Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2020

    1. Regionalized tissue fluidization is required for epithelial gap closure during insect gastrulation
      JAIN, Akanksha, Vladimír ULMAN, Argo MUKHERJEE, Mangal PRAKASH, Lokesh PIMPALE, Stefan MÜNSTER, Panfilio KRISTEN, Florian JUG, Stephan GRILL, Pavel TOMANCAK a Anastasios PAVLOPOULOS. Regionalized tissue fluidization is required for epithelial gap closure during insect gastrulation. Online. Nature Communications. Springer, 2020, roč. 11, s. 1-13. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-19356-x.
      Publisher web page
      angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 17. 11. 2020 18:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686860/cs

    2019

    1. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid
      HANDBERG-THORSAGER, Mette, Vladimír ULMAN, Pavel TOMANČÁK, D. ARENDT a M. SCHUBERT. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid. In Swapan K. Ray. Retinoid and Rexinoid Signaling. Springer, 2019, s. 193-207. ISBN 978-1-4939-9584-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9585-1_14.
      angličtina. Německo.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 24. 10. 2020 23:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686859/cs

    2018

    1. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2018, roč. 37, č. 1, s. 173-184. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2017.2734169.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100697 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Elasticity; Deformable models; Mathematical model; Microscopy; Dynamics; Image sequences; Image registration; Biomedical image analysis; microscopy; image sequence analysis; registration; elasticity; contour-based registration
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1367390/cs

    2017

    1. An objective comparison of cell-tracking algorithms
      ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473.
      URL
      Název česky: Objektivní porovnání algoritmů pro sledování buněk
      Název anglicky: An objective comparison of cell-tracking algorithms
      RIV/00216224:14330/17:00095272 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Ronneberger, Olaf (276 Německo) -- Haubold, Carsten (276 Německo) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Radojevic, Miroslav (528 Nizozemské království) -- Smal, Ihor (528 Nizozemské království) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (752 Švédsko) -- Dzyubachyk, Oleh (528 Nizozemské království) -- Lelieveldt, Boudewijn (528 Nizozemské království) -- Xiao, Pengdong (156 Čína) -- Li, Yuexiang (156 Čína) -- Cho, Siu-Yeung (156 Čína) -- Dufour, Alexandre C (250 Francie) -- Olivo-Marin, Jean-Christophe (250 Francie) -- Reyes-Aldasoro, Constantino C (724 Španělsko) -- Solis-Lemus, Jose A (724 Španělsko) -- Bensch, Robert (276 Německo) -- Brox, Thomas (276 Německo) -- Stegmaier, Johannes (276 Německo) -- Mikut, Ralf (276 Německo) -- Wolf, Steffen (276 Německo) -- Hamprecht, Fred A (276 Německo) -- Esteves, Tiago (620 Portugalsko) -- Quelhas, Pedro (620 Portugalsko) -- Demirel, Ömer (756 Švýcarsko) -- Malmström, Lars (752 Švédsko) -- Jug, Florian (276 Německo) -- Tomancak, Pavel (276 Německo) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell migration; Image processing
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399989/cs
    2. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images
      ANOSHINA, Nadezhda A., Andrey S. KRYLOV a Dmitry SOROKIN. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images. Online. In Seventh International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA), 2017. Montreal: IEEE, 2017, s. 1-6. ISBN 978-1-5386-1842-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPTA.2017.8310125.
      RIV/00216224:14330/17:00102166 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Anoshina, Nadezhda A. (643 Rusko) -- Krylov, Andrey S. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image registration; cryo-electron microscopy; cryo-EM particle alignment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2019 06:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401861/cs
    3. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2017, roč. 36, č. 1, s. 310-321. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2016.2606545.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094555 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Molecular and cellular imaging; Microscopy; Cell; Image synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 11:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1354015/cs
    4. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA a Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia. Online. In 14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Melbourne: IEEE, 2017, s. 822-826. ISBN 978-1-5090-1172-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2017.7950644.
      URL
      Název anglicky: Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      RIV/00216224:14330/17:00094698 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; 3D time-lapse sequence; synthetic cell; cell deformation; filopodium evolution
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2018 11:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376851/cs

