Výpis publikací

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Aleš KŘENEK; Katarína GREŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Eva MARŠÁLKOVÁ; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Vlastislav DOHNAL; Karel BERKA; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.58074/mv1w-y227.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata. 2026.

ROŠINEC, Adrián; Tomáš PAVLÍK; Terézia SLANINÁKOVÁ; Aleš KŘENEK; Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. MDFind: Federated search for molecular dynamics data. 2026. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.18740944.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Zachary CHARLOP-POWERS; Viktoriia DOSHCHENKO; Alexander S. ROSE; Adam MIDLIK; Anna SEKULA; Neli FONSECA; Kyle L. MORRIS; Stephen K. BURLEY; Sameer VELANKAR; Jennifer FLEMING; Brinda VALLAT; Ludovic AUTIN a David SEHNAL. MolViewStories: Interactive molecular storytelling. PROTEIN SCIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2026, roč. 35, č. 4, s. 1-13. ISSN 0961-8368. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pro.70540.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data. In Carson K. Leung, Anton Dignös, Gabriele Kotsis, A. Min Tjoa, Ismail Khalil. Big Data Analytics and Knowledge Discovery 27th International Conference, DaWaK 2025, Bangkok, Thailand, August 25–27, 2025, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2026, s. 251-258. ISBN 978-3-032-02214-1. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-032-02215-8_20.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jakub ČILLÍK; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Aleš KŘENEK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database. In EOSC Long Live Research Data 2025, Ostrava, Czech Republic. 2025.

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump. 2025.

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. Journal of Cheminformatics. BMC, 2025, roč. 17, č. 1, s. 160-169. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Marian ŠVIK; Tomáš REBOK; Tomáš HANOUSEK a Růžena JANOUTOVÁ. Introducing a new adaptive look-up table subset selection method for leaf chlorophyll and carotenoids retrieval in broadleaved forests. Remote Sensing Letters. Taylor and Francis Ltd., 2025, roč. 16, č. 6, s. 676-686. ISSN 2150-704X. Dostupné z: https://doi.org/10.1080/2150704X.2025.2495992.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Jaroslav OĽHA; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data: Extended Version. arXiv, 2025, 16 s. N/A. Dostupné z: https://doi.org/10.48550/arXiv.2507.05865.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Eva MARŠÁLKOVÁ; Katarína GREŠOVÁ; Aleš KŘENEK; Jaroslav OĽHA; Tomáš PAVLÍK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; David SEHNAL a Matej ANTOL. Refining Structure-Based Search in AlphaFold DB: Including confidence metrics into AlphaFind. In CZECH PHD BIOINFORMATICS CONFERENCE. 2025. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.15103129.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jozef ČERŇANSKÝ; Jaroslav OĽHA; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. SIMILARITY SEARCH AND APPLICATIONS, SISAP 2024. BERLIN: Springer, 2025, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

HANOUSEK, Tomáš; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. A dataset of hyperspectral Look-Up Tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.bcnpf-47q73.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jakub ČILLÍK; Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. Cold Spring Harbor, USA: bioRxiv, 2024, 6 s. N/A. Dostupné z: https://doi.org/10.1101/2024.02.15.580465.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Katarína GREŠOVÁ; Jaroslav OĽHA; Vlastislav DOHNAL; Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David; Terézia SLANINÁKOVÁ; Jaroslav OĽHA; Adrián ROŠINEC; Katarína GREŠOVÁ; Miriama JÁNOŠOVÁ; Jakub ČILLÍK; Jana PORUBSKÁ; Radka SVOBODOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W182"-"W186", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkae397.

ROŠINEC, Adrián; Tomáš PAVLÍK; Terézia SLANINÁKOVÁ; Aleš KŘENEK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Katarína GREŠOVÁ; David PROCHÁZKA; Viktória SPIŠAKOVÁ; Adrián ROŠINEC; Jakub ČILLÍK; Pavlína ŠPRINGEROVÁ; Aleš KŘENEK; Vlastislav DOHNAL; Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

HANOUSEK, Tomáš; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. High spatial and spectral resolution dataset of hyperspectral look-up tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. DATA IN BRIEF. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2024, roč. 57, December 2024, s. 1-13. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.dib.2024.111105.

SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024.

HANOUSEK, Tomáš; Terézia SLANINÁKOVÁ; Růžena JANOUTOVÁ; Marian ŠVIK a Tomáš REBOK. Simulated trait and spectroscopy data to support retrieval of forest biophysical parameters from spaceborne imaging spectroscopy. In 3rd WORKSHOP ON INTERNATIONAL COOPERATION IN SPACEBORNE IMAGING SPECTROSCOPY. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie; Terézia SLANINÁKOVÁ; David PROCHÁZKA; Lukáš HEJTMÁNEK; Adrián ROŠINEC; Jaroslav OĽHA; Katarína GREŠOVÁ; Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Matej ANTOL; Jaroslav OĽHA; Vlastislav DOHNAL; Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; David PROCHÁZKA; Matej ANTOL; Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

OĽHA, Jaroslav; Terézia SLANINÁKOVÁ; Martin GENDIAR; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Dostupné z: https://doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.

OĽHA, Jaroslav; Terézia SLANINÁKOVÁ; Martin GENDIAR; Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2022, s. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.

SLANINÁKOVÁ, Terézia; Matej ANTOL; Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.

ANTOL, Matej; Jaroslav OĽHA; Terézia SLANINÁKOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, roč. 100, č. 101774, s. 1-12. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.