Výpis publikací

ANTOL, Matej, Jiří MAREK, Michaela CAPANDOVÁ, Jaroslav JURÁČEK a Luděk MATYSKA. EOSC CZ: Towards the development of Czech national ecosystem for FAIR research data. arXiv, 2024, 2 s.

ANTOL, Matej, Michal RŮŽIČKA, Luděk MATYSKA a Jiří MAREK. Public (Health) Sector and Academia. In Martin Komenda. Data-Driven Decision-Making in Medical Education and Healthcare. First edition. Brno: Masaryk University, 2023, s. 51-66. Data Rulezzzz! ISBN 978-80-280-0392-0.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.

VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.

LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA a Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2018, roč. 7, č. 2018, s. 1-16. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.15161.1.

SALOMONI, Davide, Luciano GAIDO, Isabel Campos PLASENCIA, Jesus E Marco de LUCAS, Peter SOLAGNA, Jorge GOMES, Luděk MATYSKA, P FUHRMAN, Marcus HARDT, Giacinto DONVITO, L DUTKA, Marcin Pl o CIENNIK, Roberto BARBERA, Cristina AIFTIMIEI, Ignacio BLANQUER, Andrea CECCANTI, Mario DAVID, Alvaro Lopez GARCIA, German MOLTO, P ORVIZ, Zdeněk SUSTR, M VILJOEN, Fernando AGUILAR, L ALVES, Alexandre BONVING, Riccardo BRUNO, D DAVIDOVIC, Marco FARGETTA, Yen CHEN, Sandro FIORE, Z KURKCUOGLU, L LLORET, J MARTINS, Alessandra NUZZO, Paola NASSISI, J PINA, Eva SCIACCA, Daniele SPIGA, M TANGARO, Michal URBANIAK, Bas WEGH a T ZOK. INDIGO-DataCloud: A platform to facilitate seamless access to e-infrastructures. Journal of Grid Computing. Springer Science+Business Media B.V., 2018, roč. 16, č. 3, s. 381-408. ISSN 1570-7873. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10723-018-9453-3.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.

PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016, s. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3.

FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK a Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, roč. 71, č. 10, s. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z.

PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. MEMICS 2014. Brno: NOVPRESS, 2014, s. 101-111. ISBN 978-80-214-5022-6.

PROCHÁZKA, Michal, Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Perun – Modern Approach for User and Service Management. Mauritius: IIMC International Information Management Corporation Ltd, 2014, 11 s. ISBN 978-1-905824-44-1.

PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Electrostatics' calculation parallel in time. In CECAM workshop on Fast Methods for Long Range Interactions in Complex Particle Systems. 2013.

PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions. arXiv, 2013, 18 s.

FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. 2012. ISSN 0945-6317.

HŘEBÍČEK, Jiří, Miroslav KUBÁSEK, Lukáš KOHÚT, Luděk MATYSKA, Lucia TOKÁROVÁ a Jaroslav URBÁNEK. Vědecké výpočty v matematické biologii. Brno: Akademické nakladatelství CERM, 2012, 117 s. ISBN 978-80-7204-781-9.

MATYSKA, Luděk a David ANTOŠ. Centrum CERIT-SC po roce příprav. ÚVT MU, 2011, 3 s. Zpravodaj ÚVT MU, roč. XXI, č. 3. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA a Šimon TÓTH. Peer-to-peer Cooperative Scheduling Architecture for National Grid Infrastructure. In Simon C.Lin, Eric Yen. Data Driven e-Science. Academia Sinica Grid Computing Centre, 2011, s. 105-118. ISBN 978-1-4419-8014-4.

MATYSKA, Luděk, Michal KOZUBEK, Tomáš VOJNAR, Pavel ZEMČÍK a David ANTOŠ. Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS'10) -- Selected Papers. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011. ISBN 978-3-939897-22-4.

TÓTH, Šimon, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Towards Peer-to-Peer Scheduling Architecture for the Czech National Grid. Krakow, Poland: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2011, s. 92-101. ISBN 978-83-61433-03-3.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Zora STŘELCOVÁ, Petr KULHÁNEK, Jaroslav KOČA a Eric YEN. Catch-All Virtual Organizations - Solution for Heterogeneous and Disperse Grid Users Communities. In Lin, S. C.; Yen, E. Managed Grids and Cloud Systems in the Asia-Pacific Research Community. New York: Springer, 2010, s. 299-309. ISBN 978-1-4419-6468-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4419-6469-4_22.

ŠTĚPÁN, Jakub, Petr KULHÁNEK, Zdeněk KŘÍŽ, Jan KMUNÍČEK, Jaroslav KOČA a Luděk MATYSKA. grid-CICADA: Efficient Explorer of Conformational Space of Biomolecular Systems. In 5th EGEE User Forum. 2010.

PETERLÍK, Igor, Luděk MATYSKA a Jiří FILIPOVIČ. Haptic Interaction with Complex Models Based on Precomputations. Online. In Advances in Haptics. Vukovar (Croatia): IN-TECH, 2010, s. 333-356. ISBN 978-953-307-093-3.

