Výpis publikací

KUMAR, Jitender; Miroslav MICKA; Jan KOMÁREK; Tomáš KLUMPLER; Vojtěch BYSTRÝ; Remco SPRANGERS; Cyril BARINKA; Vítězslav BRYJA a Konstantinos TRIPSIANES. A class III ligand oscillates between internal and terminal binding modes as it engages with the Dishevelled PDZ domain. Structure. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2025, roč. 33, č. 8, s. 1362-1373. ISSN 0969-2126. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.str.2025.05.012.

BOUDNÁ, Marie; Nicolas BLAVET; Tetiana SAMOILENKO; Táňa MACHÁČKOVÁ; Robin JUGAS; Petra VYCHYTILOVÁ; Miroslav BOUDNÝ; Renata BARTOŠOVÁ; Jan KOTOUCEK; Vojtěch BYSTRÝ; Kateřina KOŽELKOVÁ; Ondřej SLABÝ a Kamila SOUČKOVÁ. Analysis of extracellular vesicles of frequently used colorectal cancer cell lines. BMC Cancer. London: BMC, 2025, roč. 25, č. 1, s. 1-17. ISSN 1471-2407. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12885-025-13936-0.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; Ingrid KOVÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Integrated multiomics classification of triple negative breast cancer. In In Book of Abstract of 11. Informal Proteomic Meeting and 13. Annual Conference of Czech Society for Mass Spectrometry. České Budějovice, 19.-21.11.2025. 2025. ISBN 978-80-907478-5-2.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Miloš HOLÁNEK; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Integrated proteogenomic analysis identifies synuclein gamma as a key target of the mesenchymal stem-like subtype of triple negative breast cancer. In In book of abstracts of 13th Conference of Czech Mass Spectrometry together with 11th Informal proteomic meeting, 19-21 2025, České Budějovice. 2025.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; Ingrid KOVÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Miloš HOLÁNEK; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteomics-driven multi-omics classification of triple negative breast cancer. In In Book of Abstracts of PhD Conference 2025, Brno, Česká republika 29.5. 2025, P16. 2025.

SVOZILOVÁ, Hana; Karla PLEVOVÁ; Simone Andrea BIAGINI; Jakub Paweł PORC; Jakub HYNŠT; Jan SVATOŇ; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Viktor STRANECKY; Katerina JIRSOVA; Hana HARTMANNOVA; Michaela BENDOVA; Josef SROVNAL; Jiri DRABEK; Zuzana ROZANKOVA; Marta KALOUSOVA; Tomas ZIMA; Jana VACULÍKOVÁ; Terézia KURUCOVÁ; Jarmila SIMOVA; Lukáš HEJTMÁNEK; Michael DOUBEK; Vera FRANKOVA; Lucie BENESOVA; Magdalena UVIROVA; Stanislav KMOCH; Milan MACEK; Marian HAJDUCH a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Reference genomic database of the Czech population. In European Human Genetics Conference, Milan. 2025.

THON, Tomas; Eliska KOPELENTOVA; Dagmar SRUTKOVA; Stepan COUFAL; Jakub KREISINGER; Filip ROB; Zuzana REISS; Miloslav KVERKA; Stepanka CAPKOVA; Jana CADOVA; Lucie BULANTOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Anna SEDIVA; Helena TLASKALOVA-HOGENOVA; Zuzana JIRASKOVA ZAKOSTELSKA a Andrea POLOUCKOVA. Skin and gut microbiota composition and immune regulatory response differentiate IgE and non-IgE cow’s milk allergy patients with atopic dermatitis. ISCIENCE. UNITED STATES: CELL PRESS, 2025, roč. 28, č. 12, s. 1-22. ISSN 2589-0042. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.isci.2025.113943.

FESIUK, Aleksandra; Daniel POLOSKE; Elvin D. DE ARAUJO; Geordon A. FRERE; Timothy B. WRIGHT; Gary TIN; Yasir S. RAOUF; Olasunkanmi O. OLAOYE; Ji Sung PARK; Nicolas BLAVET; Boris TICHÝ; Michaela SCHLEDERER; Sandra HOGLER; Michael WOLF; Cecile PHILIPPE; Osman AKSOY; Adam VARADY; Alejandro Antonio MEDAGLIA MATA; Maxim VARENICJA; Boglarka SZABO; Theresa WEISS; Gabriel WASINGER; Torben REDMER; Heidi A. NEUBAUER; Martin SUSANI; Clemens P. SPIELVOGEL; Jing NING; Maik DAHLHOFF; Martin SCHEPELMANN; Richard KENNEDY; Richard MORIGGL; Geoffrey BROWN; Jenny PERSSON; Christopher GERNER; Vojtěch BYSTRÝ; Oldamur HOLLOCZKI; David M. HEERY; Patrick T. GUNNING; Olaf MERKEL; Brigitte HANTUSCH a Lukas KENNER. Thyroid hormone receptor beta signaling is a targetable driver of prostate cancer growth. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central, 2025, roč. 24, č. 1, s. 1-21. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12943-025-02451-2.

