Výpis publikací

TRANTÍRKOVÁ, Silvie; Jakub HARNOŠ; Jan RYNEŠ; Vladimíra ZLÍNSKÁ a Lukáš TRANTÍREK. In-cell NMR spectroscopy of nucleic acids: Basic concepts, practical aspects, and applications. Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. Elsevier B.V., 2025, roč. 148-149, August-October, s. 1-31. ISSN 0079-6565. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.pnmrs.2025.101560.

RYNEŠ, Jan; Eva IŠTVÁNKOVÁ; Michaela KRAFČÍKOVÁ; Enrico LUCHINAT; Letizia BARBIERI; Lucia BANCI; Kristýna KAMARÝTOVÁ; Tomáš LOJA; Bohumil FAFÍLEK; Gustavo RICO LLANOS; Pavel KREJČÍ; Libor MACUREK; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Protein structure and interactions elucidated with in-cell NMR for different cell cycle phases and in 3D human tissue models. Communications Biology. BERLIN: Nature Research, 2025, roč. 8, č. 1, s. 1-9. ISSN 2399-3642. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s42003-025-07607-w.

ZLÍNSKÁ, Vladimíra; Zuzana FEKETOVÁ; Aleksandra Anna CZYREK; Julia CHUDZIAN; Martina Lenarcic ZIVKOVIC; Vlad-Constantin URSACHI; Pooja DUDEJA; Bohumil FAFÍLEK; Jan RYNEŠ; Gustavo RICO LLANOS; Adolf KOUDELKA; Tanaya ROY; Martyna BIADUN; Vendula RAŠKOVÁ; Kateřina SVOZILOVÁ; Michaela STROBLOVÁ; Mateusz KRZYSCIK; Kalina HRISTOVA; Daniel KROWARSCH; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Malgorzata ZAKRZEWSKA; Lukáš TRANTÍREK a Pavel KREJČÍ. Specific inhibition of fibroblast growth factor receptor 1 signaling by a DNA aptamer. MOLECULAR THERAPY-NUCLEIC ACIDS. Cambridge: CELL PRESS, 2025, roč. 36, č. 1, s. 1-10. ISSN 2162-2531. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.omtn.2024.102405.

LUO, Yu; Martina LENARČIČ ŽIVKOVIC; Jiawei WANG; Jan RYNEŠ; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Lukáš TRANTÍREK; Daniela VERGA a Jean-Louis MERGNY. A sodium/potassium switch for G4-prone G/C-rich sequences. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, č. 1, s. 448-461. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad1073.

VÍŠKOVÁ, Pavlína; Eva IŠTVÁNKOVÁ; Jan RYNEŠ; Šimon DŽATKO; Tomáš LOJA; Martina LENARČIČ ŽIVKOVIC; Riccardo RIGO; Roberto EL-KHOURY; Israel SERRANO-CHACON; Masad J DAMHA; Carlos GONZALEZ; Jean-Louis MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. In-cell NMR suggests that DNA i-motif levels are strongly depleted in living human cells. Nature Communications. Berlin: Nature, 2024, roč. 15, č. 1, s. 1-12. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-024-46221-y.

CÍGLER, Petr; Lukáš BÁLEK; Jan HAVLÍK; Pavel KREJČÍ; Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. Nanodiamonds as artificial proteins for regulation of a cell signalling system. 2023. Patent. Číslo: US11744855B2. Vydavatel: United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: Alexandria, Virginia, USA. Název vlastníka: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.; Masarykova univerzita; Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně;. Datum registrace: 26. 3. 2019. Datum přijetí: 5. 9. 2023.

CÍGLER, Petr; Lukáš BÁLEK; Jan HAVLÍK; Pavel KREJČÍ; Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. Nanodiamonds as artificial proteins for regulation of a cell signalling system. 2023. Patent. Číslo: EP3645018B1. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Mnichov. Název vlastníka: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR; Masarykova univerzita; Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně;. Datum registrace: 26. 3. 2019. Datum přijetí: 19. 7. 2023.

ŠKOLÁKOVÁ, Petra; Zahra BADRI; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Jan RYNEŠ; Jiří ŠPONER; Miloslava FOJTOVÁ; Jiří FAJKUS; Radek MAREK; Michaela VORLÍČKOVÁ; Jean-Louis MERGNY a Lukáš TRANTÍREK. Composite 5-methylations of cytosines modulate i-motif stability in a sequence-specific manner: Implications for DNA nanotechnology and epigenetic regulation of plant telomeric DNA. BBA - General Subjects. Elsevier B.V., 2020, roč. 1864, č. 9, s. 129651-129659. ISSN 0304-4165. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2020.129651.

GREGOR, Tomáš; Michaela BOSÁKOVÁ; Alexandru NITĂ; Sara POOVAKULATHU ABRAHAM; Bohumil FAFÍLEK; Nicole ČERNOHORSKÁ; Jan RYNEŠ; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Daniela ŽÁČKOVÁ; Jiří MAYER; Lukáš TRANTÍREK a Pavel KREJČÍ. Elucidation of protein interactions necessary for the maintenance of the BCR-ABL signaling complex. Cellular and molecular life sciences. BASEL: SPRINGER BASEL AG, 2020, roč. 77, č. 19, s. 3885-3903. ISSN 1420-682X. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00018-019-03397-7.

DŽATKO, Šimon; Radovan FIALA; R. HANSEL-HERTSCH; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. In-cell NMR Spectroscopy of Nucleic Acids. IN-CELL NMR SPECTROSCOPY: FROM MOLECULAR SCIENCES TO CELL BIOLOGY. CAMBRIDGE: ROYAL SOC CHEMISTRY, 2020, roč. 21, č. 2020, s. 272-297. ISSN 2044-253X. Dostupné z: https://doi.org/10.1039/9781788013079.