    2016

    1. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections
      FRANEK, Michal, Jana SUCHÁNKOVÁ, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Jana KREJČÍ, Soňa LEGARTOVÁ, Stanislav KOZUBEK, J VEČEŘA, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2016, roč. 22, č. 2, s. 326-341. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927616000052.
      URL
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: Live-cell studies; microscopy; fluorescent proteins; chromatin; tissue sections
      Změnila: Mgr. Jana Suchánková, Ph.D., učo 323947. Změněno: 27. 7. 2016 15:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350497/cs
    2. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      KONDRAT'EV, Alexandr a Dmitry SOROKIN. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints. Online. In IEEE 23rd International Conference on Pattern Recognition (ICPR). Not specified: IEEE, 2016, s. 326-331. ISBN 978-1-5090-4846-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2016.7899655.
      Název anglicky: Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      RIV/00216224:14330/16:00088097 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kondrat'ev, Alexandr (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biological image and signal analysis; Biologically motivated vision; Segmentation features and descriptors
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 8. 2024 17:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352254/cs
    3. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      LEGARTOVÁ, Soňa, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Barbora MALYŠKOVÁ, Thomas KÜNTZIGER, Philippe COLLAS, Dušan CMARKO, Ivan RAŠKA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells. Journal of Cellular Biochemistry [IF=2.778 (1990)]. Wiley-Liss, 2016, roč. 117, č. 11, s. 2583-2596. ISSN 0730-2312. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jcb.25551.
      Název anglicky: Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      RIV/00216224:14330/16:00087865 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Řezníčková-Podloučková, Petra (203 Česká republika) -- Malyšková, Barbora (203 Česká republika) -- Küntziger, Thomas (578 Norsko) -- Collas, Philippe (578 Norsko) -- Cmarko, Dušan (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA REPAIR; 53BP1 PROTEIN; PML BODIES; HISTONE MODIFICATIONS; MICROSCOPY; PHOTOBLEACHING
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1340931/cs
    4. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      MUSINOVA, Yana R., Olga M. LISITSYNA, Dmitry SOROKIN, Eugene A. ARIFULIN, Tatiana A. SMIRNOVA, Roman A. ZINOVKIN, Daria M. POTASHNIKOVA, Yegor S. VASSETZKY a Eugene V. SHEVAL. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies. Journal of Cell Science. The Company of Biologists Ltd., 2016, roč. 129, č. 24, s. 4509-4520. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.189142.
      Název anglicky: RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      RIV/00216224:14330/16:00087720 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musinova, Yana R. (643 Rusko) -- Lisitsyna, Olga M. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Arifulin, Eugene A. (643 Rusko) -- Smirnova, Tatiana A. (643 Rusko) -- Zinovkin, Roman A. (643 Rusko) -- Potashnikova, Daria M. (643 Rusko) -- Vassetzky, Yegor S. (643 Rusko) -- Sheval, Eugene V. (643 Rusko)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear bodies; Nucleolus; Interphase prenucleolar body; pre-rRNA; B23; NPM1; Self-organization
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232676/cs
    5. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ a Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, s. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00087993 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Kováč, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Synthetic image formation; Vascular network; Cellular Potts model; Angiogenesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 12. 2. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348198/cs
    6. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry
      ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK a Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2016, roč. 89A, č. 12, s. 1057-1072. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23031.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00088328 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Nykter, Matti (246 Finsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ruusuvuori, Pekka (246 Finsko)
      Klíčová slova anglicky: cell imaging; virtual imaging; simulation; digital cell; cell model; digital phantom; ground truth; validation; image cytometry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 11. 10. 2021 12:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360376/cs