MATYSKA, Luděk, Michal KOZUBEK, Tomáš VOJNAR, Pavel ZEMČÍK a David ANTOŠ. MEMICS 2010: Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Brno: NOVPRESS s.r.o., 2010, 213 s. ISBN 978-80-87342-10-7.

KŘENKOVÁ, Ivana, David ANTOŠ a Luděk MATYSKA. MetaCentrum Yearbook 2009. first. Prague: CESNET, z. s. p. o., 2010, 172 s. ISBN 978-80-904173-7-3.

PETERLÍK, Igor, Mert SEDEF, Cagatay BASDOGAN a Luděk MATYSKA. Real-time visio-haptic interaction with static soft tissue models having geometric and material nonlinearity. Computers & Graphics. Elsevier, 2010, roč. 34, č. 1, s. 43-54. ISSN 0097-8493.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET a Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, roč. 219, č. 6, 10 s. ISSN 1742-6596.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Luděk MATYSKA. User Centric Authentication for Web Applications. In Proceedings of the 2010 International Symposium on Collaborative Technologies and Systems. Chicago, USA: IEEE, 2010, s. 67-74. ISBN 978-1-4244-6620-7.

STŘELCOVÁ, Zora, Petr KULHÁNEK, Jan KMUNÍČEK, Jaroslav KOČA a Luděk MATYSKA. Implementation and Testing of Multiple Walkers Approach Based Free Energy Calculations in the Grid Environment. In GCCP Proceedings. Bratislava, Slovakia: Institute of Informatics SAS, 2009, s. 29-36, 7 s. ISBN 978-80-970145-1-3.

STŘELCOVÁ, Zora, Petr KULHÁNEK, Jan KMUNÍČEK, Jaroslav KOČA a Luděk MATYSKA. Large-Scale Free Energy Calculations as Showcase of Worldwide Grid Usability. In 4th EGEE User Forum/OGF 25 and OGF Europe's 2nd International Event. 2009.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA, Luděk MATYSKA a Petr HOLUB. MetaCenter Virtual Networks. In Cracow Grid Workshop 2008. Cracow, Poland: Cyfronet AGH, Kraków, Poland, 2009, s. 86-93. ISBN 978-83-61433-00-2.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK, Petr HOLUB, Zdeněk SALVET a Luděk MATYSKA. MetaCentrum, the Czech Virtualized NGI. 2009.

FILIPOVIČ, Jiří, Igor PETERLÍK a Luděk MATYSKA. On-Line Precomputation Algorithm for Real-Time Haptic Interaction with Non-Linear Deformable Bodies. In Third Joint EuroHaptics Conference and Symposium on Haptic Interfaces for Virtual Environment and Teleoperator Systems. Salt Lake City, Utah, USA: The Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2009, s. 24 - 29. ISBN 978-1-4244-3858-7.

ČEŠKA, Milan, Zdeněk KOTÁSEK, Mojmír KŘETÍNSKÝ, Luděk MATYSKA a Tomáš VOJNAR. Proceedings of the International Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2008) - selected papers. Electronic Notes in Theoretical Computer Science. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier B.V., 2009, roč. 251, 96 s. ISSN 1571-0661.

ANTOŠ, David, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří CHUDOBA, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech. In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1. vyd. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, s. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

ANTOŠ, David, Luděk MATYSKA, Petr HOLUB a Jiří SITERA. VirtCloud: Virtual Network for User-controlled Virtual Clusters. 2009.

ANTOŠ, David, Luděk MATYSKA, Petr HOLUB a Jiří SITERA. VirtCloud: Virtualising Network for Grid Environments--First Experiences. In The 23rd IEEE International Conference on Advanced Information Networking and Applications AINA 2009. Bradford, UK: IEEE Comp. Soc., 2009, s. 876-883. ISBN 978-1-4244-4000-9.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Tomáš KUBINA a Lukáš SPURNÝ. A Federated Framework for Secure Collaborative Systems. In EUNIS 2008 VISION IT, Visions for IT in Higher Education. Aarhus, Denmark: University of Aarhus, 2008, 9 s. ISBN 978-87-91234-56-9.

KLUSÁČEK, Dalibor, Hana RUDOVÁ a Luděk MATYSKA. Alea - Grid Scheduling Simulation Environment. 2008.

KLUSÁČEK, Dalibor, Luděk MATYSKA a Hana RUDOVÁ. Alea - Grid Scheduling Simulation Environment. In Parallel Processing and Applied Mathematics. Heidelberg, Germany: Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science 4967, 2008, s. 1029-1038. ISBN 978-3-540-68105-2.

SCHOVANCOVÁ, Jaroslava, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MILAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Zdeněk ŠUSTR a Petr TRÁVNÍČEK. Experience with Large Scale Simulations on the EGEE Grid for the AUGER collaboration. In Proceedings of the Third Conference of the EELA Project. Catania, Itálie: CIEMAT, 2008, s. 283-291, 8 s. ISBN 978-84-7834-565-6.