KRAFČÍKOVÁ, Michaela; R. HANSEL-HERTSCH; Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. In Cell NMR Spectroscopy: Investigation of G-Quadruplex Structures Inside Living Xenopus laevis Oocytes. G-QUADRUPLEX NUCLEIC ACIDS: METHODS AND PROTOCOLS. TOTOWA: HUMANA PRESS INC, 2019, roč. 2035, č. 2019, s. 397-405. ISSN 1064-3745. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9666-7_25.

VÍŠKOVÁ, Pavlína; Daniel KRAFČÍK; Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. In-Cell NMR Spectroscopy of Nucleic Acids in Human Cells. Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry. United States: Wiley-Liss Inc, 2019, roč. 76, č. 1, s. 1-14. ISSN 1934-9270. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cpnc.71.

GIASSA, Ilektra-Chara; Jan RYNEŠ; T. FESSL; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Advances in the cellular structural biology of nucleic acids. FEBS LETTERS. HOBOKEN: WILEY, 2018, roč. 592, č. 12, s. 1997-2011. ISSN 1873-3468. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/1873-3468.13054.

HARNOŠ, Jakub; Jan RYNEŠ; Pavlína VÍŠKOVÁ; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Lola Murielle BAJARD ÉP.ESNER; Lukáš TRANTÍREK a Vítězslav BRYJA. Analysis of binding interfaces of the human scaffold protein AXIN1 by peptide microarrays. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 42, s. 16337-16347. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.005127.

DŽATKO, Šimon; Michaela KRAFČÍKOVÁ; R. HANSEL-HERTSCH; T. FESSL; Radovan FIALA; Tomáš LOJA; Daniel KRAFČÍK; J.L. MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM (GERMANY): Verlag Chemie, 2018, roč. 57, č. 8, s. 2165-2169. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201712284.

BÁLEK, Lukáš; Marcela BUCHTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Miroslav VAŘECHA; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Iva GUDERNOVÁ; Iva VESELÁ; Jan HAVLIK; Jitka NEBURKOVA; Stuart TURNER; Mateusz Adam KRZYSCIK; Malgorzata ZAKRZEWSKA; Lars KLIMASCHEWSKI; Peter CLAUS; Lukáš TRANTÍREK; Petr CIGLER a Pavel KREJČÍ. Nanodiamonds as "artificial proteins": Regulation of a cell signalling system using low nanomolar solutions of inorganic nanocrystals. Biomaterials. OXFORD: ELSEVIER SCI LTD, 2018, roč. 176, SEP 2018, s. 106-121. ISSN 0142-9612. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2018.05.030.

DŽATKO, Šimon; Michaela KRAFČÍKOVÁ; Radovan FIALA; Tomáš FESSL; Tomáš LOJA; C. CARON; A. GRANZHAN; M.P. TEULADE FICHOU; J.L. MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Cellular structural biology of nucleic acids. In 42nd FEBS Congress, Jerusalem, Izrael, září 2017 in The FEBS Journal (2017). 2017. ISSN 1742-464X.

RENCIUK, D.; Jan RYNEŠ; I. KEJNOVSKA; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Michael ANDÄNG; Lukáš TRANTÍREK a M. VORLICKOVA. G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. AMSTERDAM: ELSEVIER SCIENCE BV, 2017, roč. 1860, č. 2, s. 175-183. ISSN 1874-9399. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2016.11.002.

DŽATKO, Šimon; Michaela KRAFČÍKOVÁ; Radovan FIALA; Tomáš FESSL; Tomáš LOJA; JL. MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a TRANTÍREK. Characterization of Non-B DNA structures in complex environment of mammalian cells by in cell NMR spectroscopy. In G4thering - 6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids, Praha. 2017.

KRAFČÍKOVÁ, Michaela; Šimon DŽATKO; Tomáš LOJA; Radovan FIALA; A GRANZHAN; MP. TEULADE-FICHOU; C. CARON; Silvie TRANTÍRKOVÁ a TRANTÍREK. Monitoring DNA-ligand interactions using in cell NMR spectroscopy. In G4thering - 6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids, Praha. 2017.

GUDERNOVÁ, Iva; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Barbora EL GHANNAMOVÁ; Bohumil FAFÍLEK; Miroslav VAŘECHA; Lukáš BÁLEK; Eva HRUBÁ; Lucie JONÁTOVÁ; Iva JELÍNKOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Lukáš TRANTÍREK; Jiří MAYER a Pavel KREJČÍ. One reporter for in-cell activity profiling of majority of protein kinase oncogenes. eLife. Cambridge: eLife Sciences Publications Ltd., 2017, roč. 6, "e21536", s. 1-14. ISSN 2050-084X. Dostupné z: https://doi.org/10.7554/eLife.21536.

RYNEŠ, Jan; T. FESSL; Michaela KRAFČÍKOVÁ; Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. Structure-activity relationships in polymorphic G-quadruplex forming segment of c-MYC promoter. In 42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back. 2017. ISSN 1742-464X.

GREGOR, Tomáš; Jan RYNEŠ; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Jiří MAYER; Pavel KREJČÍ a Lukáš TRANTÍREK. Systematic analysis of BCR-ABL interactome in chronic myeloid leukemia. In 42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back. 2017. ISSN 1742-464X.

ŠKOLÁKOVÁ, Petra; Silvie TRANTÍRKOVÁ; Klára BEDNÁŘOVÁ; Radovan FIALA; Michaela VORLÍČKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Unique C. elegans telomeric overhang structures reveal the evolutionarily conserved properties of telomeric DNA. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2015, roč. 43, č. 9, s. 4733-4745. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkv296.