    2015

    1. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      SOROKIN, Dmitry, Lenka STIXOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Pavel ŠIMARA, Stanislav KOZUBEK, Pavel MATULA, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Ivan RAŠKA a Eva BÁRTOVÁ. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle. Nucleus. 2015, roč. 6, č. 4, s. 301-313. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/19491034.2015.1075111.
      Název anglicky: Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      RIV/00216224:14330/15:00080738 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage; live cells; nucleolus; uncleoli tracking; UBF1
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 13:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232675/cs
    2. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN a Igor PETERLÍK. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy. In Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Stoughton (WI, USA): Engineering in Medicine and Biology Society, 2015, s. 712-716. ISBN 978-1-4799-2374-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2015.7163972.
      RIV/00216224:14330/15:00080650 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Synthetic cell; Chromatin structure; Nucleus deformation; Linear elasticity; FEM
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 16. 7. 2019 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1218636/cs
    3. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells
      ULMAN, Vladimír, Zoltán ORÉMUŠ a David SVOBODA. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells. In Vittorio Murino, Enrico Puppo, Gianni Vernazza. Proceedings of 18th International Conference on Image Analysis and Processing. Heidelberg, Německo: Springer International Publishing, 2015, s. 623-634. ISBN 978-3-319-23230-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23231-7_56.
      Název česky: TRAgen: nástroj pro generování syntetických časosběrných obrazových sekvencí živých buněk
      RIV/00216224:14330/15:00080843 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Orémuš, Zoltán (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical images; Simulations; Evaluation; Cell Tracking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 4. 2017 16:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300779/cs

    2014

    1. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms
      MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073448 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Urbiola, Ainhoa (724 Španělsko) -- España, Tomás (724 Španělsko) -- Venkatesan, Subramanian (356 Indie) -- Balak, Deepak M W (356 Indie) -- Karas, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bolcková, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Štreitová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Carthel, Craig (840 Spojené státy) -- Coraluppi, Stefano (840 Spojené státy) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Dzyubachyk, Oleh (804 Ukrajina) -- Křížek, Pavel (203 Česká republika) -- Hagen, Guy M (528 Nizozemské království) -- Pastor-Escuredo, David (724 Španělsko) -- Jimenez-Carretero, Daniel (724 Španělsko) -- Ledesma-Carbayo, Maria J (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cell tracking; fluorescence microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139064/cs
    2. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies
      BÁRTOVÁ, Eva, Veronika FOLTÁNKOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Dmitry SOROKIN, Jana SUCHÁNKOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies. Nucleus. Landes Bioscience, 2014, roč. 5, č. 3, s. 269-277. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4161/nucl.29229.
      RIV/00216224:14330/14:00073626 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA repair; chromatin; nucleus; nucleolus; Cajal bodies; coilin
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 03:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1182653/cs
    3. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs
      STIXOVÁ, Lenka, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Tereza HRUŠKOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Dmitry SOROKIN, Pavel MATULA, Ivan RAŠKA, Aleš KOVAŘÍK, Jaroslav FULNEČEK a Eva BÁRTOVÁ. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs. Epigenetics & Chromatin. BioMed Central, 2014, roč. 7, č. 39, s. 1-17. ISSN 1756-8935. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1756-8935-7-39.
      Název anglicky: HP1B-dependent recruitment of UBF1 to 3 irradiated chromatin occurs simultaneously with 4 CPDs
      RIV/00216224:14330/14:00074061 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Hrušková, Tereza (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Kovařík, Aleš (203 Česká republika) -- Fulneček, Jaroslav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA-damage response; DNA repair; Irradiation; Live-cell studies; Nucleolus; UBF1
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 28. 4. 2015 13:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1205176/cs
    4. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION
      SOROKIN, Dmitry, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: Nano to Macro. Beijing: IEEE, 2014, s. 746-749. ISBN 978-1-4673-1959-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2014.6867978.
      RIV/00216224:14330/14:00073449 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical image analysis; Image sequence analysis; Contour-based registration
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 2. 2018 06:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139066/cs
    5. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Luděk MATYSKA, Martin MAŠKA, Ján BELLA a Stanislav STEJSKAL. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy. In 2014 IEEE International Conference on Image Processing. Neuveden: IEEE Signal Processing Society, 2014, s. 3944-3948. ISBN 978-1-4799-5750-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2014.7025801.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073637 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bella, Ján (703 Slovensko, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Biomedical imaging; Fluorescence microscopy; Photobleaching; Uneven illumination
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 3. 5. 2016 10:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1183286/cs
    6. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage
      SUCHÁNKOVÁ, Jana, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Sergio VALENTE, Donatella LABELLA, Antonello MAI, Carmen ECKERICH, Frank O. FACKELMAYER, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage. European Journal of Histochemistry. Pavia, Italy: PAGEPress, 2014, roč. 58, č. 2, s. 139-151. ISSN 1121-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4081/ejh.2014.2389.
      RIV/00216224:14330/14:00073586 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Itálie.
      Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Valente, Sergio (380 Itálie) -- Labella, Donatella (380 Itálie) -- Mai, Antonello (380 Itálie) -- Eckerich, Carmen (300 Řecko) -- Fackelmayer, Frank O. (300 Řecko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Epigenetics; PRMTs; epi-drugs; arginine methylation; DNA repair
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 9. 9. 2019 12:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1179522/cs
    7. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      SOROKIN, Dmitry, Jana SUCHÁNKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ a Pavel MATULA. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation. Folia biologica. Univerzita Karlova, 2014, roč. 60, (Suppl 1), s. 45-49. ISSN 0015-5500.
      Název anglicky: Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      RIV/00216224:14330/14:00073848 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell global motion compensation; UV laser bleaching image registration; stable features; algorithm evaluation
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 04:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197310/cs