NING, Jing; Clemens P SPIELVOGEL; David HABERL; Karolína TRACHTOVÁ; Stefan STOIBER; Sazan RASUL; Vojtěch BYSTRÝ; Gabriel WASINGER; Pascal BALTZER; Elisabeth GURNHOFER; Gerald TIMELTHALER; Michaela SCHLEDERER; Laszlo PAPP; Helga SCHACHNER; Thomas HELBICH; Markus HARTENBACH; Bernhard GRUBMUELLER; Shahrokh F SHARIAT; Marcus HACKER; Alexander HAUG a Lukas KENNER. A novel assessment of whole-mount Gleason grading in prostate cancer to identify candidates for radical prostatectomy: a machine learning-based multiomics. Theranostics. Lake Haven: Ivyspring International Publisher, 2024, roč. 14, č. 12, s. 4570-4581. ISSN 1838-7640. Dostupné z: https://doi.org/10.7150/thno.96921.

LAPČÍK, Petr; Jan ŠIMONÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Breast cancer subclassification based on proteomics/proteogenomics for targeted therapy. In In Book of Abstracts of 19th Czech Annual Cancer Research Meeting, November 18-20, 2024, p. 22-23. 2024.

STERNBERG, Christina; Martin RAIGEL; Tanja LIMBERGER; Karolína TRACHTOVÁ; Michaela SCHLEDERER; Desiree LINDNER; Petra KODAJOVA; Jiaye YANG; Roman ZIEGLER; Jessica KALLA; Stefan STOIBER; Saptaswa DEY; Daniela ZWOLANEK; Heidi A NEUBAUER; Monika OBERHUBER; Torben REDMER; Václav HEJRET; Boris TICHÝ; Martina TOMBERGER; Nora S HARBUSCH; Jan PENCIK; Simone TANGERMANN; Vojtěch BYSTRÝ; Jenny L PERSSON; Gerda EGGER; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Robert EFERL; Peter WOLF; Felix STERNBERG; Sandra HOGLER; Sabine LAGGER; Stefan ROSE-JOHN a Lukas KENNER. Cell-autonomous IL6ST activation suppresses prostate cancer development via STAT3/ARF/p53-driven senescence and confers an immune-active tumor microenvironment. Molecular Cancer. London: BMC, 2024, roč. 23, č. 1, s. 1-22. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12943-024-02114-8.

VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ, Andrea; Kristína KŘÍŽOVÁ; Kristýna VOŘÍŠKOVÁ; Lukáš VETEŠNÍK; Václav HEJRET; Lenka GETTOVÁ; Jiří VOREL; Nikol RESLOVÁ a Vojtěch BYSTRÝ. Heterosis versus breakdown in cyprinid hybrids associated with SVCV infection revealed by transcriptome profile analysis of head kidney. Aquaculture. AMSTERDAM: ELSEVIER, 2024, roč. 578, January, s. 1-14. ISSN 0044-8486. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2023.740083.

REDMER, Torben; Martin RAIGEL; Christina STERNBERG; Roman ZIEGLER; Clara PROBST; Desiree LINDNER; Astrid AUFINGER; Tanja LIMBERGER; Karolína TRACHTOVÁ; Petra KODAJOVA; Sandra HOEGLER; Michaela SCHLEDERER; Stefan STOIBER; Monika OBERHUBER; Marco BOLIS; Heidi A NEUBAUER; Sara MIRANDA; Martina TOMBERGER; Nora S HARBUSCH; Garces de los Fayos Alonso INES; Felix STERNBERG; Richard MORIGGL; Jean-Philippe THEURILLAT; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Jenny L PERSSON; Stephan MATHAS; Fritz ABERGER; Birgit STROBL; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Olaf MERKEL; Gerda EGGER; Sabine LAGGER a Lukas KENNER. JUN mediates the senescence associated secretory phenotype and immune cell recruitment to prevent prostate cancer progression. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central Ltd, 2024, roč. 23, č. 1, s. 1-21. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12943-024-02022-x.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Vojtěch BYSTRÝ; Jiří NAVRÁTIL; Boris TICHÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted therapy. In n Book of Abstracts of PhD Conference 2024, Brno, Česká republika 30.5. 2024, P7. 2024.

