Informace o předmětu

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Databáze pro molekulární biologii a bioinformatiku. Databáze DNA a proteinových sekvencí. Primární a sekundární databáze. Jedinečné identifikátory. Vyhledávání klíčových slov a sekvencí, výhody a nevýhody. Skóre a E-hodnoty.
• Techniky sekvenování DNA. Typy knihoven. Automatické Sangerovo sekvenování. Sekvenování nové generace (NGS). Sekvenování třetí generace. Přístupy pro sestavení sekvencí (assembly).
• Manipulace se sekvenčními daty. Převody formátů sekvencí, translace in silico. Vyhledávání motivů, restrikčních míst, výpočetní analýzy. Návrh primerů.
• Algoritmy a nástroje pro lokální zarovnání sekvencí. Algoritmy a softwarové nástroje pro zarovnání více sekvencí. Globální a lokální zarovnání. Rychlé versus přesné algoritmy. Hledání konzervovaného motivu. Databáze motivů a jejich využití v biologickém výzkumu.
• Výpočetní identifikace genů. Srovnávací genomika. Nástroje a algoritmy pro automatickou anotaci genomových sekvencí. Analýza dat NGS a lokální anotace. Odeslání genomové sekvence do primární databáze.
• Databáze proteinových struktur. Primární a klasifikační databáze. Metody stanovení proteinové struktury s atomistickým rozlišením. Predikce struktury proteinů.
• Fylogenetická analýza založená na nukleotidových a proteinových sekvencích. Fylogenetické stromy, jejich biologická interpretace a využití v biologickém výzkumu. Ancestrální proteiny a jejich vlastnosti.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení

Informace učitele

https://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Databáze pro molekulární biologii a bioinformatiku. Databáze DNA a proteinových sekvencí. Primární a sekundární databáze. Jedinečné identifikátory. Vyhledávání klíčových slov a sekvencí, výhody a nevýhody. Skóre a E-hodnoty.
• Techniky sekvenování DNA. Typy knihoven. Automatické Sangerovo sekvenování. Sekvenování nové generace (NGS). Sekvenování třetí generace. Přístupy pro sestavení sekvencí (assembly).
• Manipulace se sekvenčními daty. Převody formátů sekvencí, translace in silico. Vyhledávání motivů, restrikčních míst, výpočetní analýzy. Návrh primerů.
• Algoritmy a nástroje pro lokální zarovnání sekvencí. Algoritmy a softwarové nástroje pro zarovnání více sekvencí. Globální a lokální zarovnání. Rychlé versus přesné algoritmy. Hledání konzervovaného motivu. Databáze motivů a jejich využití v biologickém výzkumu.
• Výpočetní identifikace genů. Srovnávací genomika. Nástroje a algoritmy pro automatickou anotaci genomových sekvencí. Analýza dat NGS a lokální anotace. Odeslání genomové sekvence do primární databáze.
• Databáze proteinových struktur. Primární a klasifikační databáze. Metody stanovení proteinové struktury s atomistickým rozlišením. Predikce struktury proteinů.
• Fylogenetická analýza založená na nukleotidových a proteinových sekvencích. Fylogenetické stromy, jejich biologická interpretace a využití v biologickém výzkumu. Ancestrální proteiny a jejich vlastnosti.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení

Informace učitele

https://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Databáze pro molekulární biologii a bioinformatiku. Databáze DNA a proteinových sekvencí. Primární a sekundární databáze. Jedinečné identifikátory. Vyhledávání klíčových slov a sekvencí, výhody a nevýhody. Skóre a E-hodnoty.
• Techniky sekvenování DNA. Typy knihoven. Automatické Sangerovo sekvenování. Sekvenování nové generace (NGS). Sekvenování třetí generace. Přístupy pro sestavení sekvencí (assembly).
• Manipulace se sekvenčními daty. Převody formátů sekvencí, translace in silico. Vyhledávání motivů, restrikčních míst, výpočetní analýzy. Návrh primerů.
• Algoritmy a nástroje pro lokální zarovnání sekvencí. Algoritmy a softwarové nástroje pro zarovnání více sekvencí. Globální a lokální zarovnání. Rychlé versus přesné algoritmy. Hledání konzervovaného motivu. Databáze motivů a jejich využití v biologickém výzkumu.
• Výpočetní identifikace genů. Srovnávací genomika. Nástroje a algoritmy pro automatickou anotaci genomových sekvencí. Analýza dat NGS a lokální anotace. Odeslání genomové sekvence do primární databáze.
• Databáze proteinových struktur. Primární a klasifikační databáze. Metody stanovení proteinové struktury s atomistickým rozlišením. Predikce struktury proteinů.
• Fylogenetická analýza založená na nukleotidových a proteinových sekvencích. Fylogenetické stromy, jejich biologická interpretace a využití v biologickém výzkumu. Ancestrální proteiny a jejich vlastnosti.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení

Informace učitele

https://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 prace doma

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi9060 Bioinformatika II ) || SOUHLAS )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi9060 Bioinformatika II ) || SOUHLAS )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Výstupy z učení

Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi9060 Bioinformatika II ) || SOUHLAS )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi9060 Bioinformatika II ) || SOUHLAS )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16. 9. až Pá 6. 12. Út 14:00–15:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 15:00–16:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Čt 8:00–9:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Čt 8:00–8:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Út 10:00–11:50 G2,02003

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

St 8:00–9:50 BR3

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi5000/01: St 10:00–10:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/02: St 11:00–11:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/03: Út 16:00–16:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/04: Út 14:00–14:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/05: Út 15:00–15:50 COMPBR, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně. Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Čt 8:00–9:50 BR3

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi5000/01: Čt 13:00–13:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/02: Čt 10:00–10:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/03: Čt 11:00–11:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/04: Čt 12:00–12:50 COMPBR, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (PubMed, WOS). Sekvencování DNA, metody analýzy genomů. Manipulace se sekvenčními daty (převody formátů sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů). Stanovení podobnosti sekvencí (dot-plot, BLAST, Fasta). Mnohonásobné porovnávání sekvencí (ClustalW). Srovnávací genomika. Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Analýza sekvencí proteinů, databáze konzervativních domén proteinů. Funkční genomika. Predikce sekundární struktury RNA. Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

St 8:00–9:50 BR2

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi5000/01: St 10:00–10:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/02: St 11:00–11:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/03: St 12:00–12:50 COMPBR, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (PubMed, WOS). Sekvencování DNA, metody analýzy genomů. Manipulace se sekvenčními daty (převody formátů sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů). Stanovení podobnosti sekvencí (dot-plot, BLAST, Fasta). Mnohonásobné porovnávání sekvencí (ClustalW). Srovnávací genomika. Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Analýza sekvencí proteinů, databáze konzervativních domén proteinů. Funkční genomika. Predikce sekundární struktury RNA. Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Po 11:00–12:50 B1,01004

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi5000/01: Po 13:00–13:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/02: Po 14:00–14:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/03: Po 15:00–15:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

St 11:00–12:50 B1,01004

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi5000/01: Čt 16:00–16:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/02: Čt 17:00–17:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/03: Čt 18:00–18:50 01018, K. Chroust, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi5000/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/03: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/04: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček
Bi5000/05: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi5000/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček, V. Růžičková
Bi5000/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. K. Chroust, R. Pantůček, V. Růžičková

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi9060 Bioinformatika II )
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.

Osnova

• Molekulárně biologické databáze.
• Sekvencování DNA.
• Manipulace se sekvenčními daty.
• Posuzování podobnosti sekvencí.
• Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
• Srovnávací genomika.
• Počítačové vyhledávání genů.
• Vyhledávání motivů u proteinů.
• Predikce sekundární struktury RNA.
• Zaslání sekvence do databází.
• Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
• Analýza obrazu elektroforetických gelů.

Literatura

• CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.

Metody hodnocení

Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.

Navazující předměty

• Bi9060 Bioinformatika II – proteiny
• Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Buněčná a molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku

Mateřské obory/plány

• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).

Osnova

• Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (PubMed, WOS). Sekvencování DNA, metody analýzy genomů. Manipulace se sekvenčními daty (převody formátů sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů). Stanovení podobnosti sekvencí (dot-plot, BLAST, Fasta). Mnohonásobné porovnávání sekvencí (ClustalW). Srovnávací genomika. Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Analýza sekvencí proteinů, databáze konzervativních domén proteinů. Funkční genomika. Predikce sekundární struktury RNA. Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).

Literatura

• Viz webová stránka předmětu.
• Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
• ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
• Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.

Navazující předměty

• B7201 Praktikum základů genomiky
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi5000c Bioinformatika - cvičení
  Bi5000 || NOW(Bi5000) && !Bi9061  

• Statistika zápisu (podzim 2024, nejnovější)