Táňa MACHÁČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Tina Catela IVKOVIĆ, Kamila SOUČKOVÁ, Jan KOTOUČEK, Josef MAŠEK, Tomáš LOJA, Milana ŠACHLOVÁ a Ondřej SLABÝ. Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem. Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2022, roč. 35, Supplementum 1, s. "S138"-"S141", 3 s. ISSN 0862-495X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48095/ccko20221S107.

TOPORCEROVA, Silvia, Ivana SPAKOVA, Katarina SOLTYS, Zuzana KLEPCOVA, Marek KLOC, Júlia BOHOŠOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Lucia PETEROVA, Helena MICKOVA, Peter URDZIK, Maria MAREKOVA, Ondřej SLABÝ a Miroslava RABAJDOVA. Small Non-Coding RNAs as New Biomarkers to Evaluate the Quality of the Embryo in the IVF Process. Biomolecules. Basel, Switzerland: MDPI AG, 2022, roč. 12, č. 11, s. 1687-1702. ISSN 2218-273X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biom12111687.

FARIA ZENI, Pedro, Michaela MEDKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, L. JÁNSKÁ, Václav ŠEDA, Sonali SHARMA, Josef VEČEŘA, Laura ONDRIŠOVÁ, Miroslav BOUDNÝ, Veronika PALUŠOVÁ, Veronika ŠANDOVÁ, Daniel FILIP, Lenka KOŠŤÁLOVÁ a Marek MRÁZ. The role of long non-coding RNAs in BCR-mediated CLL activation. In CEITEC PhD Conference, Brno. 2022.

MEDKOVÁ, Michaela, Pedro FARIA ZENI, Karolína TRACHTOVÁ, Sonali SHARMA, Václav ŠEDA, Lenka KOŠŤÁLOVÁ, Laura ONDRIŠOVÁ, Veronika PALUŠOVÁ, Eva HOFERKOVÁ, Daniel FILIP, Josef VEČEŘA, Miroslav BOUDNÝ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER a Marek MRÁZ. The role of long non-coding RNAs in the microenvironmental interactions of malignant B cells. In CEITEC PhD Conference, Brno. 2022.

GUO, Xinyi, Terezie MALÍK MANDÁKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, B. OZUDOGRU, J.Q. LIU a Martin LYSÁK. Linked by Ancestral Bonds: Multiple Whole-Genome Duplications and Reticulate Evolution in a Brassicaceae Tribe. Molecular Biology and Evolution. OXFORD: OXFORD UNIV PRESS, 2021, roč. 38, č. 5, s. 1695-1714. ISSN 0737-4038. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msaa327.

WIEBRINGHAUS, R., M. PECORARO, H.A. NEUBAUER, Karolína TRACHTOVÁ, B. TRIMMEL, M. WIESELBERG, J. PENCIK, G. EGGER, C. KRALL, R. MORIGGL, M. MANN, B. HANTUSCH a L. KENNER. Proteomic Analysis Identifies NDUFS1 and ATP5O as Novel Markers for Survival Outcome in Prostate Cancer. Cancers. BASEL: MDPI, 2021, roč. 13, č. 23, s. „6036“, 13 s. ISSN 2072-6694. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cancers13236036.

SIEGL, František, Marek VEČEŘA, Karolína TRACHTOVÁ, Dagmar AL TUKMACHI, Petr BUŠEK, Pavel FADRUS, Ondřej SLABÝ a Jiří ŠÁNA. Studium PIWI-interagujících RNA v rámci patologie glioblastomu - nová úroveň regulace glioblastomových kmenových buněk? In XLV. Brněnské onkologické dny. XXXV. Konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky Laboratorní diagnostika v onkologii 2021. 2021.

SIEGL, František, Marek VEČEŘA, Karolína TRACHTOVÁ, Dagmar AL TUKMACHI, Petr BUŠEK, Pavel FADRUS, Martin SMRČKA, Ondřej SLABÝ a Jiří ŠÁNA. Study of PIWI-Interacting RNAs in the pathology of glioblastoma: a new level of glioblastoma stem cell regulation? In Sborník abstrakt – VII. Sjezd Ukrajinské neurochirurgické společnosti. 2021.

FARIA ZENI, Pedro, Michaela MEDKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Václav ŠEDA, Sonali SHARMA, Josef VEČEŘA, Laura ONDRIŠOVÁ, Miroslav BOUDNÝ, Veronika PALUŠOVÁ, Veronika ŠANDOVÁ, Daniel FILIP, Lenka KOŠŤÁLOVÁ a Marek MRÁZ. The role of long non-coding RNAs in the BCR-mediated activation of malignant B cells. In Ceitec PhD Conference. 2021.