POKORNÁ, Petra; Hana PÁLOVÁ; Soňa ADAMCOVÁ; Robin JUGAS; Dagmar AL TUKMACHI; Michal KÝR; Dana KNOFLÍČKOVÁ; Kateřina KOŽELKOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Soňa MEJSTŘÍKOVÁ; Tomáš MERTA; Karolína TRACHTOVÁ; Eliška HLOUŠKOVÁ; Peter MÚDRY; Zdeněk PAVELKA; Viera BAJČIOVÁ; Pavel TINKA; Marie JAROŠOVÁ; Tina CATELA IVKOVIĆ; Sibylle MADLENER; Karol PÁL; Natalia STEPIEN; Lisa MAYR; Boris TICHÝ; Klára NOVÁKOVÁ; Marta JEŽOVÁ; Šárka KOZÁKOVÁ; Jitka VAŇÁČKOVÁ; Lenka RADOVÁ; Karin STEININGER; Christine HABERLER; Johannes GOJO; Jaroslav ŠTĚRBA a Ondřej SLABÝ. Real-World Performance of Integrative Clinical Genomics in Pediatric Precision Oncology. Laboratory Investigation. NEW YORK: ELSEVIER, 2024, roč. 104, č. 12, s. 1-12. ISSN 0023-6837. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.labinv.2024.102161.

JACQUES, Florian; Tomáš TICHOPÁD; Martin DEMKO; Vojtěch BYSTRÝ; Kristína KŘÍŽOVÁ; Mária SEIFERTOVÁ; Kristýna VOŘÍŠKOVÁ; Md Mehedi Hasan FUAD; Lukáš VETEŠNÍK a Andrea VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ. Reproduction-associated pathways in females of gibel carp (Carassius gibelio) shed light on the molecular mechanisms of the coexistence of asexual and sexual reproduction. BMC Genomics. London: BioMed Central Ltd, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-22. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12864-024-10462-4.

LAPČÍK, Petr; Jan ŠIMONÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Understanding breast cancer biology via proteomics, proteogenomics and interactomics to identify novel therapy targets. In In Book of Abstracts of 10. Informal Proteomic Meeting, November 28-29, 2024, Olomouc, p. 17. 2024.

SOUČKOVÁ, Kamila; Matej JASÍK; Iva SOVADINOVÁ; Alexandr SEMBER; Eliška SYCHROVÁ; Anna KONIECZNA; Vojtěch BYSTRÝ; Iva DYKOVÁ; Radim BLAŽEK; Karolína LUKŠÍKOVÁ; Tomáš PAVLICA; Marek JANKÁSEK; Marie ALTMANOVÁ; Jakub ŽÁK; Adriána ZBONČÁKOVÁ; Martin REICHARD a Ondřej SLABÝ. From fish to cells: Establishment of continuous cell lines from embryos of annual killifish Nothobranchius furzeri and N. kadleci. Aquatic Toxicology. Elsevier, 2023, roč. 259, June, s. 1-16. ISSN 0166-445X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.aquatox.2023.106517.

VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ, Andrea; Lukáš VETEŠNÍK; Kristína KŘÍŽOVÁ; Kristýna KOUKALOVÁ; POJEZDAL ĽUBOMÍR; Václav HEJRET a Vojtěch BYSTRÝ. Hybrid heterosis and hybrid breakdown expressed by pathogen infection in cyprinid fish. In XVII European Congress of Ichthyology 2023: 4th - 8th September 2023, Prague. 2023.

HRACHOVINOVÁ, Šárka; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Kateřina JURÁSKOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Boris TICHÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy. In Abstract Book of Doctoral conference 2023, Brno, CZ, 1.6.2023. 2023.

SPIELVOGEL, Clemens P; Stefan STOIBER; Laszlo PAPP; Denis KRAJNC; Marko GRAHOVAC; Elisabeth GURNHOFER; Karolína TRACHTOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Asha LEISSER; Bernhard JANK; Julia SCHNOELL; Lorenz KADLETZ; Gregor HEIDUSCHKA; Thomas BEYER; Marcus HACKER; Lukas KENNER a Alexander R HAUG. Radiogenomic markers enable risk stratification and inference of mutational pathway states in head and neck cancer. European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging. NEW YORK: SPRINGER, 2023, roč. 50, č. 2, s. 546-558. ISSN 1619-7070. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00259-022-05973-9.

LUKAVSKY, Peter; Dalibor BLAŽEK; Vojtěch BYSTRÝ; Anna HELÁNOVÁ a Barbora TRUKSOVÁ. RNA Summer School 2023. 2023.

VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ, Andrea; Kristína KŘÍŽOVÁ; Kristýna VOŘÍŠKOVÁ; Lukáš VETEŠNÍK; Vojtěch BYSTRÝ a Martin DEMKO. Transcriptome Profile Analyses of Head Kidney in Roach (Rutilus rutilus), Common Bream (Abramis brama) and Their Hybrids: Does Infection by Monogenean Parasites in Freshwater Fish Reveal Differences in Fish Vigour among Parental Species and Their Hybrids? Biology. Basel: MDPI, 2023, roč. 12, č. 9, s. 1-29. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/biology12091199.

DRÁBOVÁ, Klára; Petra POKORNÁ; Hana PÁLOVÁ; Sabina ADAMCOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Robin JUGAS; Ondřej SLABÝ a Jaroslav ŠTĚRBA. Výsledky celoexomového sekvenování germinální DNA u dětských pacientů se solidními tumory. In Kaprasův den 2023, Praha. 2023.

