Výpis publikací

KOKKONEN, Piia Pauliina; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Lukáš DANIEL; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. In Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids. Cham: Springer, 2019, s. 367-387. 1. ISBN 978-3-319-50417-9. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-50418-6_15.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Lukáš DANIEL; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. Online. In Rojo, Fernando. HANDBOOK OF HYDROCARBON AND LIPID MICROBIOLOGY SERIES. AEROBIC UTILIZATION OF HYDROCARBONS, OILS, AND LIPIDS. Heidelberg: Springer, Cham, 2017, s. 1-21. ISBN 978-3-319-50419-3. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-39782-5.

LIŠKOVÁ, Veronika; David BEDNÁŘ; T. PRUDNIKOVA; P. REZACOVA; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; I., KUTA- SMATANOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels. ChemCatChem. 2015, roč. 7, č. 4, s. 648-659. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cctc.201402792.

SYKORA, J.; Jan BREZOVSKÝ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; M. LAHODA; Andrea FOŘTOVÁ; T. CHERNOVETS; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Zbyněk PROKOP; I. KUTA SMATANOVA; M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Dynamics and Hydration Explain Failed Functional Transformation in Dehalogenase Design. Nature Chemical Biology. 2014, roč. 10, č. 6, s. 428-430. ISSN 1552-4450.

CHALOUPKOVÁ, Radka; T. PRUDNIKOVA; P. REZACOVA; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Lukáš DANIEL; Jan BREZOVSKÝ; W. IKEDA-OHTSUBO; Y. SATO; M. KUTY; Y. NAGATA; I. KUTA SMATANOVA a Jiří DAMBORSKÝ. Structural and Functional Analysis of a Novel Haloalkane Dehalogenase with Two Halide-Binding Sites. Acta Crystallographica D. 2014, roč. 70, July, s. 1884-1897. ISSN 0907-4449. Dostupné z: https://doi.org/10.1107/S1399004714009018.

FOŘTOVÁ, Andrea; Eva ŠEBESTOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Lenka PÁLKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Radka CHALOUPKOVÁ. DspA from Strongylocentrotus purpuratus: the First Biochemically Characterized Haloalkane Dehalogenase of Non-Microbial Origin. Biochimie. Elsevier, 2013, roč. 95, č. 11, s. 2091-2096. ISSN 0300-9084. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biochi.2013.07.025.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Eva ŠEBESTOVÁ; M. HESSELER; M. KHABIRI; M. PLEVAKA; D. KULIK; I. KUTA SMATANOVA; P. REZACOVA; R. ETTRICH; U.T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel. Angewandte Chemie International Edition. Verlag Chemie, 2013, roč. 52, č. 7, s. 1959-1963. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201206708.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Šárka BIDMANOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Antonín PAVELKA; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications. Biotechnology Journal. HOBOKEN: WILEY-BLACKWELL, 2013, roč. 8, č. 1, s. 32-45, 15 s. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.201100486.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ a Artur Wiktor GORA. Method of Thermostabilization of a Protein And/or Stabilization Towards Organic Solvents. 2013. Patent. Číslo: US 8,580,932. Vydavatel: USTPO (Úřad pro patenty a ochranné známky USA). Název vlastníka: MU. Datum registrace: 5. 9. 2012. Datum přijetí: 12. 11. 2013.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Šárka BIDMANOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Strategies for Stabilization and Activation of Biocatalysts in Organic Solvents. ACS Catalysis. 2013, roč. 3, č. 12, s. 2823-2836. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/cs400684x.

DRIENOVSKÁ, Ivana; Eva CHOVANCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Radka CHALOUPKOVÁ. Biochemical Characterization of a Novel Haloalkane Dehalogenase from a Cold-Adapted Bacterium. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. 2012, roč. 78, č. 14, s. 4995-4998. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.00485-12.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA57. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA61. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA63. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA80. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA82. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA85. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA88. 2012.