GABŁO, Natalia Anna, Karolína TRACHTOVÁ, Vladimír PROCHÁZKA, Jan HLAVSA, Tomáš GROLICH, Igor KISS, Josef SROVNAL, Alona REHULKOVA, Martin LOVECEK, Pavel SKALICKY, Ioana BERINDAN-NEAGOE, Zdeněk KALA a Ondřej SLABÝ. Identification and Validation of Circulating Micrornas as Prognostic Biomarkers in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Patients Undergoing Surgical Resection. Journal of Clinical Medicine. BASEL: MDPI, 2020, roč. 9, č. 8, s. 1-12. ISSN 2077-0383. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/jcm9082440.

MACHÁČKOVÁ, Táňa, Petra VYCHYTILOVÁ, Kamila SOUČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Dominika BRCHNELOVÁ, Marek SVOBODA, Igor KISS, Vladimír PROCHÁZKA, Zdeněk KALA a Ondřej SLABÝ. MiR-215-5p Reduces Liver Metastasis in an Experimental Model of Colorectal Cancer through Regulation of ECM-Receptor Interactions and Focal Adhesion. Cancers. BASEL: MDPI, 2020, roč. 12, č. 12, s. 1-21. ISSN 2072-6694. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cancers12123518.

AHMAD, Parwez, Marek SLÁVIK, Karolína TRACHTOVÁ, Natalia Anna GABŁO, Tomáš KAZDA, Dominik GURÍN, Pavel SMILEK, Zuzana HORÁKOVÁ, Břetislav GÁL, Markéta HERMANOVÁ, Pavel ŠLAMPA, Jiří ŠÁNA a Ondřej SLABÝ. Salivary microRNAs identified by small RNA sequencing as potential predictors of response to intensity-modulated radiotherapy in head and neck cancer patients. CELLULAR ONCOLOGY. DORDRECHT: SPRINGER, 2020, roč. 43, č. 3, s. 505-511. ISSN 2211-3428. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s13402-020-00507-7.

MACHÁČKOVÁ, Táňa, Karolína TRACHTOVÁ, Vladimír PROCHÁZKA, Tomáš GROLICH, Martina FARKAŠOVÁ, Lukáš FIALA, Roman ŠEFR, Igor KISS, Matej SKROVINA, Michal DOSOUDIL, Ioana BERINDAN-NEAGOE, Marek SVOBODA, Ondřej SLABÝ a Zdeněk KALA. Tumor microRNAs Identified by Small RNA Sequencing as Potential Response Predictors in Locally Advanced Rectal Cancer Patients Treated With Neoadjuvant Chemoradiotherapy. CANCER GENOMICS & PROTEOMICS. ATHENS: INT INST ANTICANCER RESEARCH, 2020, roč. 17, č. 3, s. 249-257. ISSN 1109-6535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.21873/cgp.20185.

SMRČKA, Martin, Alena KOPKOVÁ, Jiří ŠÁNA, Marek VEČEŘA, J OPPELT, Karolína TRACHTOVÁ, R JANČÁLEK, Pavel FADRUS a Ondřej SLABÝ. Analysis of microRNA levels in cerebrospinal fluid of patients with primary brain tumors and metastases. In 2019 WFNS Special World Congress, 9. – 12. 9. 2019, Peking, Čína. 2019.

KOPKOVÁ, Alena, Jiří ŠÁNA, Táňa MACHÁČKOVÁ, Marek VEČEŘA, Lenka RADOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Václav VYBÍHAL, Martin SMRČKA, Tomáš KAZDA, Ondřej SLABÝ a Pavel FADRUS. Cerebrospinal Fluid MicroRNA Signatures as Diagnostic Biomarkers in Brain Tumors. Cancers. BASEL: MDPI, 2019, roč. 11, č. 10, s. 1-12. ISSN 2072-6694. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cancers11101546.

TRACHTOVÁ, Karolína, Jan OPPELT, Kateřina AMRUZ ČERNÁ a Marek MRÁZ. Bioinformatic analysis of microRNAs and long non-coding RNAs in malignant B cells. In RNA and Disease, Uppsala, Sweden. 2018.

OPPELT, Jan, Karolína TRACHTOVÁ a Marek MRÁZ. microRNA – are you real? In ENBIK2018 conference proceedings, Skalský dvůr. 2018.

OPPELT, Jan, Karolína TRACHTOVÁ a Marek MRÁZ. microRNA – are you real?! In ENBIK2018 - National Bioinformatics Conference. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.