KŘENEK, Aleš, Jiří SITERA, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk ŠUSTR, Simone CAMPANA, Elizabetta MOLINARI a David REBATTO. Experimental evaluation of job provenance in ATLAS environment. In Journal of Physics: Conference Series. Bristol, Great Britain, 2008, s. 1-9.

KŘENEK, Aleš, Jiri SITERA, Luděk MATYSKA, Frantisek DVORAK, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA a Zdeněk SALVET. gLite Job Provenance - a job-centric view. Concurrency and Computation: Practice and Experience. John Wiley & Sons, Inc, 2008, roč. 20, č. 5, s. 453-462. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.1252.

PETERLÍK, Igor a Luděk MATYSKA. Haptic Interaction with Soft Tissues Based on State-Space Approximation. In LNCS Haptics: Perception, Devices and Scenarios. Berlin / Heidelberg: Springer, 2008, s. 886-895. ISBN 978-3-540-69056-6.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ, Petr HOLUB a Miloš LIŠKA. High Quality Large Scale Virtual Classroom. In Proceedings of the 14th International Conference of European University Information Systems (EUNIS 2008). Århus, Denmark: Aarhus University, 2008, 4 s. ISBN 978-87-91234-58-3.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Vítězslav PLŠEK a Luděk MATYSKA. Charon GUI: Feature Rich Interface to Distinct Grid Niches. In 3rd EGEE User Forum, Clermont-Ferrand, France. 2008.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Integrovaná správa pověření pro e-learningové systémy. In SCO 2008. Brno: Masarykova univerzita, 2008, s. 117-122. ISBN 9788021046139.

RUDA, Miroslav, Jiri SITERA, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Zdenek SUSTR a Michal VOCŮ. Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services. In CESNET CONFERENCE 2008-SECURITY, MIDDLEWARE, AND VIRTUALIZATION-GLUE OF FUTURE NETWORKS. Praha: CESNET, 2008, s. 3-12. ISBN 978-80-904173-0-4.

KŘENEK, Aleš, Luděk MATYSKA, Jiří SITERA, Miroslav RUDA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Zdeněk ŠUSTR a Zdeněk SALVET. Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets. In Provenance and Annotation of Data and Processes. Second International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2008; LNCS. Berlin: Springer Berlin / Heidelberg, 2008, s. 144-151. ISBN 978-3-540-89964-8.

ČEŠKA, Milan, Zdeněk KOTÁSEK, Mojmír KŘETÍNSKÝ, Luděk MATYSKA, Tomáš VOJNAR a David ANTOŠ. MEMICS 2008, Fourth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2008.

ČEŠKA, Milan, Zdeněk KOTÁSEK, Mojmír KŘETÍNSKÝ, Luděk MATYSKA, Tomáš VOJNAR a David ANTOŠ. MEMICS 2008, Fourth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 1. vyd. Brno: Ing. Zdeněk Novotný CSc., Ondráčkova 105, 628 00 Brno, 2008, s. 1-286. ISBN 978-80-7355-082-0.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA, Luděk MATYSKA a Petr HOLUB. MetaCenter Virtual Networks. In Cracow Grid Workshop 2008. 2008.

FEIT, Josef, Luděk MATYSKA, Vladimír ULMAN, Lukáš HEJTMÁNEK, Hana JEDLIČKOVÁ, Marta JEŽOVÁ, Mojmír MOULIS a Věra FEITOVÁ. Virtual microscope interface to high resolution histological images. In Diagnostic Pathology. (3)Suppl 1). http://www.diagnosticpathology.org: 2006 Kayser; licensee BioMed Central Ltd., 2008, s. NA, 1 s.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Virtualizing METACentrum Resources Using Magrathea. In Networking Studies II: Selected Technical Reports. 1. vyd. Praha: CESNET, 2008, s. 129-145. ISBN 978-80-254-2151-2.

MATYSKA, Luděk a Eva HLADKÁ. Virtuální třída aneb přednáška na dálku. Brno: Masarykova univerzita, 2008, 7 s. Zpravodaj ÚVT MU, 18, 3, 3-7. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. A Robust and Efficient Mechanism to Distribute Certificate Revocation Information Using the Grid Monitoring Architecture. In 21st International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops (AINAW'07),. Niagara Falls, Canada: IEEE Computer Society, 2007, s. 614-619. ISBN 0-7695-2847-3.

PETERLÍK, Igor a Luděk MATYSKA. An Algorithm of State-Space Precomputation Allowing Non-linear Haptic Deformation Modelling Using Finite Element Method. In Second Joint EuroHaprics Conference and Symposium on Haptic Interfaces for Virtual Environments and Teleoperator Systems. Los Alamitos: IEEE Computer Society Press, 2007, s. 231-236. ISBN 0-7695-2738-8.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Bezpečný distribuovaný úložný prostor. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2007, s. 60-65. ISBN 978-80-244-1687-8.