SKLENÁŘ, Vladimír; Radovan FIALA; Jiří NOVÁČEK; Josef HOUSER; Jan PŘIBYL; Zbyněk ZDRÁHAL; Milan EŠNER; Michal MIKL; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ a Radka SVOBODOVÁ. CF Day Meeting. 2022.

LIMBERGER, Tanja; Michaela SCHLEDERER; Karolína TRACHTOVÁ; Ines Garces de los Fayos ALONSO; Jiaye YANG; Sandra HOEGLER; Christina STERNBERG; Vojtěch BYSTRÝ; Jan OPPELT; Boris TICHÝ; Margit SCHMEIDL; Petra KODAJOVA; Anton JAEGER; Heidi A NEUBAUER; Monika OBERHUBER; Belinda S SCHMALZBAUER; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Helmut DOLZNIG; Wolfgang WADSAK; Zoran CULIG; Suzanne Dawn TURNER; Gerda EGGER; Sabine LAGGER a Lukas KENNER. KMT2C methyltransferase domain regulated INK4A expression suppresses prostate cancer metastasis. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central, 2022, roč. 21, č. 1, s. 89-107. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12943-022-01542-8.

POPPOVÁ, Lucie; Šárka PAVLOVÁ; Beatriz GONZALEZ; Jana KOTAŠKOVÁ; Karla PLEVOVÁ; Gabrijela DUMBOVIC; Pavlína JANOVSKÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Anna PANOVSKÁ; Lucie BEZDĚKOVÁ; Stanislava MAŠLEJOVÁ; Yvona BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK; Marcela KRZYŽÁNKOVÁ; Marek BORSKÝ; Jiří MAYER; Vítězslav BRYJA; Sergio ALONSO a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Memory B-cell like chronic lymphocytic leukaemia is associated with specific methylation profile of WNT5A promoter and undetectable expression of WNT5A gene. Epigenetics. Philadelphia: TAYLOR & FRANCIS INC, 2022, roč. 17, č. 12, s. 1628-1635. ISSN 1559-2294. Dostupné z: https://doi.org/10.1080/15592294.2022.2050004.

BYSTRÝ, Vojtěch; Viktor MAŠÍČEK; Nicolas MOKRIŠ a Martin DEMKO. SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní. 2022.

DRÁBOVÁ, Klára; Petra POKORNÁ; Hana PÁLOVÁ; Soňa ADAMCOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Robin JUGAS; Ondřej SLABÝ a Jaroslav ŠTĚRBA. Výsledky celoexomového sekvenování germinální DNA u dětských pacientů se solidními tumory. In XXV. Biologické dny. 2022.

DYKOVÁ, Iva; Jakub ŽÁK; Martin REICHARD; Kamila SOUČKOVÁ; Ondřej SLABÝ; Vojtěch BYSTRÝ a Radim BLAŽEK. Histopathology of laboratory-reared Nothobranchius fishes: Mycobacterial infections versus neoplastic lesions. Journal of Fish Diseases. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 44, č. 8, s. 1179-1190. ISSN 0140-7775. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/jfd.13378.

LOBELLO, Cosimo; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Lenka RADOVÁ; Daniel FILIP; Marek MRÁZ; I.A. MONTES-MOJARRO; N. PROKOPH; H. LAROSE; H.C. LIANG; G.G. SHARMA; L. MOLOGNI; D. BELADA; K. KAMARADOVA; F. FEND; C. GAMBACORTI-PASSERINI; O. MERKEL; Suzanne Dawn TURNER; Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. STAT3 and TP53 mutations associate with poor prognosis in anaplastic large cell lymphoma. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 35, č. 5, s. 1500-1505. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41375-020-01093-1.

LOBELLO, Cosimo; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Lenka RADOVÁ; Daniel FILIP; Marek MRÁZ; IA. MONTES-MOJARO; Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Analysis mutational landscape in systemic anaplastic large cell lymphoma identifies novel prognostic markers. In 20. Pražské hematologické dny (Hematologie 2020), Praha. 2020.

REIGL, Tomáš; Jakub Paweł PORC; Kamila STRÁNSKÁ; Karol PÁL; Veronika NAVRKALOVÁ; Jakub HYNŠT; Vojtěch BYSTRÝ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. High throughput sequencing data analysis of IG/TR rearranged genes in leukemie clinical research. In CEITEC PhD Conference, Brno, únor 2020. 2020.

LOBELLO, Cosimo; Vojtěch BYSTRÝ; Lenka RADOVÁ; Daniel FILIP; Marek MRÁZ; IA. MONTES-MOJARRO; N. PROKOPH; H. LAROSE; HCh. LIANG; G. SHARMA; L. MOLOGNI; D. BELADA; K. KAMARÁDOVÁ; F. FEND; C. GAMBACORTI-PASSERINI; O. MERKEL; S. TURNER; Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Mutational landscape analysis in systematic anaplastic large cell lymphoma identifies novel prognostic markers. In CEITEC PhD Conference, Brno, 2020. 2020.