    2013

    1. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions
      FOLTÁNKOVÁ, Veronika, Pavel MATULA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2013, Volume 19, Issue 2, s. 360-369. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927612014353.
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00065961 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage;chromatin; 53BP1; PML bodies; hybrid detectors; confocal microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 08:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1076529/cs
    2. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations. In Alfredo Petrosino. 17th International Conference on Image Analysis and Processing - ICIAP 2013. LNCS 8157, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2013, s. 429-438. ISBN 978-3-642-41183-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-41184-7_44.
      RIV/00216224:14330/13:00066208 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Itálie.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell populations; simulation; cross-correlation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 12. 9. 2014 13:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1112258/cs

    2012

    1. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In Campilho, Aurélio; Kamel, Mohamed. Proceedings of 9th International Conference on Image Analysis and Recognition. LNCS 7325, Part II. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, s. 473-482. ISBN 978-3-642-31297-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-31298-4_56.
      RIV/00216224:14330/12:00057285 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Portugalsko.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Optical flow; 3D image sequences; Fluorescence optical microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 4. 2013 10:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/974481/cs

    2011

    1. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering
      ULMAN, Vladimír. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering. EURASIP Journal on Advances in Signal Processing. NEW YORK (USA): HINDAWI PUBLISHING CORPORATION, 2011, roč. 2011, ID 234090, s. 1-9. ISSN 1687-6172. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1155/2011/234090.
      doprovodná webová stránka
      Název česky: Ošetření okrajových podmínek u Young-Van Vlietových rekurzivních zero-mean Gáborových filtrech
      RIV/00216224:14330/11:00051514 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: recursive spatial filtering; Gaussian filtering; Gabor filtering; IIR; digital filters
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 20. 4. 2012 09:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/906989/cs
    2. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis
      ULMAN, Vladimír. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis. Brno: Masarykova Univerzita, 2011, 210 s.
      webové stránky CBIA -- laboratoře, ve které práce vznikla
      Název česky: Rychlé anisotropní filtrování a nástroj na měření výkonnosti pro optický tok v~analýze biomedicínského obrazu
      RIV/00216224:14330/11:00052079 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: anisotropic spatial filtering optical flow ground-truth optical flow biomedical image processing
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 5. 12. 2011 11:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/933249/cs
    3. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      ULMAN, Vladimír a David SVOBODA. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In 11th European Light Microscopy Initiative (ELMI) meeting. 2011.
      Odkaz na prezentovaný nástroj.
      Název česky: Nástroj pro generování umělých obrazových souborů z oblasti fluoroscenční mikroskopie
      RIV/00216224:14330/11:00052527 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation Optical Flow 3D Image Sequences Fluorescence Optical Microscopy
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 13. 6. 2012 08:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/942757/cs

    2010

    1. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation
      ULMAN, Vladimír. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of the Seventh IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications. Calgary: ACTA Press, 2010, s. 33-42. ISBN 978-0-88986-823-6.
      související webová prezentace
      Název česky: Filtrování bankou anisotropních 3D~Gáborových filtrů pomocí 1D~konvolucí bez interpolací
      RIV/00216224:14330/10:00042890 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Kanada.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Gabor filtering bank filtering filter design
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 8. 4. 2013 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/855575/cs
    2. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images
      ULMAN, Vladimír. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images. In Proceedings of the 7th International Conference on Image Analysis and Recognition, ICIAR 2010. Povoa de Varzim (Portugal): Springer, 2010, s. 263-273. ISBN 978-3-642-13771-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13772-3_27.
      URL
      Název česky: Vylepšení přesnosti optického toku na základě původní Heegerovy metody na biomedicínských obrazech
      RIV/00216224:14330/10:00067184 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: energy-based optical flow image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 04:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/885864/cs