PETERLÍK, Igor a Luděk MATYSKA. Contact Modeling in Haptic Interaction Based on Off-line Precomputation Algorithm. Simulation in Healthcare. Hagerstown: Society for Simulation in Healthcare, 2007, roč. 2, č. 2, s. 146-146. ISSN 1559-2332.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distributed Data Storage with Strong Offline Access Support. In The Second International Multi-Conference on Computing in the Global Information Technology Challanges for the Next Generation of IT & C. Gosier, Guadeloupe, French Caribbean: IEEE Computer Society Press, 2007, s. 1-6. ISBN 0-7695-2798-1.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Experience with PKI in a Large-scale Distributed Environment. In EUNIS 2007 Conference. Grenoble, France, 2007, 9 s.

MATYSKA, Luděk, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. HD Collaborative Framework for Distributed Distance Learning. In Proceedings of the 4th High-End Visualization Workshop. Rakousko: University of Innsbruck, 2007, s. 40-45. ISBN 978-3-86541-216-4.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. HD Video in Teaching Environment. Internet2 Fall Member Meeting, San Diego, California, USA, 7-11 October, 2007.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. High Definition video ve výuce. In Emtech Education|Media|Technology Prague 2007. 2007.

FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Luděk MATYSKA, Vladimír ULMAN, Marta JEŽOVÁ, Mojmír MOULIS, Věra FEITOVÁ, Sylva HOTÁRKOVÁ, Ondřej SOUČEK, Katarína MÚČKOVÁ a Pavel VLAŠÍN. Hypertextové atlasy patologie 2007. In MEFANET 2007. Brno: MSD, 2007. ISBN 978-80-739-2007-4.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA, Michal PROCHÁZKA a Tomáš ZÁVODNÝ. Kerberos and Grid systems. Stanford, California, USA, 2007. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2007.

KLUSÁČEK, Dalibor, Luděk MATYSKA a Hana RUDOVÁ. Local Search for Deadline Driven Grid Scheduling. In Third Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2007). 1. vydání. Brno: Ing. Zdeněk Novotný CSc., Ondráčkova 105, 628 00 Brno, 2007, s. 74-81. ISBN 978-80-7355-077-6.

KLUSÁČEK, Dalibor, Luděk MATYSKA, Hana RUDOVÁ, Ranieri BARAGLIA a Gabriele CAPANNINI. Local Search for Grid Scheduling. In Doctoral Consortium at the International Conference on Automated Planning and Scheduling. 2007.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Magrathea -- Grid Management Using Virtual Machine. In Cracow Grid Workshop '06. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 138-145. ISBN 83-915141-7-X.

KUBA, Martin, Zora SEBESTIANOVÁ, Luděk MATYSKA, Jan VEJVALKA, Petr LESNÝ a Tomáš HOLEČEK. MediGrid jako prostředek sdílení biomedicínských zdrojů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace, sborník příspěvků. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, s. 79-82. ISBN 978-80-244-1687-8.

MATYSKA, Luděk, David ANTOŠ, Milan ČEŠKA, Mojmír KŘETÍNSKÝ a Petr HLINĚNÝ. MEMICS 2007: Third Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2007.

MATYSKA, Luděk, David ANTOŠ, Milan ČEŠKA, Mojmír KŘETÍNSKÝ a Petr HLINĚNÝ. MEMICS 2007: Third Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 1. vyd. Brno: Ing. Zdeněk Novotný CSc., Ondráčkova 105, 62800 Brno, 2007, 290 s. ISBN 978-80-7355-077-6.

ŠUSTR, Zdeněk, Aleš KŘENEK, Martin PETŘEK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Jiří WIESNER, Jiří SITERA, František DVOŘÁK a Luděk MATYSKA. Multiple Ligand Trajectory Docking Study: Semiautomatic Analysis of Molecular Dynamics Simulations Using EGEE gLite Services. In Proceedings of the 16th Euromicro Conference on Parallel, Distributed and Network-based Processing. Toulouse, France: IEEE CPS, 2007, s. 447-454. ISBN 978-0-7695-3089-5.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Nonblocking Distributed Replication of Versioned Files. JOURNAL OF SOFTWARE (JSW). 2007, roč. 2, č. 5, s. 16-23. ISSN 1796-217X.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. On Distribution Certificate Revocation Information in Grids. Brno, 2007. MEMICS 2007. ISBN 978-80-7355-077-6.

KLUSÁČEK, Dalibor, Luděk MATYSKA a Hana RUDOVÁ. Problematika plánování úloh v prostředí Gridu. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. 1. vydání. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, s. 55-59. ISBN 978-80-244-1687-8.

FEIT, Josef, Marta JEŽOVÁ, Mojmír MOULIS, Katarína MÚČKOVÁ, Ondřej SOUČEK, ULMAN a Luděk MATYSKA. Přístup k obrazům o vysokém rozlišení pomocí Internetu. In 15. sjezd českých a slovenských patologů. Ostrava: Ostravská univerzita v Ostravě, 2007, s. 22-22. ISBN 978-80-736-8331-3.