GRIONI, Andrea; G. FAZIO; S. RIGAMONTI; Vojtěch BYSTRÝ; G. DANIELE; Zuzana DOSTÁLOVÁ; M. QUADRI; C. SAITTA; D. SILVESTRI; S. SONGIA; C.T. STORLAZZI; A. BIONDI; Nikos DARZENTAS a G. CAZZANIGA. A Simple RNA Target Capture NGS Strategy for Fusion Genes Assessment in the Diagnostics of Pediatric B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia. HEMASPHERE. PHILADELPHIA: LIPPINCOTT WILLIAMS & WILKINS, 2019, roč. 3, č. 3, s. 1-9. ISSN 2572-9241. Dostupné z: https://doi.org/10.1097/HS9.0000000000000250.

ZÁPRAŽNÁ, Kristína; Kamila RÉBLOVÁ; V. SVOBODOVA; Lenka RADOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Jiří BALOUN; Kristina ĎURECHOVÁ; Nikola TOM; Tomáš LOJA; Martina BUREŠOVÁ; Kamila STRÁNSKÁ; Alexandra OLTOVÁ; Michael DOUBEK; M.L. ATCHISON; Martin TRBUŠEK; Jitka MALČÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Activation-induced deaminase and its splice variants associate with trisomy 12 in chronic lymphocytic leukemia. Annals of hematology. New York: Springer Verlag, 2019, roč. 98, č. 2, s. 423-435. ISSN 0939-5555. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00277-018-3520-5.

HYNŠT, Jakub; Karla PLEVOVÁ; Lenka RADOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Karol PÁL a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Bioinformatic pipelines for whole transcriptome sequencing data exploitation in leukemia patients with complex structural variants. PeerJ. London: PEERJ INC, 2019, roč. 7, JUN, s. 7071-7086. ISSN 2167-8359. Dostupné z: https://doi.org/10.7717/peerj.7071.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Andrea GRIONI; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Encyklopedie subsetů CLL – Unikátní bio informatický nástroj a databáze pro analýzu subsetů stereotypních B buněčných receptorů u CLL. In Klinická Onkologie. ČR: ČLS JEP, 2019, s. 167-170. ISSN 0862-495X.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Andrea GRIONI; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Encyklopedie subsetů CLL – unikátní bioinformatický nástroj a databáze pro analýzu subsetů stereotypních B buněčných receptorů u CLL. In XLIII. Brněnské onkologické dny v Klinická Onkologie, Brno. 2019.

FAZIO, G.; V. MASSA; Andrea GRIONI; Vojtěch BYSTRÝ; S. RIGAMONTI; C. SAITTA; M. GALBIATI; C. RIZZARI; C. CONSARINO; A. BIONDI; A. SELICORNI a G. CAZZANIGA. First evidence of a paediatric patient with Cornelia de Lange syndrome with acute lymphoblastic leukaemia. Journal of clinical pathology. London: BMJ Publishing Group, 2019, roč. 72, č. 8, s. 558-561. ISSN 0021-9746. Dostupné z: https://doi.org/10.1136/jclinpath-2019-205707.

SOUČKOVÁ, Kamila; Radim BLAŽEK; Vojtěch BYSTRÝ; Iva DYKOVÁ; J. ŽÁK; Markéta HERMANOVÁ; Matej JASÍK; Matej POLAČIK; Martin REICHARD a Ondřej SLABÝ. Halančíci jako nový model pro studium věkem podmíněné spontánní karcinogeneze. In XLIII. Brněnské onkologické dny v Klinická Onkologie, Brno. 2019.

POPPOVÁ, Lucie; Pavlína JANOVSKÁ; B. GONZALEZ; Karla PLEVOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Karol PÁL; Hana PLEŠINGEROVÁ; Marek BORSKÝ; Helena OLBERTOVÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK; PAVLOVÁ; S ALONSO; Vítězslav BRYJA a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Promoter Methylation of ROR1 Ligand WNT5A associates with Its Expression in Chronic Lymphocytic Leukemia. In XIX. Interdisciplinary meeting of young life scientists in Czech Chemical Society Symposium Series. 2019.

KNECHT, H.; Tomáš REIGL; M. KOTROVA; F. APPELT; P. STEWART; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; A. GRIONI; Karol PÁL; Kamila STRÁNSKÁ; Karla PLEVOVÁ; J. RIJNTJES; S. SONGIA; M. SVATON; E. FRONKOVA; J. BARTRAM; B. SCHEIJEN; D. HERRMANN; R. GARCIA-SANZ; J. HANCOCK; J. MOPPETT; J.J.M. VAN DONGEN; G. CAZZANIGA; F. DAVI; P.J.T.A. GROENEN; M. HUMMEL; E.A. MACINTYRE; K. STAMATOPOULOS; J. TRKA; A.W. LANGERAK; D. GONZALEZ; C. POTT; M. BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. Quality control and quantification in IG/TR next-generation sequencing marker identification: protocols and bioinformatic functionalities by EuroClonality-NGS. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2019, roč. 33, č. 9, s. 2254-2265. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41375-019-0499-4.