HASAN, Khomaini; Andrea FOŘTOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; M. ISHITSUKA; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Biochemical Characteristics of the Novel Haloalkane Dehalogenase DatA Isolated from the Plant Pathogen Agrobacterium tumefaciens C58. Applied and Environmental Microbiology. 2011, roč. 77, č. 5, s. 1881-1884. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.02109-10.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Marta MONINCOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Jiří JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Substrate Specificity of Haloalkane Dehalogenases. Biochemical Journal. 2011, roč. 435, č. 435, s. 345-354. ISSN 0264-6021. Dostupné z: https://doi.org/10.1042/BJ20101405.

STSIAPANAVA, Alena; J. DOHNÁLEK; J. GAVIRA; Michal KUTÝ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ. Atomic resolution studies of haloalkane dehalogenases DhaA04, DhaA14 and DhaA15 with engineered access tunnels. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA D. International Union of Crystallography, 2010, roč. 66, č. 66, s. 962-969. ISSN 0907-4449.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Jan BREZOVSKÝ; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Ryo NATSUME; J.G.E LEEUWEN; D.B. JANSSEN; Jan FLORIAN; Yuji NAGATA; Toshiya SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering. In Trends in Enzymology. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Jan BREZOVSKÝ; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Rio NATSUME; J.G.E. LEEWEN; D,B. JANSSEN; J. FLORIAN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering. Angewandte Chemie International Edition. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinhe, 2010, roč. 49, č. 35, s. 6111-6115. ISSN 1433-7851.

PROKOP, Zbyněk; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Martin KLVAŇA; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Tomáš MOZGA; Antonín PAVELKA; Pavel DVOŘÁK; Monika STRAKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Biocatalysts by Modification of Access Tunnels. In Novel Enzymes. 2010.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Antonín PAVELKA a Pavel DVOŘÁK. Engineering of Enzymes by Modification of Access Tunnels. In GEM 2010. 2010.

HASAN, Khomaini; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Haloalkane dehalogenase from Agrobacterium tumefaciens C58 with new halide-stabilising residues and unique kinetics. In Trends in Enzymology. 2010.

HASAN, Khomaini; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Kinetics and enantioselectivity of haloalkane dehalogenase from Agrobacterium tumefaciens c58. In XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2010.

LAHODA, M.; A. STSIAPANAVA; J. MESTERS; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ. Structural analysis of DhaA12 mutant of the haloalkane dehalogenase from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064,. In International School of Crystallography. 2010.

DAMBORSKÝ, Jiří; Táňa KOUDELÁKOVÁ a Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ. Structure and activity of haloalkane dehalogenases in organic co-solvents. In , Gordon Research Conference. 2010.

JESENSKÁ, Andrea; Marta MONINCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Khomaini HASAN; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Z. GEERLOF a Jiří DAMBORSKÝ. Characterization of Haloalkane Dehalogenases DrbA and DmbC: Representatives of Novel Subfamily. Applied and Environmental Microbilogy. 2009, roč. 75, č. 15, s. 5157-5160. ISSN 0099-2240.

KLVAŇA, Martin; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Zbyněk PROKOP; A. STSIAPANAVA; Michal KUTÝ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; J. DOHNÁLEK; Petr KULHÁNEK; R. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 2009, roč. 2009, č. 00, s. 0000-0000, 10 s. ISSN 0022-2836.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Martina PAVLOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Tomáš MOZGA; Andrea FOŘTOVÁ; Khomaini HASAN; Pavel DVOŘÁK; J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase. 2009.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Eva CHOVANCOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Tomáš MOZGA; Andrea FOŘTOVÁ; Khomaini HASAN; Pavel DVOŘÁK; J. JARKOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Analysis of Substrate Specificities of Wild-type Haloalkane Dehalogenases and their Mutants by Multivariate Statistics. 2008.