FEIT, Josef, Luděk MATYSKA, Hana JEDLIČKOVÁ, Věra FEITOVÁ a Vladimír ULMAN. Rozhraní virtuálního mikroskopu pro přístup k histologickým obrazům o velmi vysokém rozlišení. In MEDSOFT 2007. Praha: Agentura Action M, 2007, s. 33-37, 4 s. ISBN 978-80-867-4200-7.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. In Cracow'06 Grid Workshop. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 450-458. ISBN 83-915141-7-X.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. CESNET z.s.p.o., 2007, 16 s. 2/2007.

RUDA, Miroslav, Jiří DENEMARK a Luděk MATYSKA. Scheduling Virtual Grids: the Magrathea System. In Second International Workshop on Virtualization Technology in Distributed Computing. USA: ACM digital library, 2007, s. 1-7. ISBN 978-1-59593-897-8.

PROCHÁZKA, Michal, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ, Daniel KOUŘIL a Petr HOLUB. Transparent Security for Collaborative Environments. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 s. ISBN 1-4244-1317-6.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Trusted Distribution and Utilization of Virtual Machines. Austin, TX, USA: IEEE Computer Society, 2007. Grid 2007.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Using CRL Push Delivery for Efficient Certificate Revocation Information Distribution in Grids. CESNET, 2007. Technical report.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. Virtual Classroom with a Time Shift. In Proceedings of the Eigth International Technology Based Higher Education and Training. Kumamoto: Kumamoto Univerzity, 2007, s. 1-8.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. Virtual Classroom with a Time Shift. In Programm and Abstracts of 8th International Conference on Information Technology Based Higher Education and Training. 2007.

ANTOŠ, David, Igor PETERLÍK, Jiří DENEMARK a Luděk MATYSKA. Virtualizace rozsáhlé výpočetní infrastruktury. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z. s. p. o. a Univerzita Palackého Olomouc, 2007, s. 51-54. ISBN 978-80-244-1687-8.

JANKOWSKI, Michał, Paweł WOLNIEWICZ, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER a Luděk MATYSKA. Virtualized Access to the Grid Computational Resources. In Cracow Grid Workshop '06. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 384-391. ISBN 83-915141-7-X.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Zkušenosti s nasazením PKI v distribuovaném prostředí. In Bezpečnostní politika IS. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, s. 33-39. ISBN 978-80-7043-554-0.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA a Paweł WOLNIEWICZ. Best Practices of User Account Management with Virtual Organization Based Access to Grid. Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin/Heidelberg, 2006, roč. 3911, -, s. 633-642. ISSN 0302-9743.

KRAJÍČEK, Ondřej, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jiří SITERA. Capability languages in C-GMA. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. April 2006. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 131-138. ISBN 83-915141-5-3.

KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture. In Proceedings of the Austrian Hungarian Workshop on Parallel and Distributed Systems 2006. 1. vyd. Innsbruck, 2006, s. TO APPEAR, 10 s.

HUTANU, Andrei, Gabrielle ALLEN, Stephen D. BECK, Petr HOLUB, Hartmut KAISER, Archit KULSHRESTHA, Miloš LIŠKA, Jon MACLAREN, Luděk MATYSKA, Ravi PARUCHURI, Steffen PROHASKA, Ed SEIDEL, Brygg ULLMER a Shalini VENKATARAMAN. Distributed and collaborative visualization of large data sets using high-speed networks. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2006, roč. 22, č. 8, s. 1004-1010. ISSN 0167-739X.

HOLUB, Petr, Luděk MATYSKA, Miloš LIŠKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří DENEMARK, Tomáš REBOK, Andrei HUTANU, Ravi PARUCHURI, Jan RADIL a Eva HLADKÁ. High-definition multimedia for multiparty low-latency interactive communication. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2006, roč. 22, č. 8, s. 856-861. ISSN 0167-739X.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. iGrid2005. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006, 6 s. Zpravodaj ÚVT MU, 16, 3, 12-17. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Improving Security in Grids Using the Smart Card Technology. In Proceedings of the IEEE/ACM International Conference on Grid Computing (Grid 2006). Barcelona, Spain: IEEE Computer Society, 2006, s. 303-304. ISBN 1-4244-0344-8.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Kerberos and PKI Cooperation. Ann Arbor, Michigan, USA, 2006. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2006.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. Konference CESNET 2006. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006, 3 s. Zpravodaj ÚVT MU, 16, 4, 8-10. ISSN 1212-0901.

HOLUB, Petr, Luděk MATYSKA, Miloš LIŠKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří DENEMARK a Tomáš REBOK. Low-Latency HD Videoconferencing System with Reflector-Based Multipoint Data Distribution. 2006.

MATYSKA, Luděk a Daniel KOUŘIL. MyProxy and EGEE. Washington, USA, 2006. GridWorld 2006.