BRUGGEMANN, M.; M. KOTROVA; H. KNECHT; J. BARTRAM; M. BOUDJOGRHA; Vojtěch BYSTRÝ; G. FAZIO; E. FRONKOVA; M. GIRAUD; A. GRIONI; J. HANCOCK; D. HERRMANN; C. JIMENEZ; Adam KREJČÍ; J. MOPPETT; Tomáš REIGL; M. SALSON; B. SCHEIJEN; M. SCHWARZ; S. SONGIA; M. SVATON; J.J.M. VAN DONGEN; P. VILLARESE; S. WAKEMAN; G. WRIGHT; G. CAZZANIGA; F. DAVI; R. GARCIA-SANZ; D. GONZALEZ; P.J.T.A. GROENEN; M. HUMMEL; E.A. MACINTYRE; K. STAMATOPOULOS; C. POTT; J. TRKA; Nikos DARZENTAS a A.W. LANGERAK. Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2019, roč. 33, č. 9, s. 2241-2253. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41375-019-0496-7.

PLEVOVÁ, Karla; Tobias RAUSCH; Marie JAROŠOVÁ; Jakub HYNŠT; Kristýna ZÁVACKÁ; Šárka PAVLOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Eva ONDROUŠKOVÁ; Kamila STRÁNSKÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Lenka RADOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ; Yvona BRYCHTOVÁ; Richard ROSENQUIST; Michael DOUBEK; Vladimír BENEŠ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Analýza rozsáhlých přestaveb genomu u chronické lymfocytární leukémie. In 22. celostátní konference DNA diagnostiky, České Budějovice. 2018.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Karol PÁL; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Bioinformatická platforma pro rutinní využití v diagnostice pacientů s chronickou lymfocytární leukémií. In XLII. Brněnské onkologické dny, Brno in Klinická Onkologie. 2018.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Karol PÁL; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Bioinformatics platform for routine diagnostics of chronic lymphocytic leukemia patients. In CEITEC PHD and POSTDOC RETREAT 2018, Telč. 2018.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Karol PÁL; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Bioinformatics platform for routine diagnsotics of chronic lymphocytic leukemia patients. In ENBIK2018 conference proceedings, Skalský dvůr. 2018.

REIGL, Tomáš; Kamila STRÁNSKÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Andrea GRIONI; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Karla PLEVOVÁ a Nikos DARZENTAS. Encyclopedia of CLL Subsets: An Online Knowledgebase forSubsets of CLL Cases with Stereotyped B Cell Receptors. In 23rd Congress of the European Hematology Association, Stockholm, Sweden in HemaSphere. 2018.

KUBEŠOVÁ, Blanka; Šárka PAVLOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ; Jitka KABÁTHOVÁ; Lenka RADOVÁ; Nikola TOM; Boris TICHÝ; Karla PLEVOVÁ; Barbara KANTOROVÁ; Kristýna FIEDOROVÁ; M. SLAVIKOVA; Vojtěch BYSTRÝ; Jarmila KISSOVÁ; B. GISSLINGER; H. GISSLINGER; Miroslav PENKA; Jiří MAYER; R. KRALOVICS; Šárka POSPÍŠILOVÁ a Michael DOUBEK. Low-burden TP53 mutations in chronic phase of myeloproliferative neoplasms: association with age, hydroxyurea administration, disease type and JAK2 mutational status. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2018, roč. 32, č. 2, s. 450-461. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/leu.2017.230.

POPPOVÁ, Lucie; Pavlína JANOVSKÁ; B. GONZALEZ; Karla PLEVOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Karol PÁL; Hana PLEŠINGEROVÁ; Marek BORSKÝ; Jana KOTAŠKOVÁ; G. DUMBOVIC; J. BIAYNA; JM. MORENO; CM MORALEDA; S. JANSEN; Yvona BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK; Šárka PAVLOVÁ; S. ALONSO; Vítězslav BRYJA a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Promoter methylation of ROR1 ligand WNT5A associates with its expression in CLL. In CEITEC PHD and POSTDOC RETREAT 2018, Telč. 2018.

ČULEN, Martin; Zdeňka KOSAŘOVÁ; Ivana JEŽÍŠKOVÁ; A. FOLTA; Jana CHOVANCOVÁ; Tomáš LOJA; Nikola TOM; Vojtěch BYSTRÝ; V. JANECKOVA; Dana DVOŘÁKOVÁ; Jiří MAYER a Zdeněk RÁČIL. The influence of mutational status and biological characteristics of acute myeloid leukemia on xenotransplantation outcomes in NOD SCID gamma mice. Journal of cancer research and clinical oncology. New York: Springer-Verlag, 2018, roč. 144, č. 7, s. 1239-1251. ISSN 0171-5216. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00432-018-2652-2.