STSIASPANAVA, A.; Táňa KOUDELÁKOVÁ; M. LAPKOUSKI; Martina PAVLOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ. Crystallization and preliminary diffraction analysis of Rhodococcus rhodocrous NCIMB 13064 DhaA mutants. 2008.

STSIASPANAVA, A.; Táňa KOUDELÁKOVÁ; M. LAPKOUSKI; Martina PAVLOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ. Crystals of DhaA Mutants from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 Diffracted to Ultrahigh Resolution: Crystallization and Preliminary Diffraction Analysis. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography. 2008, F, č. 64, s. 137-140. ISSN 1744-3091.

HASAN, Khomaini; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Characterization of Haloalkane Dehalogenase DmbC from Mycobacterium tubercul.sis H37Rv,. 2008.

PROKOP, Zbyněk; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Martin KLVAŇA; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Inženýrství stereoselektivity enzymů pro aplikace biokatalýzy. 2008.

BREZOVSKÝ, Jan; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; J. FLORIÁN; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Rio NATSUME; D.B. JANSSEN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Modulation of Enantioselectivity in Haloalkane Dehalogenase DbjA by Engineering of a Surface Loop. 2008.

KLVAŇA, Martin; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Alena STSIAPANAVA; Michal KUTÝ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; J. DOHNÁLEK; Petr KULHÁNEK; R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Exit and Water Exchange in Engineered Haloalkane Dehalogenase DhaA Exploredusing Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. 2008.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Tomáš MOZGA; Yukari SATO; Táňa KOUDELÁKOVÁ; D.B. JANSSEN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Thermodynamic Analysis of Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenase DbjA and its Variants DbjA and DbjA+H139A towards Brominated Esters and substituted Bromoalkanes. 2008.

STIAPANAVA, A.; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Lucie GRODECKÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Iva KUTÁ-SMATANOVÁ. Crystallization study of three mutant haloalkane dehalogenases derived from dehalogenase DhaA of Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064. 2007.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Lucie GRODECKÁ; T. SENDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Změna enantioselektivity a substrátové specifity haloalkan dehalogenázy proteinovým inženýrstvím. 2007.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Lucie GRODECKÁ; Yukari SATO; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enantioselective enzyme by cumulative mutagenesis. 2006.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Yukari SATO; Zbyněk PROKOP; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Enantioselective Haloalkane Dehalogenase by Cumulative Mutagenesis. 2006.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Marta MONINCOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Lucie GRODECKÁ; T. SENDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Haloalkane Dehalogenase DhaA from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 Towards Higher Enantioselectivity. 2006.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Tomáš MOZGA; Petr JEŘÁBEK; Yukari SATO; Yuji NAGATA a T. SENDA. Natural and Engineered Enantioselective Haloalkane Dehalogenases. 2006.

HERMANOVÁ, Markéta; Táňa CHROBÁKOVÁ; Lenka FAJKUSOVÁ; Iva KROUPOVÁ; Petr VONDRÁČEK; Leoš KŘEN; Radim MAZANEC; Josef ZÁMEČNÍK; Josef STANĚK a Miluše HAVLOVÁ. Molekulárně patologická a genetická diagnostika pletencové svalové dystrofie LGMD2A: prezentace prvních případů diagnostikovaných v České republice. Česká a slovenská neurologie a neurochirurgie. Praha: ČLS JEP, 2004, roč. 67, č. 6, s. 415-422. ISSN 1210-7859.

CHROBÁKOVÁ, Táňa; Markéta HERMANOVÁ; Iva KROUPOVÁ; Petr VONDRÁČEK; Taťána MAŘÍKOVÁ; Radim MAZANEC; Josef ZÁMEČNÍK; Jan STANĚK; Miluše HAVLOVÁ a Lenka FAJKUSOVÁ. Mutations in Czech LGMD2A patients revealed by analysis of calpain3 mRNA and their phenotypic outcome. Neuromuscular Disorders. United States: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2004, roč. 14, č. 10, s. 659-665. ISSN 0960-8966.