MATYSKA, Luděk, Antonín KUČERA, Tomáš VOJNAR, Zdeněk KOTÁSEK, David ANTOŠ a Ondřej KRAJÍČEK. Proceedings of the Second Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2006). Mikulov: FIT BUT, 2006, 281 s. Proceedings. ISBN 80-214-3287-X.

HRTOŇOVÁ, Nina, Anna VÁŇOVÁ a Luděk MATYSKA. Projekt e-learning 2006 - pilotní kurzy. 2006, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, XVI, 4, 12-15. ISSN 1212-0901.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA a Paweł WOLNIEWICZ. User Management for Virtual Organizations. In CoreGRID Integration Workshop. EU: CoreGRID, 2006.

JANKOWSKI, Michał, Paweł WOLNIEWICZ, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER a Luděk MATYSKA. Virtual Environments -- Framework for Virtualized Resource Access in the Grid. In CoreGRID Workshop on Grid Middleware. 2006, 11 s.

JANKOWSKI, Michał, Paweł WOLNIEWICZ, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER a Luděk MATYSKA. Virtualized Access to the Grid Computational Resources. 2006.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL a Luděk MATYSKA. VOCE - Central European Production Grid Service. Geneve, Switzerland: EGEE User Forum, 2006. Poster session.

CHUDOBA, Jiří, Lukáš FIALA, Jan KMUNÍČEK, Jiří KOSINA, Daniel KOUŘIL, Miloš LOKAJÍČEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jan ŠVEC. VOCE---A Grid Environment for Central Europe. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 322-328. ISBN 83-915141-5-3.

KOUŘIL, Daniel a Luděk MATYSKA. Bezpečnostní infrastruktura METACentra. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2005, s. 117-125, 8 s. ISBN 80-244-1035-4.

SITERA, Jiří, Luděk MATYSKA, Aleš KŘENEK, Miroslav RUDA, Michal VOCŮ, Zdeněk SALVET a Miloš MULAČ. Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture. In Proc. Cracow Grid Workshop'04. Krakow, Polsko: Academic Computing Centre CYFRONET AGH, 2005, s. 176-183. ISBN 83-9151414-4-5.

MATYSKA, Luděk. Členství v radě programu AV ČR Informační společnost. Akademie věd ČR, 2005.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distribuované Datové Sklady. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2005, s. 168-175. ISBN 80-244-1035-4.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. Distribuované datové sklady a protokol IBP. Praha: DCD Publishing s.r.o., 2005, 7 s. Professional Computing, 2005/9, 15-21. ISSN 1214-5335.

MATYSKA, Luděk. EGEE JRA1 meeting. 2005.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. Mobilita napříč sítěmi. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 15, 4, 13-16. ISSN 1212-0901.

FIBICH, Pavel, Luděk MATYSKA a Hana RUDOVÁ. Model of Grid Scheduling Problem. In Exploring Planning and Scheduling for Web Services, Grid and Autonomic Computing. Menlo Park, California, USA: AAAI Press, 2005, s. 17-24. ISBN 1-57735-239-4.

FEIT, Josef, Věra FEITOVA, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ a Markéta HERMANOVÁ. Multimedia Documents in Teaching Pathology. Technology and Health Care. Amsterdam (The Netherlands): IOS Press, 2005, roč. 13, č. 5, s. 388-388. ISSN 0928-7329.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. Scalability and Robustness of Virtual Multicast for Synchronous Multimedia Distribution. In Pascal Lorenz, Petre Dini. Lecture Notes in Computer Science 3421. Germany: Springer Berlin / Heidelberg, 2005, s. 876-883. ISBN 978-3-540-25338-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-31957-3_99.

KOUŘIL, Daniel a Luděk MATYSKA. The VOCE (VO Central Europe) Environment. Budapest, 2005.

CECCANTI, Andrea, Ondřej KRAJÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, Italy, 2005, s. 237-246.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER, Paweł WOLNIEWICZ a Michał JANKOWSKI. User Management for Virtual Organizations. EU: CoreGRID, 2005. TR-0012.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. DiDaS/LoCI Infrastructure for Distributed Video Processing. In Internet2 Fall Member Meeting 2004, Austin, Texas, USA. 2004.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Luděk MATYSKA. Distribuované Datové Sklady. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 15, 2, 1-5. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL a Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 s.

HOLUB, Petr, Martin KUBA, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Grid Infrastructure Monitoring as Reliable Information Service. In Grid Computing, Second European AcrossGrids Conference, AxGrids 2004, Lecture Notes in Computer Science 3165. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2004, s. 220-229. ISBN 3-540-22888-8.

MATYSKA, Luděk. International Conference on High Performance Computing. 2004.

HLADKÁ, Eva, Miloš LIŠKA a Luděk MATYSKA. Multimedia Support for Individualized Learning. In Proceedings of the Fifth International Conference on Information Technology Based Higher Education and Training. Istambul, Turkey: IEEE Catalog Number 04EX898, 2004, s. 4-9. ISBN 0-7803-8596-9.

ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE a G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 s.