TOM, Nikola; O. TOM; Jitka MALČÍKOVÁ; Šárka PAVLOVÁ; Blanka KUBEŠOVÁ; T. RAUSCH; M. KOLARIK; V. BENES; Vojtěch BYSTRÝ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. ToTem: a tool for variant calling pipeline optimization. BMC Bioinformatics. London: BioMed Central, 2018, roč. 19, JUN, s. 243-251. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2227-x.

BYSTRÝ, Vojtěch; Tomáš REIGL; Adam KREJČÍ; Martin DEMKO; Barbora HANÁKOVÁ; Andrea GRIONI; Henrik KNECHT; Max SCHLITT; Peter DREGER; Leopold SELLNER; Dietrich HERRMANN; Marine PINGEON; Myriam BOUDJOGHRA; Jos RIJNTJES; Christiane POTT; Anton W. LANGERAK; Patricia J. T. A. GROENEN; Frederic DAVI; Monika BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 3, s. 435-437. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634.

KOČKOVÁ, Helena; Karla PLEVOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Veronika MANČÍKOVÁ; Martin TRBUŠEK; Michaela HLOŽKOVÁ; Yvona BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK a Šárka POSPÍŠILOVÁ. B cell receptor signaling actvity is associated with genomic defects in chronic lymphocytic leukemia. In CEITEC PHD RETREAT II. 2017.

OLBERTOVÁ, Helena; Karla PLEVOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Veronika MANČÍKOVÁ; Tomáš LOJA; Martin TRBUŠEK; Michaela ŠPUNAROVÁ; Yvona BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK a Šárka POSPÍŠILOVÁ. B cell receptor signaling actvity is associated with genomic defects in chronic lymphocytic leukemia. In Nucleic Acids and Immunity. 2017.

HYNŠT, Jakub; Karla PLEVOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Lenka RADOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Bioinformatical analysis of chromosomal rearrangement in chromothripsis event using whole transcriptome sequencing data. In Curie-Pasteur-CEITEC joint young scientist retreat. 2017.

PLEVOVÁ, Karla; Jakub HYNŠT; Vojtěch BYSTRÝ; Jitka MALČÍKOVÁ; Karol PÁL; T. RAUSCH; V. BENEŠ; Michael DOUBEK a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Complex genome rearrangements are associated with altered gene expression in chronic lymphocytic leukemia. In EMBO Basel Life. 2017.

REIGL, Tomáš; Vojtěch BYSTRÝ; Adam KREJČÍ; Kamila BRÁZDILOVÁ; Karla PLEVOVÁ; Šárka POSPÍŠILOVÁ a Nikos DARZENTAS. Encyclopedia of CLL subsets – nový bioinformatický nástroj a unikátní databáze pro výzkum a klinické využití subsetů stereotypních B buněčných receptorů chronické lymfocytární leukemie. In XLI. brněnské onkologické dny. 2017.

PÁL, Karol; Vojtěch BYSTRÝ; Tomáš REIGL; Martin DEMKO; Adam KREJČÍ; T. TOULOUMENIDOU; E. STALIKA; Boris TICHÝ; P. GHIA; K. STAMATOPOULOS; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS. 2017.

PÁL, Karol; Vojtěch BYSTRÝ; Tomáš REIGL; Martin DEMKO; Adam KREJČÍ; T. TOULOUMENIDOU; E. STALIKA; Boris TICHÝ; P. GHIA; K. STAMATOPOULOS; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 23, s. 3802-3804. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx423.

PÁL, Karol; Vojtěch BYSTRÝ; Tomáš REIGL; Martin DEMKO; Adam KREJČÍ; Boris TICHÝ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. In CEITEC PHD RETREAT II, Telč. 2017.

PÁL, Karol; Vojtěch BYSTRÝ; Tomáš REIGL; Martin DEMKO; Adam KREJČÍ; Boris TICHÝ; Šárka POSPÍŠILOVÁ; Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS:assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. In Curie-Pasteur-CEITEC joint young scientist retreat. 2017.

SELLNER, L.; M. BRUGGEMANN; M. SCHLITT; H. KNECHT; D. HERRMANN; Tomáš REIGL; Adam KREJČÍ; Vojtěch BYSTRÝ; Nikos DARZENTAS; M. RIEGER; S. DIETRICH; T. LUFT; A.D. HO; M. KNEBA a P. DREGER. GvL effects in T-prolymphocytic leukemia: evidence from MRD kinetics and TCR repertoire analyses. Bone Marrow Transplantation. London: Nature Publishing Group, 2017, roč. 52, č. 4, s. 544-551. ISSN 0268-3369. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/bmt.2016.305.