    2009

    1. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
      VAŘECHA, Miroslav, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. In Analytical Cytometry V. 2009. ISBN 978-80-254-2561-9.
      Název česky: Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů
      RIV/00216224:14330/09:00037415 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: localization prediction;AIF;endonuclease G;AMID;fluorescence microscopy;docking;protein structure modeling
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/857834/cs
    2. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
      VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. Journal of Biomedical Science. BioMed website: BioMed Central, London, England, 2009, roč. 16, č. 59, s. 1-14. ISSN 1021-7770.
      Název česky: Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů
      RIV/00216224:14330/09:00029126 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: AIF;apoptosis-inducing factor;AMID;AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death;endonuclease G;heat shock protein;DNA topoisomerase II;CPS-6;CED-3 protease suppressor;WAH-1
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 1. 2012 18:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/795881/cs

    2008

    1. Arbitrarily-Oriented Anisotropic 3D Gaussian Filtering Computed with 1D Convolutions without Interpolation
      ULMAN, Vladimír. Arbitrarily-Oriented Anisotropic 3D Gaussian Filtering Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of 8th WSEAS International Conference on Signal Processing, Computational Geometry and Artificial Vision. Ateny: WSEAS, 2008, s. 56-62. ISBN 978-960-6766-95-4.
      Název česky: Obecně orientované anisotropní 3D Gausovské fitrování počítáno pomocí 1D konvolucí bez interpolací
      RIV/00216224:14330/08:00026077 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: Gaussian separability spatial image filtering
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 12. 6. 2009 08:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/769189/cs
    2. Bioinformatic prediction, molecular modelling and image analysis of localization and interactions of apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID
      ZIMMERMANN, Michal, Miroslav VAŘECHA, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Bioinformatic prediction, molecular modelling and image analysis of localization and interactions of apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID. In Apoptosis World 2008. 2008.
      URL
      Název česky: Bioinformatická předpověď, molekulární modelování a obrazová analýza polohy a interakcí apoptotických proteinů endonukleázy G, AIF a AMIDu
      RIV/00216224:14330/08:00024764 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Lucembursko.
      Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: AIF;AMID;endonuclease G;image analysis;living cells;microscopy;prediction;bioinformatics
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/769085/cs
    3. Image analysis of localization and translocation of apoptotic proteins in living cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN a Michal KOZUBEK. Image analysis of localization and translocation of apoptotic proteins in living cells. In European Light Microscopy Initiative. 2008.
      URL
      Název česky: Obrazová analýza polohy a transportu apoptotických proteinů v živých buňkách
      RIV/00216224:14330/08:00026068 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Švýcarsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: AIF;endonuclease G;AMID;living cells;colocalization;image analysis
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/769086/cs
    4. Interactions of apoptotic proteins AIF and endonuclease G analyzed by bioinformatic predictions, molecular docking, and fluorescent microscopy
      VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN a Michal KOZUBEK. Interactions of apoptotic proteins AIF and endonuclease G analyzed by bioinformatic predictions, molecular docking, and fluorescent microscopy. In 16th Euroconference on Apoptosis an 5th Swiss Apoptosis Meeting. 2008.
      Název česky: Interakce apoptotických proteinů AIF a endonucleasa G analyzovaná pomocí bioinformatických predikcí, molekulárního dockingu a fluorescenční mikroskopií
      RIV/00216224:14330/08:00026398 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Švýcarsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: AIF;AMID;endonuclease G;heat shock protein;cyclophilin A;CPS-6;WAH-1;colocalization;image analysis;FRET;interaction prediction;protein structure modeling;molecular docking
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/777175/cs

