Bakalářská práce

Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin

Force Field Parametrization for Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acid Nucleotide Analogues

Michal Růžička
Anotace

V práci jsme učinili první krok vedoucí k vytvoření nového silového pole typu AMBER pro antisense molekuly označované jako fosforoamidát morfolino oligomery (phosphorodiamidate morpholino oligomers, PMO), které jsou analogy nukleotidů nukleových kyselin. Zaměřili jsme se především na konformační analýzu morfolinového kruhu a struktury adenin morfolin s použitím existujícího silového pole GAFF. Konformační …více

Abstract

We have taken the first step in creating new AMBER force field for antisense molecules called phosphorodiamidate morpholino oligomers (PMO), which are nucleotide analogues. This thesis is focused on conformational behavior study of morpholine ring and adenine morpholine structure by using GAFF force field. Conformational analysis of PMO fragments was performed by using molecular dynamics simulations …více

Klíčová slova
výpočetní chemie molekulová mechanika silové pole parametrizace silového pole analogy nukleotidů fosforoamidát morfolino oligomery computational chemistry molecular mechanics force field force field parameterization nucleotide analogues phosphorodiamidate morpholino oligomers
Zadání práce
Cílem studenta bude namodelovat analogy nukleotidů nukleových kyselin. Dále provede parametrizaci silového pole pomocí dostupných experimentálních dat a kvantově chemických výpočtů. Parametrizované silové pole využije pro molekulárně dynamické simulace vybraných strukturních motivů krátkých oligonukleotidů.

Pokyny pro vypracování:
1. Vypracování literární rešerše
2. Příprava analogů nukleotidů
3. Vytvoření trénovacích sad a parametrizace silového pole
4. Molekulárně dynamické simulace vybraných strukturních motivů

Seznam odborné literatury:
= odborná literatura dle vlastní literární rešerše
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
20. 5. 2014 18:04, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
1,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
17. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
RECETOX PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
LGen CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.