ROY, A.; Vojtěch BYSTRÝ; G. BOHN; K. GOUDEVENOU; Tomáš REIGL; M. PAPAIOANNOU; Adam KREJČÍ; S. O BYRNE; A. CHAIDOS; A. GRIONI; Nikos DARZENTAS; I.A.G. ROBERTS a A. KARADIMITRIS. High resolution IgH repertoire analysis reveals fetal liver as the likely origin of life-long, innate B lymphopoiesis in humans. Clinical Immunology. San Diego: Academic Press Inc., 2017, roč. 183, OCT, s. 8-16. ISSN 1521-6616. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.clim.2017.06.005.

POPPOVÁ, Lucie; Pavlína JANOVSKÁ; B. GONZALEZ; Karla PLEVOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Karol PÁL; Hana PLEŠINGEROVÁ; Marek BORSKÝ; Helena OLBERTOVÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Yvona BRYCHTOVÁ; Michael DOUBEK; Šárka PAVLOVÁ; S. ALONSO; Vítězslav BRYJA a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Promoter methylation of ROR ligand WNTA associates with its expression in chronic lymphocytic leukemia. In 3rd International Conference on New Concepts in Lymphoid Malignancies: Focus on CLL and Indolent Lymphoma. 2017.

TOM, Nikola; Ondřej TOM; Jitka MALČÍKOVÁ; Šárka PAVLOVÁ; Blanka KUBEŠOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. ToTem – a tool for automated optimization of variant calling pipelines. In Curie-Pasteur-CEITEC joint young scientist retreat. 2017.

GRIONI, Andrea; Gabriele FAZIO; Tomáš REIGL; S. RIGAMONTI; Vojtěch BYSTRÝ; S. SONGIA; A. BIONDI; Nikos DARZENTAS a G. CAZZANIGA. A platform for detection of fusion genes in all from target capture next-generation sequencing of DNA and RNA. In Haematologica (2016); 101(s1): 26-27. (21st Congress of the EHA). 2016.

BOUSIOS, Alexandros; Concepcion M. DIEZ; Shohei TAKUNO; Vojtěch BYSTRÝ; Nikos DARZENTAS a Brandon S. GAUT. A role for palindromic structures in the cis-region of maize Sirevirus LTRs in transposable element evolution and host epigenetic response. Genome research. COLD SPRING HARBOR: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT, 2016, roč. 26, č. 2, s. 226-237. ISSN 1088-9051. Dostupné z: https://doi.org/10.1101/gr.193763.115.

BYSTRÝ, Vojtěch; Andreas AGATHANGELIDIS; Vasileios BIKOS; Lesley Ann SUTTON; Panagiotis BALIAKAS; Anastasia HADZIDIMITRIOU; Kostas STAMATOPOULOS a Nikos DARZENTAS. ARResT/AssignSubsets: a novel application for robust subclassification of chronic lymphocytic leukemia based on B cell receptor IG stereotypy. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2015, roč. 31, č. 23, s. 3844-3846. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv456.

AGATHANGELIDIS, A.; Vojtěch BYSTRÝ; A HADZIDIMITRIOU; LA. SUTTON; E. MINGA; D. KIENLE; Z. DAVIS; XJ. YAN; T. SHANAFELT; M. BOUDJOGRA; Karla PLEVOVÁ; M. GOUNARI; M. FACCO; Vasileios BIKOS; T. KARAN-DJURASEVIC; AW. LANGERAK; Šárka POSPÍŠILOVÁ; MP. LEFRANC; P. GHIA; Nikos DARZENTAS a K. STAMATOPOULOS. Higher-order immunoglobulin sequence relations for major subsets of chronic lymophocytic leukemia: uniqueness versus equivalence. In 20th Congress of the European Hematology Association in Haematologica. 2015.

BRUGGEMANN, M.; H. KNECHT; J. BARTRAM; Vojtěch BYSTRÝ; G. CAZZANIGA; G. FAZIO; S. FERRERO; Eva FROŇKOVÁ; R. GARCÍA-SANZ; A. GRIONI; James Andrew HANCOCK; C. JIMINEZ; M. KOTROVÁ; M. LADETTO; J. MOPPETT; S. SONGIA; Jan TRKA; AW. LANGERAK; Nikos DARZENTAS; D. HERRMANN a C. POTT. International multi-laboratory next-generation sequencing for MRD analysis in ALL. A pilot study by the Euroclonality-NGS consortium. In 20th Congress of the European Hematology Association in Haematologica. 2015.

BYSTRÝ, Vojtěch a Matej LEXA. cswHMM: a novel context switching hidden Markov model for biological sequence analysis. In Jan Schier, Carlos Correia, Ana Fred and Hugo Gamboa. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Neuveden: SciTePress, 2012, s. 208-213. ISBN 978-989-8425-90-4. Dostupné z: https://doi.org/10.5220/0003780902080213.