    2007

    1. Bioinformatic and image analyses of the cellular localization of the apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID during apoptosis in human cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Emilie LUKÁŠOVÁ a Michal KOZUBEK. Bioinformatic and image analyses of the cellular localization of the apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID during apoptosis in human cells. Apoptosis. USA: Springer Science, 2007, roč. 12, č. 7, s. 1155-1171. ISSN 1360-8185.
      Název česky: Bioinformatická a obrazová analýza buněčné lokalizace apoptotických proteinů endonukleázy G, AIF a AMIDu během apoptózy v lidských buňkách
      RIV/00216224:14330/07:00020060 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: apoptosis-inducing factor; endonuclease G; AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death; living cells; colocalization image analysis; analysis of amino acid sequence
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/704400/cs
    2. Bioinformatic predictions and image analysis of localization and interactions of endonuclease G, AIF, and AMID in human cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Bioinformatic predictions and image analysis of localization and interactions of endonuclease G, AIF, and AMID in human cells. In Book of Abstracts for 15th Euroconference on Apoptosis. 2007.
      Stránka konference
      Název česky: Bioinformatická predikce a obrazová analýza lokalizace a interakcí endonukleázy G, AIF a AMIDu v lidských buňkách
      RIV/00216224:14330/07:00020613 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Slovinsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: apoptosis; cell death; autophagy; cancer
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/728175/cs
    3. Distinct patterns of histone methylation and acetylation in human interphase nuclei
      SKALNÍKOVÁ, Magdalena, Eva BÁRTOVÁ, Vladimír ULMAN, Petr MATULA, David SVOBODA, Andrea HARNIČAROVÁ, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. Distinct patterns of histone methylation and acetylation in human interphase nuclei. Physiological Research. Prague: Czech Academy of Sciences, 2007, roč. 56, č. 6, s. 797-806. ISSN 0862-8408.
      Název česky: Rozdílné paterny metylace a acetylace histonů v lidských interfázních jádrech
      RIV/00216224:14330/07:00020185 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Harničarová, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Histone methylation; acetylation; X chromosome; centromere; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/714237/cs
    4. Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow
      HUBENÝ, Jan, Vladimír ULMAN a Pavel MATULA. Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow. In VISAPP 2007 Second International Conference On Computer Vision Theory And Applications, Proceedings. Portugal: INSTICC PRESS, 2007, s. 542-548. ISBN 978-972-8865-74-0.
      Název česky: Odhadování velkých lokálních pohybů v in-vivo obrazových sekvencích pomocí variačních metod optického toku
      RIV/00216224:14330/07:00020059 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Španělsko.
      Hubený, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: live-cell imaging motion tracking 3D imaging variational optical flow
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/704397/cs
    5. Fluorescent microscopy of living cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Marek KAŠÍK a Michal KOZUBEK. Fluorescent microscopy of living cells. In Analytical Cytometry IV: Book of Abstracts. 2007. ISBN 978-80-239-9591-6.
      Název česky: Fluorescenční mikroskopie živých buněk
      RIV/00216224:14330/07:00020659 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Kašík, Marek (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: fluorescence; microscopy; living cells; image analysis
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 19. 10. 2010 11:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/744952/cs
    6. On Generating Ground-truth Time-lapse Image Sequences and Flow Fields
      ULMAN, Vladimír a Jan HUBENÝ. On Generating Ground-truth Time-lapse Image Sequences and Flow Fields. In Proceedings of the Fourth International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics. RA-1. Angers: INSTICC, 2007, s. 234-239. ISBN 978-972-8865-83-2.
      Název česky: O generování spolehlivých obrazových sekvencí a jejich optických toků
      RIV/00216224:14330/07:00021980 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Francie.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant) -- Hubený, Jan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: optical flow evaluation ground-truth flow field image formation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 12. 6. 2009 08:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/715064/cs
    7. Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations
      ULMAN, Vladimír a Jan HUBENÝ. Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations. In Proceedings of 15th Scandinavian Conference on Image Analysis. LNCS 4522. Heidelberg: Springer, 2007, s. 976-985. ISBN 978-3-540-73039-2.
      Název česky: Generátor pseudo-reálných obrazů pro výpočet optického toku
      RIV/00216224:14330/07:00021798 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Dánsko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hubený, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: optical flow ground-truth flow field fluorescent microscopy image formation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 7. 2011 05:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/706331/cs