MATYSKA, Luděk. Rada programu Informační společnost. GA AV ČR, 2004.

MATYSKA, Luděk. 2nd European Across Grids Conference. 2004.

MATYSKA, Luděk. 5th Austrian-Hungarian Workshop on Distributed and Parallel Systems. 2004.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. Aplikace nad vysokorychlostními sítěmi. Praha: Vogel Publishing, 2003, 3 s. 3, 3, 26-28. ISSN 1212-6780.

KŘENEK, Aleš, Igor PETERLÍK a Luděk MATYSKA. Building 3D State Spaces of Virtual Environments with a TDS-based Algorithm. In Recent Advances in Parallel Virtual Machine and Message Passing Interface. Berlin: Springer-Verlag, 2003, s. 529-536. ISBN 3-540-20149-1.

MATYSKA, Luděk, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. Jak přednášet na dálku aneb virtuální přednáška v Koreji. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2003, 3 s. Zpravodaj ÚVT MU, 14, 1, 6-8. ISSN 1212-0901.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. Active Networks and high speed content delivery. In Proceedings of the 7th International Conference of European University Information Systems. Berlin: Humboldt-University, 2001, s. 295-298.

MATYSKA, Luděk. GRIDy -- nové aplikace nad sítí. In Sborník konference RUFIS 2001. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2001, s. 89-98. ISBN 80-7082-783-1.

KŘENEK, Aleš a Luděk MATYSKA. Haptic Rendering of Molecular Properties. Francie: ERCIM, 2001. ERCIM News, 44. ISBN 0926-4981.

MATYSKA, Luděk, Michal VOCŮ a Aleš KŘENEK. MetaCenter -- Building a Virtual Supercomputer. Francie: ERCIM, 2001. ERCIM News, 45. ISBN 0926-4981.

MATYSKA, Luděk a Eva HLADKÁ. Mobile Computing. In Proceedings of the 7th International Conference of European University Information Systems. Berlin: Humboldt-University, 2001, s. 214-218.

MATYSKA, Luděk a Eva HLADKÁ. Mobilita v malém. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2001, roč. 11, č. 5, s. 1-4. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk a Eva HLADKÁ. Mobilní počítání. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2001, roč. 11, č. 4, s. 1-2. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Conformational Analysis as a Testbed for MetaComputer. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, s. 279-564. ISBN 83-913639-0-2.

RUDOVÁ, Hana a Luděk MATYSKA. Constraint-based Timetabling with Student Schedules. In PATAT 2000 - Proceedings of the international conference on the Practice And Theory of Automated Timetabling. Constance (Germany), 2000, s. 109-123. ISBN 3-00-003866-3.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Security Infrastructure ot the MetaCenter. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, s. 419-844. ISBN 83-913639-0-2.

FEIT, Josef a Luděk MATYSKA. Hypertext Atlas for Pathology Education. In Towards the Millenium of Cybermedicine, MEDNET'99 Abstracts Book. Birmingham/Heidelberg: University of Birmingham, 1999, s. 47. ETRP 10. ISBN 1463-9394.

MATYSKA, Luděk. Práva a povinnosti uživatelů informačních technologií na MU. In Sborník příspěvků RUFIS'99. Brno: VUT Brno, 1999, s. 99-108. ISBN 80-214-1379-4.

GRUNTORÁD, Jan a Luděk MATYSKA. Univerzitní síťová infrastruktura v ČR dnes i zítra. Ed. Karel Květoň, Vladimír Kovačič. In Sborník příspěvků RUFIS99. první. Liberec, ČR: Technická univerzita v Liberci, 1998, s. 36-46. ISBN 80-7083-303-3.

MATYSKA, Luděk. Výkonné výpočty, vědecká spolupráce a další služby vysokorychlostních sítí. Ed. Karel Květoň, Vladimír Kovačič. In Sborník příspěvků RUFIS99. první. Liberec, ČR: Technická univerzita v Liberci, 1998, s. 57-64. ISBN 80-7083-303-3.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Meta Computing - New Direction in High Performance Computing. In ITAB´97. Praha: IEEE EMB, 1997, s. 106. ISBN 0-7803-4318-2.

MATYSKA, Luděk a Eva HLADKÁ. MetaCenter -- A Distributed Computing Center of the Future? In Proc. EUNIS. Grenoble, 1997, s. 259-523.

MATYSKA, Luděk. High Perfomance Computing. In Proc. SOFSEM´96. Berlín: Springer-Verlag, 1996, s. 197-216. 1175. ISBN 3-540-61994-1.

MATYSKA, Luděk a Hynek BUREŠ. Constraint Logic Programming Language with Extensional Fuzzy Sets. In SOFSEM´95. Berlín: Springer-Verlag, 1995, s. 413-419. LNCS-1012. ISBN 3-540-60609-2.

MATYSKA, Luděk a J. KOČA. D-CICADA - a software for confomational PES Elucidation on network of workstations. Journal of computational chemistry. New York: John Wiley & Sons, 1994, roč. 1994, č. 15, s. 937-946. ISSN 0192-8651.