    2006

    1. Automatic Detection of Histones on Chromosome X in Images of Cell Nuclei
      ULMAN, Vladimír. Automatic Detection of Histones on Chromosome X in Images of Cell Nuclei. Clinician and Technology (Lékař a technika). Praha: Czech Medical Association J.E.Purkyne, 2006, roč. 36, č. 2, s. 160-164. ISSN 0301-5491.
      Název česky: Automatická detekce histonů u chromosomu X v obrazech buněčného jádra
      RIV/00216224:14330/06:00015770 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: image registration; voxel-based registration; top-hat filtering; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 6. 2010 16:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/639606/cs
    2. Single-cell image analysis of cellular localization and colocalization of endonuclease G, AIF and AMID in living cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Single-cell image analysis of cellular localization and colocalization of endonuclease G, AIF and AMID in living cells. In Book of Abstracts for 14th Euroconference on Apoptosis. 2006.
      Název česky: Obrazová analýza buněčné lokalizace a kolokalizace endonukleázy G, AIF a AMID u jednotlivých živých buněk
      RIV/00216224:14330/06:00020052 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Belgie.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: living cells; image analysis; colocalization; fluorescent proteins; apoptosis
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 19. 10. 2010 11:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/703404/cs

    2005

    1. Imaging of mitochondrial apoptogenic proteins released during apoptosis in living and fixed cells.
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Vladan ONDŘEJ, Emilie LUKÁŠOVÁ, Vladimír ULMAN, Petr MATULA, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. Imaging of mitochondrial apoptogenic proteins released during apoptosis in living and fixed cells. In Book of Abstracts for 13th Euroconference on Apoptosis. 2005. ISBN 963-219-273-7.
      Název česky: Sledování mitochondriálních apoptotických proteinů uvolněných během apoptózy v živých a fixovaných buňkách.
      RIV/00216224:14330/05:00013294 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Belgie.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ondřej, Vladan (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: living cells; GFP; fluorescent protein; FRET; fluorescent microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 19. 10. 2010 11:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/630249/cs
    2. Mosaicking of High-resolution Biomedical Images Acquired from Wide-field Optical Microscope
      ULMAN, Vladimír. Mosaicking of High-resolution Biomedical Images Acquired from Wide-field Optical Microscope. In Proceedings of the 3rd European Medical and Biological Engineering Conference EMBEC'05. Praha: IFMBE Proceedings Series, vol. 11, 2005, s. 1-5. ISSN 1727-1983.
      Název česky: Skládání biomedicínských obrazů o velmi vysokém rozlišení pořízených na optickém mikroskopu
      RIV/00216224:14330/05:00014518 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image processing; image registration; graph representation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 7. 2011 05:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/608804/cs
    3. Quantitative Analysis of Intracellular Processes in Living Cells
      ULMAN, Vladimír. Quantitative Analysis of Intracellular Processes in Living Cells. In Proceedings of the 1st International Summer School on Computational Biology. Brno: Masarykova universita, 2005, s. 84-94. ISBN 80-210-3907-8.
      Název česky: Kvantitativní analýza procesů v živých buňkách
      RIV/00216224:14330/05:00014842 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: quantitative analysis; living cells study; image processing
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 6. 2010 16:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/622705/cs

    2004

    1. Pořizování obrazů o velmi vysokém rozlišení metodou skládání
      FEIT, Josef, Vladimír ULMAN, Werner KEMPF a Hana JEDLIČKOVÁ. Pořizování obrazů o velmi vysokém rozlišení metodou skládání. Čes-slov. Patologie. 2004, roč. 40, č. 2, s. 78-82. ISSN 1210-7875.
      Název anglicky: Acquiring Microscopic Images of Very High Resolution by a Method of Composing
      RIV/00216224:14330/04:00018993 Článek v odborném periodiku. Ostatní lékařské obory. čeština. Česká republika.
      Feit, Josef (203 Česká republika, garant) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Kempf, Werner (756 Švýcarsko) -- Jedličková, Hana (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: digital microphotography-image analysis-interactive atlas-dermatopathology-hypertext
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 27. 4. 2006 12:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/573216/cs
Zobrazeno: 22. 9. 2024 07:41