MATYSKA, Luděk a Jaroslav KOČA. D-CICADA, a Software for Conformational PES Elucidation on Network of Workstations. Journal of computational chemistry : organic, inorganic, physical, biological. New York: John Wiley & Sons, 1994, roč. 1994, č. 1, s. 937-946. ISSN 0192-8651.

MATYSKA, Luděk a J. KOČA. Distributed CICADA - a case study of a parallelization of computational chemistry software for the distributed computing environment. In Proceedings ECCC1. Nancy: ECCC1, 1994, s. 73-87. ISBN 1-56396-457-0.

MATYSKA, Luděk a Milan KRATOCHVÍL. Logická struktura chemie. Brno: Masarykova univerzita Brno, 1994, 238 s. ISBN 80-210-0894-6.

MATYSKA, Luděk. Constraint Logic Programming. In Proc. SOFSEM 93. 1993, s. 133-164.

HLADKÁ, Eva, Jaroslav KOČA, Milan KRATOCHVÍL, Vladimír KVASNIČKA, Luděk MATYSKA, Jiří POSPÍCHAL a Vladimir POTUCEK. Synthon Model and Program PEGAS for Computer Assisted Organic Synthesis. Heidelberg: Springer-Verlag, 1993, 320 s. Computer Chemistry, Topics in Current Chemistry. ISBN 3-540-55902-7.

MATYSKA, Luděk a Jaroslav KOČA. MAPOS - A Computer Program for Organic Synthesis Design Based on the Synthon Model of Organic Chemistry. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, Volume 31, Number 3, August 1991. 1991, s. 380-386.

MATYSKA, Luděk, A. JERGOVÁ a D. TOMAN. Register Allocation in WAM. In Proceedings of the Eigth International Conference, Paris, France, June 24-28, 1991. MIT. Koichi Furukawa (Ed.):Logic Programming, 1991, s. 142-156.

KVASNIČKA, Vladimír, Jiří POSPÍCHAL, Jaroslav KOČA, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. Chemické metriky jako prostředek kvantifikace molekul. Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 1990, roč. 84, s. 449-467. ISSN 0009-2770.

KVASNIČKA, Vladimír, J. POSPÍCHAL, Jaroslav KOČA, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. Chemické metriky jako prostředek kvantifikace podobnosti molekul. Chemické Listy. Praha: Česká společnost chemická, 1990, roč. 84, s. 449-467. ISSN 0009-2770.

MATYSKA, Luděk a D. TOMAN. Implementace kompilátoru Prologu. In Proc. Překladače programovacích jazyků. Praha, 1990, s. 81-104.

MATYSKA, Luděk. Selected Problems from the Implementation of an Optimized Portable Compiler for Extended Prolog. In TFKIP 89, INORGA Praha. 1990, s. 219-228.

MATYSKA, Luděk. Constraint Logic Programming. In Proc. LOP 89. Ruprechtov, 1989, s. 16-20.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ, Jiří POSPÍCHAL, Jaroslav KOČA, Milan KRATOCHVÍL a Vladimír KVASNIČKA. Chemie v grafech. Brno: Lachema, s. p. Brno, 1989, 154 s.

MATYSKA, Luděk a David TOMAN. Implementační techniky Prologu. In Proc. SOFSEM 89. Ždiar, 1989, s. 141-162.

MATYSKA, Luděk a David TOMAN. Implementační techniky Prologu. In Proc. SOFSEM 89. 1989, s. 141-162.

MATYSKA, Luděk a David TOMAN. Prolog Implementation for the Artificial Inteligence Application. In Proc. AI 89. Praha, 1989, s. 191-198.

KOČA, Jaroslav, Milan KRATOCHVÍL, Vladimír KVASNIČKA, Luděk MATYSKA a J. POSPÍCHAL. Systhon Model of Organic Chemistry and Synthesis Design. Springer Verlag, Berlin. 1989.

MATYSKA, Luděk. Fast Algorithm for Ring Perception. Journal Computational Chemistry. 1988, č. 9, s. 455-459.

MATYSKA, Luděk a D. TOMAN. Prolog and WAM - A Case Study of an Implementation. In Proc. Workshop on Logic Programming LOP'88. Lipovec, 1988, s. 65-87.

HLADKÁ, Eva a Luděk MATYSKA. Topologické indexy. Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 1988, roč. 82, s. 1009-1029, 20 s. ISSN 0009-2770.

MATYSKA, Luděk, Jaroslav KOČA, Milan KRATOCHVÍL, Vladimír KVASNIČKA a J. ŠIMEČEK. Mathematical Model of Valence Electron Reorganisation during Chemical Reaction. In Proc. abstrac. VI. ICOS. Moscow (USSR), 1986, s. 125.

MATYSKA, Luděk a J. KOVÁŘ. Comparison of Several Nonlinear Regression Methods for Fitting the Michaelis-Meneten Equation. Biochem J. 1985, č. 231, s. 171-177, 8 s.